Как хозяин Руси Иван 41 потребовал от Литвы возвращение земель, отошедших к ней во времена Гедемина. Именуясь "государем всея Руси", он простирал свои права на все русские территории. Новгород дал Москве моральное право добиваться и его присоединения с тех пор, как партия Борецких заключила союз с Литвой и Польшей, направленный против Ивана III; будь поляки решительнее, это древнерусское вольное государство рисковало подпасть под пяту западных врагов Руси и в дальнейшем превратиться в аванпост воинствующего латинства. Москва выступила в поход, и вояьный город в январе 1478 г. целовал крест Ивану Васильевичу, именуя его "государем".
Миссионерская работа не прекращалась.
В начале княжения Ивана III епископ Пермский Иона преуспел в окончательной христианизации Великой Перми и крестил ее князя Михаилом. В пермском городе Чердыни Иона основал монастырь. Язычники вогулы убили Михаила; преемник его — Владимир прославился, как деятельный миссионер. О нем сказано в Новгородском синодике: "Благоверному князю Владимиру Великия Перми, идолы поправшему и просветившему Великую Пермь святым крещением, вечная память".
На Белом море в 1478 г. скончался преп. Зосима, преемник преп. Савватия, умершего в 1438г., основатель Соловецкого монастыря на пустынном острове.
Тем временем, на западных окраинах, в Литве и русских землях, принадлежавших Ливонии, начались постепенно преследования православных. Так, в Юрьеве, немецком Дерпте, латиняне напали на русский крестный ход в день Богоявления и схватили священника Исидора Нового и 72 верующих. Немцы потребовали, чтобы они перешли в латинство, а когда те отказались, ' то их утопили в реке Омовже. Их мученическую кончину описал, по благословению митрополита Макария, инок Варлаам.
В Риме сильно досадовали на неудачу Флорентийской унии и готовили новые пути для латинизации дерзкой Московии.
Папа Павел II (1464-1472) задумал использовать для этой цели греческую царевну Софию Палеолог. Она была дочерью Фомы Палеолога, брата погибшего последнего императора Константина XII. Фома после падения столицы поселился в Риме, пользуясь папским гостеприимством. София воспитывалась там же и, по-видимому, считалась униаткой. Кардинал Виссарион, о котором мы говорили, как о ревностном стороннике папы Евгения IV, внушил Павлу мысль выдать ее замуж за Ивана III, дабы благодаря этому браку дать возможность латинству укорениться в Москве. Разумеется, для этого следовало обмануть Ивана III и скрыть от него униатство Софии. Виссарион стал посредником между папой и Великим князем, которому он написал, что будто бы царевна уже отказала двум женихам: королю Франции и герцогу Миланскому из-за преданности вере своих отцов (С.Соловьев, op.cit., т. V, гл. II, с. 1402).
В Москве предложение Виссариона было найдено весьма лестным, и Иван послал в Рим монетного мастера-итальянца Ивана Фрязина73 — за портретом царевны Софии. Фрязин, принявший в Москве Православие, обманул папу и Виссариона, прикинувшись рьяным католиком, и таким образом узнал от них, что истинная причина сватовства — желание восстановить Флорентийскую унию с Москвой и добиться союза против турок.
Не подавая виду о том, что им известен план папы, Иван III и Фрязин дали согласие на брак, а в июне 1472 г. София выехала из Рима в сопровождении кардинала Антония74 и греческой свиты. Узнав, что невеста его вступила в русские земли, предшествуемая латинским крестом, Иван III смутился и созвал совещание, на которое пригласил митрополита Филиппа, свою мать и бояр. Митрополит сказал Великому князю: "Нельзя послу не только войти в город с крестом, но и подъехать близко; если же ты позволишь ему это, то он — в одни ворота в город, а я, отец твой, другими воротами — из города; неприлично нам и слышать об этом, не только что видеть, потому что кто возлюбит и похвалит веру чужую, тот своей поругался".
Подчеркнем лишний раз авторитетный тон митрополита Московского и всея Руси, безбоязненно и твердо поучавшего государя, говоря с ним, как отец, об обязанностях его в отношении православной веры. Филипп чрезвычайно строго относился ко всему латинскому, видя в одном только ношении чужого креста поругание древнего благочестия. Гордый и властный Иван III беспрекословно послушался владыку и отрядил одного боярина навстречу Софии. Когда шествие приблизилось к Москве, боярин попросил кардинала спрятать крест в санях и Антоний уступил.
Венчание состоялось 12 ноября 1472 г. и на другой день кардинал был торжественно принят Иваном, которому он вручил дары от папы. Антоний начал было говорить о соединении церквей по поводу Флорентийской унии, но митрополит выставил против него книжника Никиту Поповича и открылся диспут. Попович своими вопросами и ответами не замедлил поставить кардинала в тупик и он принужден был закончить спор, промолвив с досадой: "Нет книг со мной!" И вскоре уехал обратно.