Незадолго до начала этой войны, в 1562 году, на борьбу против собственной католической монархии поднялись гугеноты Франции. Гугеноты являлись последователями швейцарского религиозного реформатора Кальвина, и само их название происходило от произносимого на французский манер немецкого слова «eidgenosse» — «объединенные в союз». Продолжавшиеся вплоть до 1598 года открытые столкновения между гражданами Франции получили в истории название религиозных войн. На престоле в то время находился Карл IX из династии Валуа, но правила страной фактически королева-мать Елизавета Медичи, стремившаяся извлечь выгоду для своей семьи из создавшегося конфликта. Она была племянницей папы Климента VIII, и именно на ней лежит львиная доля ответственности за кровавую бойню, учиненную католиками в недоброй памяти ночь накануне праздника св. Варфоломея. В тот злополучный день жертвами религиозной расправы в Париже стали более 3 тысяч гугенотов, а по всей Франции за три дня резни их погибло около 12 тысяч. Кровавая оргия просто-таки привела в восторг папу Григория XIII, который не преминул направить свои личные поздравления королевскому двору!
Видную роль в религиозных войнах сыграло знатное семейство Гизов. Возглавляя Католическую лигу, представители этого древнего рода находились отнюдь не в дружеских отношениях с правящей династией Валуа. Более того, являясь членами Лотарингского дома, — одной из ветвей семейства Каролингов, — они ставили под сомнение законность правонаследия потомков Валуа и выдвигали свои претензии на королевскую корону. Такая политическая обстановка создавала определенные трудности для шотландских наемников, служивших при королевском дворе Франции. Они сыграли не последнюю роль в победе Жанны д’Арк под Орлеаном и какое-то время поставляли самых надежных телохранителей дому Валуа. Шотландская гвардия, не имевшая каких-либо религиозных обязательств ни перед католиками, ни перед протестантами, тем не менее, была связана клятвой верности королям рода Валуа. Основная проблема шотландцев заключалась в том, что королева скоттов Мария — дочь короля Иакова V Стюарта и Марии де Гиз — в 1558 году вышла замуж за сына Екатерины Медичи, дофина Франциска Валуа. В результате невезучие шотландские гвардейцы оказались между двух огней династического конфликта французов. Несмотря на то, что в 1558 году они составляли авангард армии Франсуа Гиза, пытавшегося отобрать у англичан город-порт Кале, честь обязывала их теперь хранить верность дому Валуа. В действительности получалось так, что, будучи телохранителями правящей династии Валуа, гвардейцы одновременно оставались традиционными приверженцами Лотарингского дома Гизов. Учитывая вышеуказанное, можно заключить, что шотландцы, в самом деле, были поставлены в весьма затруднительное положение.
Проблема уравновешивания противоборствующих интересов окончательно разрешилась лишь после того, как пресекся род Валуа. Начиная с 1589 года Францией на протяжении двух столетий управляли представители дома Бурбонов, перед которыми у шотландских гвардейцев не было никаких формальных обязательств.
Со времен первых франкских королей папству удавалось вытеснять с политической сцены любую, даже самую могущественную организацию, угрожавшую существованию эволюционирующей Священной Римской империи. Совершенно неожиданно, однако, оно столкнулось с непредвиденным оппонентом, — исправленным в целом более приятным зеркальным отражением его самого, — параллельно существующей независимой христианской церковью. Более того, данное оппозиционное течение возглавлялось теми самыми жертвами гонений и провозглашало те самые еретические идеи, с которыми, как мнилось Ватикану, церковь давно уже покончила. В просвещенный век разума протестанты вошли под объединяющим знаменем Креста и Розы — эмблемы, выгравированной на личной печати Мартина Лютера.
Розенкрейцеры — как они себя именовали, — проповедуя свободу, равенство и братство, являлись непреклонными борцами с деспотизмом и любого рода угнетением. Со временем им было суждено сыграть решающую роль в Войне за независимость США и Великой французской революции. После Реформации тайные общества розенкрейцеров стали идейными вдохновителями нового мышления и духовного осознания окружающего мира. Люди вдруг поняли, что апостольская история епископов римских являлась чистейшей воды выдумкой, а католическая церковь злонамеренно скрывала от народа правду о жизни Иисуса Христа. Стало также совершенно ясно, что розенкрейцеры — подобно альбигойцам и тамплиерам — имели доступ к сокровенным знаниям древности, более существенным, нежели все, что пропагандировалось до этого Римом.