По свидетельству Малха, Зинон был человек способный к войне. Он не имел от природы той жестокости, которая была у Льва. Гнев его не был так неутолим и не оставался в нем навсегда. Он был честолюбив, действовал только из-за славы, чтобы дивились ему, больше напоказ, чем для пользы. Он не был опытен в делах, не имел тех познаний, при которых можно твердо управлять государством. До корысти он был не так падок, как Лев, однако ж, и он не был выше этой страсти. Римляне имели бы хорошее управление, если бы фаворит императора Себастьян, который разделил его власть, не управлял им, как вздумается. Себастьян всем торговал, как на рынке и не позволял, чтобы при императорском дворе что-нибудь делалось не за деньги. Ни одно дело не проводилось без взятки. (Малх: 4). Сам Зинон отдался неистовым удовольствиям и царствовал беззаконно. (Феофан: 466). С самого начала он предался сластолюбию и так сросся с этим пороком, что считал недостойным своего звания совершать пороки скрытно и без свидетелей, а предавался им явно на глазах у всех.(Евагрий: 3; 1).
Между тем, царствование Зинону выпало трудное, полное смут и мятежей. В начале 475 г. Василиск, брат Верины, тещи Зиноновой, живя в Гераклее Фракийской и опираясь на Верину и кого-то из сенаторов, восстал против Зинона, который, убоявшись, бежал 9 января из Константинополя с женой Ариадной и множеством денег в одну сильную сирийскую крепость, называвшуюся Вара. Отсюда перебрался он в Тесседу, по той причине, что полководцы Илл и Трокунд, приверженцы Василиска, начали осаждать его. Между тем Василиск провозгласил себя императором. А вскоре вслед затем восстал на православие и особым эдиктом отверг решения Халкидонского собора. (Феофан: 467). После этого шага он быстро утратил популярность. К тому же между узурпатором и его сестрой начались распри. Верина надеялась, выйдя замуж за магистра Патрикия, привести его на царство. Но Василиск убил Патрикия. Тогда Верина стала деньгами помогать Зинону. (Кандид: 1,2). После того, как Василиск процарствовал год и восемь месяцев, практически все, особенно же дворцовые воины, возненавидели его из-за страшной скупости. (Прокопий: “Войны Юстиниана”; 3; 7). Полководцы Илл и Трокунд, державшие в осаде Зинона, примирились с ним. Взяв Зинона, они отправились на Константинополь. (Феофан: 469). Василиск выслал навстречу своего племянника Армата. Когда они расположились лагерем вблизи друг друга, Армат передал Зинону свое войско с условием, чтобы Зинон провозгласил его совсем маленького сына Василиска кесарем, а в случае своей смерти оставил бы его преемником престола. (Прокопий: “Войны Юстиниана”; 3; 7). В августе 476 г. Зинон вступил в Константинополь и был принят народом и сенатом. Покинутый всеми Василиск бежал в церковь, положил свой венец на жертвенник и укрылся с женой в крестильнице. Вышел он только после того, как Зинон дал обещание, что не обезглавит его. Однако, спустя некоторое время император, заточил узурпатора в Кукузе (в Каппадокии) в башне с женою и детьми и приказал уморить голодом. Василиска, сына Армата, он провозгласил кесарем. Выполнив, таким образом, свою клятву, он велел потом умертвить Армата на лестнице во дворце, когда тот шел на Ипподром, а сына его, кесаря, велел посвятить в чтецы. (Феофан: 469).
Спустя немного времени в 479 г. против Зинона восстал Маркиан, сын римского императора Антемия, женатый на младшей дочери Льва Макелла Леонтии. Около императорского дворца произошла сильная схватка. И хотя многие пали, как с той, так и с другой стороны, Маркиан обратил в бегство своих противников и мог бы овладеть дворцом, если бы не упустил удобного случая, отложив дело на завтра. На другой день он был выдан сообщниками. Его насильно постригли вместе с женой и сослали в Тарс Киликийский. (Евагрий: 3; 26). Поскольку все интриги шли от Верины, в 480 г. Илл посоветовал Зинону удалить тещу из столицы. Под каким-то предлогом он изгнал ее в Халкидон, а потом в крепость Папурий. Ариадна просила возвратить мать из ссылки и сказала императору: “Либо Иллу оставаться во дворце, либо мне.” Зинон отвечал: “Разумеется тебе. Делай с Иллом, что пожелаешь!” Ариадна подослала убить его схолярия Спаникия. Когда Илл восходил по лестнице Ипподрома, Спаникий занес уже меч, но мечник магистра, подскочив, принял удар на свое плечо. Зинон приказал казнить убийцу, уверяя, что он ничего не знал о замышлявшемся покушении. Илл сделал вид, что поверил ему и просил позволения удалиться на Восток, где был сделан главным военачальником. Прибыв в Панурию, Илл освободил Верину и велел ей венчать на царствие патрикия Леонтия, родом сирийца, его старого друга. Вскоре после этого она умерла, но искры мятежа, брошенные ею, разгорелись с огромной силой: восстали сирийские легионы и федераты, к сирийцам присоединилось население Египта. В 484 г. Леонтий вступил в Антиохию. Зинон отправил против мятежников армию во главе с Иоанном Скифом. Тому удалось одержать победу над Иллом и Леонтием и запереть их в Панурии. После четырехлетней осады в 488 г. они были наконец захвачены и казнены. (Феофан: 472,473,476,480). Приблизительно в то же время готы, поселившиеся во Фракию еще во времена Феодосия Великого, с оружием в руках восстали против византийцев под начальством Теодориха, патриция, получившего в Византии звание консула. Но умевший хорошо пользоваться обстоятельствами, Зинон убедил в 488 г. Теодориха отправиться в Италию и, вступив в войну с правившим там Одоакром, добыть себе и готам власть над Западной империей. (Прокопий: “Войны Юстиниана”; 5; 1).