Евагрий пишет, что Анастасий, как человек, расположенный к миру, решительно не хотел никаких нововведений, особенно в положении церквей, и всеми мерами старался о том, чтобы церкви не были возмущаемы. Решения Халкидонского собора при нем не были ни явно признаваемы, ни вовсе отвергаемы, – и каждый из предстоятелей распоряжался так, как ему заблагорассудится. Однако, не смотря на это, все время его правления прошло в религиозных смутах, причем православное духовенство не переставало нападать на еретические взгляды императора. Анастасий не оставался в долгу. (Евагрий: 3; 30). В 511 г. певчие в дворцовом храме Архангела стали петь трисвятую песнь, вставив в нее вопреки обычаю слова “распятый за нас”, как это принято было у монофизитов Антиохии. Православные напали на них и была между ними жестокая распря. Анастасий за это разгневался на патриарха, осыпая его явно и всенародно самыми непотребными оскорблениями при посредстве отщепенцев-монахов. Возмущенный своемыслием императора, патриарх в свою очередь обвинил его в потворствовании манихеям , после чего между Анастасием и Македонием произошел полный разрыв. Столичная чернь в большинстве своем стояла на стороне православной церкви и не раз шумно выражала свою ненависть к императору-еретику. Накал борьбы дошел до того, что Анастасий в страхе запер двери дворца и держал наготове корабли для бегства. В 512 г. он подговорил двух негодяев обвинить Македония в мужеложстве и еретичестве. На основании этих обвинений патриарха силою вывели из его дома, многие священники, его сторонники, были посажены в темницу. Не смея нарядить над Македонием следствия, Анастасий сослал его без суда, а патриархом назначил Тимофея. (Феофан: 499,503,504). В 512 г. из-за тех же слов “распятый за нас” в Константинополе произошло величайшее возмущение, как будто этим прибавлением совсем отвергалась христианская вера. Много людей было перебито, много домов сожжено. Испуганный разгулом черни, Анастасий вышел на конское ристалище без короны и послал глашатаев объявить народу, что он готов сложить с себя верховную власть. Видя это, народ тот час затих и стал просить Анастасия надеть корону и обещал успокоиться. (Евагрий: 3; 44).
В следующем году религиозная война выплеснулась за пределы столицы. Граф фракийских федератов Виталиан объявил себя защитником православия и со множеством гуннов (булгар) занял всю Фракию, Скифию и Мезию, дошел до Константинополя и начал его осаду. В 514 г. Анастасию пришлось принять все требования восставших: он согласился созвать новый Вселенский Собор и на нем разобрать все разномыслия в толковании догматов веры, а также вернуть престолы свергнутым православным епископам. Но едва Виталиан отступил, Анастасий отрекся от своих обещаний. Весь народ и сенат громко упрекали императора за клятвопреступление, но он бесстыдно отвечал им, что существует закон, допускающий императору в случае нужды нарушать клятву и обманывать. (Феофан: 506). Император собрал чрезвычайное заседание государственного совета, и Виталиан был объявлен врагом народа. Против него была выслана восьмидесятитысячная армия под командованием Ипатия. В ответ Виталиан призвал на помощь орду гунно-булгар из задунайского региона и с их помощью напал на византийский лагерь в Одиссосе. Имперские войска были жестоко разбиты, а сам Ипатий взят в плен.