Блестящие ответы патриарха, предостерегавшие царя от цезарепапизма, как от духа Антихриста, оказались ловко передернуты Лигаридом, извращены и представлены на суде как опасные для Церкви и престола теории гордеца — Никона.
Став полным хозяином положения, Паисий в 1663 г. использовал также другой козырь в борьбе против Никона. Раздув царскую власть в цезарепапизм и завоевав бояр-врагов Никона своей защитой их "Уложения", он выступил также и как лидер старообрядцев! Паисий принял участие в составлении их петиции против Собора 1660 г., в упреках царю из-за его вмешательств в церковные дела, в названии Воскресенского монастыря "Новым Иерусалимом" и, наконец, в исправлении богослужебных книг. Раскольники ставили Никону в вину то, что он в своей реформе смел сослаться на авторитет патриарха Паисия Константинопольского, "как будто наши пять патриархов-предшественников и цари ошибались". Пальмер пишет, что Лигарид составил эту петицию заодно с Семеном Стрешневым и старообрядцами.
Как мы уже писали, бояре, хотевшие использовать в свою пользу всякого врага Никона, вернули из ссылки протопопа Аввакума, позволив ему приобретать себе новых сторонников. Теперь же и бояр и старообрядцев объединил в стремлении свалить Никона митрополит Газский.
После неудачной попытки Никона вернуться в Моекву в 1664 г., с ведома царя враги лишили патриарха свободы общения с внешним миром и наказали его сторонников. Письма его к Константинопольскому патриарху перехватывались, как и патриаршие письма к Никону. Так, до суда судьба Никона была предрешена. Напрасно Никон еще в 1663 г. пытался раскрыть глаза царю, указывая, что Паисий "не имел доказательств о посвящении и свидетельства от Восточных патриархов о том, что он действительно епископ, что таковых нельзя принимать без удостоверения, согласно божественным законам, что принимающие таких лиц сами низвергаются, по 33 и 37 Лаод. И 9 Карф. Правилам, а "молящиеся с еретиком подвергаются отлучению" (45 Апостольское правило).
Лигарид имел наглость сам произвести следствие в Воскресенском монастыре касательно ухода Никона, и патриарх лично сказал ему, что все знает о его неправославии.
Несмотря на это, царь счел возможным весной 1664 г. назначить Паисия, до Ионы, местоблюстителем патриаршего престола по переводе митрополита Питирима в Новгород, а также утвердить его председателем Собора!
В декабре 1665г. Никон, видя, что Лигарид укоренился в Москве, решил написать о нем патриарху Константинопольскому Парфению IV (1665-1668) следующее: "Я писал царскому величеству, что недопустимо принимать таких лиц без удостоверения, согласно Божественному Правилу, говорящему: "входящий в овчий двор не через дверь, есть вор и разбойник...". Но на это не было обращено внимания и царь следовал ему во всем... Он слушает его, как пророка Божьего, о котором знающие его говорят, что он раскольник... Посвящен в дьяконы и священники папским авторитетом. Здесь ничего не делает, подобающего епископу, ест мясо и пьет перед литургией и совершает содомию. Но всех лиц, так свидетельствующих о Паисии, царь сослал в разные места".
Письмо это было перехвачено, вызвавши ярость Лигарида. Сообщники Лигарида монахи Мелетии131 и Стефан привезли в Москву грамоту о назначении Паисия экзархом Константинопольского патриарха и представителем его для разбора дела Никона.
В 1666 г. царь все же послал секретно клирика Савву в Константинополь проверить это и оказалось, что грамота была подложной. Парфений сообщал царю в ответ, что "Лигарид и не лоза Константинопольского престола".
Однако и это не побудило Алексея Михайловича прогнать Паисия, столь нужного ему против Никона!
Опрошенные письменно, Восточные патриархи, несмотря на то, что Лигарид и его сообщники в своих грамотах постарались всячески оклеветать Никона, ответили уклончиво. Нектарий Иерусалимский прямо написал царю, что основывать суждение на одном свидетельском показании является противно канонам.
В ноябре 1666 г. стараниями царя и Лигарида в Москве открылся так называемый "Большой Собор" (которые продолжался до мая 1667 г.). По канонам, судить патриарха мог лишь Собор других патриархов. В Москву же приехали только Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский. Первый уже год как не находился на своей кафедре, которую занимал Иоаким I (1665- 1667), а истинную причину своего отъезда в Москву он скрыл от Парфения IV, объяснив его обычной поездкой за милостыней. Макария, находившегося в Грузии, куда он тоже ездил за милостыней, уговорил ехать в Москву Мелетий по совету Лигарида от имени Алексея Михайловича.