Не зная еще, что сам император перешел в унию, Василий II отправил патриарху следующую грамоту: "Прошло уже с лишком 450 лет, как Россия держит древнее благочестие, принятое от Византии при св. Владимире. По смерти митрополита Фотия, мы понудили идти к вам епископа Рязанского Иону, мужа духовного, от младенчества живущего в добродетельном житии: но не знаем почему вы нашего прошения не приняли, грамотам и послу нашему не вняли и, вместо Ионы, прислали Исидора, за которым мы не посылали, которого не просили и не требовали: мольба императорского посла, благословение патриарха, сокрушение, покорение, челобитие самого Исидора едва-едва могли заставить нас принять его. Нам тогда и в мысль не приходило, что со временем от него станется! Он принес нам папские новизны, приехал легатом, с латински-изваянным распятием, и злочестиво двоеженствовал, называя себя учителем и настоятелем двух церквей — Православной и Латинской. Мы собрали наше православное духoвенство и всем Исидорово поведение показалось чуждым и противозаконным. Вследствие всего этого, просим твое Святейшее Владычество, пошли нам честнейшую твою грамоту, чтобы наши епископы могли избирать и поставлять митрополита в Русь, потому что и прежде, по нужде, так бывало; а теперь у нас нашествие безбожных агарян69, в окрестных странах неустройство и мятежи. Притом же, нам надобно сноситься с митрополитом о важных делах, и когда митрополит — грек, то мы должны разговаривать с ним через переводчиков, людей незначительных, которые, таким образом, прежде других будут знать важные тайны".
Узнав, что греческий император сам принял латинство, Василий II велел послов своих вернуть; таким образом, грамота его не достигла Константинополя. Видя вред долгого отсутствия митрополита на Руси, чем воспользовались отчасти и враги Василия — Шемяка и Можайский, русские епископы, наконец, нарекли митрополитом Иону Рязанского70.
Однако, даже узнав об измене православного императора и о событиях, потрясших Византию, Василий не счел себя в праве прерывать каноническую зависимость, унаследованную Русской Церковью со времени Крещения Руси, и после Ионина наречения он пишет следующее: "После кончины Фотия митрополита мы, посоветовавшись с своею матерью, великой княгиней, и с нашей братиею, русскими князьями, великими и поместными, также и с государем Литовской Земли, со святителями и со всем духовенством, с боярами и со всею Землею Русскою, со всем православным христианством, избрали и отправили с нашим послом Рязанского епископа Иону к вам в Константинополь для поставления; но прежде его прихода туда, император и патриарх поставили, на Киев и всю Русь, митрополитом Исидора; Ионе же сказали: "Ступай на свой стол — Рязанскую епископию; если же Исидор умрет или что-нибудь другое с ним случится, то ты будь готов благословен на митрополичий престол всея Руси". Так как в наших благословенных державах произошло разногласие в Церкви Божией, путешественники в Константинополь претерпевают на дороге всякого рода затруднения, в наших странах неустройство великое, нашествие безбожных агарян, междоусобные войны, мы сами не от чужих, но от братьев своих претерпели страшное бедствие, — то при такой великой нужде, собравши своих русских святителей, согласно с правилами, поставили мы вышеупомянутого Иону на митрополию Русскую, на Киев и на всю Русь. Мы поступили так по великой нужде, а не по гордости или дерзости. До скончания века пребудем мы в преданном на Православии , наша Церковь всегда будет искать благословения Церкви Цариградской и во всем по древнему благочестию ей повиноваться. И отец наш Иона митрополит, также просит благословения и соединения, кроме нынешних новых разногласий, и молим твое святое царство, будь благосклонен к отцу нашему Ионе митрополиту. Мы хотели обо всех этих делах церковных писать и к святейшему патриарху православному; требовать его благословения и молитвы, но не знаем, есть ли в вашем царствующем граде патриарх или нет. Если же, Бог даст, будет у вас патриарх по древнему благочестию , то мы будем извещать его о всех наших положениях и просить благословения".
Читая эту грамоту Великого князя Василия, изумляешься его тактом и выдержанностью его стиля. Зная, что император сам изменил вере, что патриарх Григорий бежал в Рим, как и присланный в Москву Исидор, Василий II, вместо заслуженного укора своим учителям и наставникам, сам винится в том, что обстоятельства вынудили необходимость самим русским епископам поставить себе митрополита, и чуть не умоляет принять Иону с честью. Замечательно, что Великий князь всюду подчеркивает, что поставление это состоялось "согласно правилам", тогда как он сомневался — был ли в самой Византии законный патриарх или нет. Вся эта грамота полна истинно христианского смирения и братского сочувствия к попавшему в беду императору.