В Париже еще в 1867 г. появилось сочинение порвавшего с Римом священника Буассара — "Русская Церковь", в котором он пишет: "Если древность веры может свидетельствовать в пользу истины учения, то преимущество в этом отношении принадлежит Церкви Восточной. После пережитых ею превратностей судьбы, после перенесенных ею испытаний, эта Церковь вправе дать себе свидетельство, что она осталась неизменно верной своему исповеданию, неизменно сохранившую учение Апостолов и определения Семи Вселенских Соборов. Рассеянная от берегов Адриатического моря до отдаленных берегов Восточного океана и Америки, от льдов, окружающих Соловецкий монастырь на Белом море, до знойной равнины Египта и Аравии, где возвышается Синайский монастырь, Восточная Церковь представляет для размышления историка страницы, полные интереса, высоких уроков добродетели, благородных преданий и христианского героизма".
Для успешного завершения миссии, выпавшей на долю России, — одновременно обеспечить "мир всего мира" и охранять Православие, необходимо было восстановить патриаршество и нарушенную Петром "симфонию властей", без патриарха немыслимую. Об этом уже давно толковали в Восточных Церквах.
Когда благодаря Владыке Антонию вопрос о патриаршестве был поднят официально, государь немедленно изъявил на это свое полное одобрение. Николай II был ревностным христианином, глубоко верующим, прекрасным семьянином и преданным своему долгу правителем.
Для проведения в жизнь проекта Всероссийского Собора было созвано сперва Предсоборное Присутствие (6 марта 1906 г.), работа которого продлились почти два года. Главнейшие решения его были следующие: автономность Церкви; предоставление епископам права избрания патриарха и состоящего при нем Синода в расширенном составе; патриарху быть подсудным только всем другим патриархам, а не собору своих епископов; восстановление древнего патриаршего права "печалования" перед государем и т.д.
Измененная же при Павле I (см. § 3) статья 64 основных Законов (42, издания 1892 г.) получила следующею окончательную форму: "Император как православный государь есть защитник господствующей Церкви и охранитель ее благоустройства", а 65 гласила: "В отношении Православной Церкви, самодержавная власть действует в согласии с признанным ею Всероссийским Церковным Собором, постоянным Священным Синодом и предстоятелем Православной Церкви — патриархом".
Так было навсегда отброшено установление Синода светской властью и церковное управление вновь согласовалось с канонами Вселенской Церкви. Проект этот был рассмотрен и одобрен профессорами-канонистами: Бердниковым, Остроумовым, Алмазовым и Красноженом.
Государь проявлял большое участие и интерес к работам Предсоборного Присутствия.
Тем временем, как бы готовясь к предстоящему торжеству, соборному избранию патриарха — Земля Русская украшалась новыми святыми, в ней просиявшими. В их прославлении так же деятельно участвовал государь. Приведем список этих святых в хронологическом порядке. При Николае II состоялись прославления:
1896 г. — св. Феодосия Углицкого, архиепископа Черниговского;
19 июля 1903 г. — преп. Серафима Саровского (в присутствии царской семьи);
1909 г. — св. Анны Кашинской;
1910г. — преп. Евфросинии Полоцкой;
1911 г. — св. Иоасафа, еп. Белгородского;
1913 г. — св. Гермогена, патр. Московского;
1914г. — св. Питирима, еп. Тамбовского;
1916г. — св. Иоанна, митр. Тобольского и Сибирского.
Кроме того, в 1897 г. было установлено местное празднование пресвитеру священномученику Исидору и 72 мученикам, с ним в Юрьеве в 1472г. от латинян смерть приявшим, а в 1911 г. восстановлено церковное почитание преп. Евфросина Синозерского.
Рескриптом от 12 января 1909 г. митрополиту Антонию С.- Петербургскому государь выразил свое желание установить ежегодное поминовение о. Иоанна Кронштадтского, только что скончавшегося; в рескрипте о. Иоанн величается: "великий светильник Церкви Христовой и молитвенник Земли русской, всенародно чтимый пастырь и проповедник".
Придавая большое значение деятельности церковных братств, Николай II особенно ее поощрял. Под его высочайшим покровительством развивались следующие братства: древнее Виленское Свято-Духовское, Холмское Свято-Богородицкое, Острожское Кирилло-Мефодиевское, С.-Петербургское Николаевское, Костромское Александровское, Костромское Свято-Никольское и др.