Отец воспринял освобождение своей жены как подтверждение виновности Малиновского и принялся вместе с некоторыми другими членами партии требовать официального расследования его деятельности. Между тем Ленин и ряд лиц из его ближайшего окружения продолжали верить в невиновность Малиновского. Как уже говорилось выше, у Ленина была склонность привязываться к людям, которые ему нравились, и в этих случаях он готов был не замечать их отрицательных качеств. В данном случае он видел в Малиновском, который выдвинулся из рабочей среды и, безусловно, обладал немалыми талантами, идеального вожака рабочих.
Все же под давлением многих членов партии, среди которых отец был наиболее активным, Ленин был вынужден создать партийную комиссию, в которую вошел и сам, для расследования дела Малиновского. Однако при отсутствии каких-либо очевидных доказательств в его виновности комиссии не составило большого труда отклонить все подозрения и объявить Малиновского невиновным.
Отец вспоминал потом, что вся эта история напрочь испортила его отношения с Лениным, который не любил, когда ему перечили. Он стал смотреть на отца как на склочника или интригана. Существует несколько писем Ленина, в которых употребляются именно эти термины в адрес отца, а то и похуже, все из-за того же Малиновского. А некоторые лица из его ближайшего окружения реагировали еще более бурно. Инесса Арманд, например, буквально наскакивала на отца с кулаками: как вы смеете клеветать на такого замечательного человека, как Малиновский!
Н. К. Крупская в своих воспоминаниях о Ленине довольно подробно высказывается о деле Малиновского. Она пишет, например, следующее: «Владимир Ильич считал совершенно невероятным, чтобы Малиновский был провокатором. Раз только у него мелькнуло сомнение. Помню, как-то в Поронине, когда мы возвращались от Зиновьевых и говорили о ползущих слухах, Ильич вдруг остановился на мостике и сказал: «А вдруг правда?» И лицо его было полно тревоги. «Ну что ты», — ответила я. И Ильич успокоился… Больше у него не было никаких колебаний в этом вопросе».
Все прояснилось самым неожиданным образом. Новый вице-министр внутренних дел генерал Джунковский был шокирован, узнав, что депутат Думы от оппозиционной партии — полицейский агент. Опасаясь скандала, он приказал ему сложить полномочия депутата и покинуть страну. Но, даже убедившись в вине Малиновского, Ленин постарался преуменьшить значение этого дела. В своих показаниях Чрезвычайной следственной комиссии Временного правительства он высказал предположение, что Малиновский принес больше пользы революционному движению, чем властям. Согласно его аргументации полиция, дабы замаскировать провокаторскую деятельность своего агента, вынуждена была разрешить ему активно выступать в Думе, писать статьи для «Правды» и т. д. Таким образом, утверждал Ленин, полиция невольно помогала большевистской партии вести революционную антиправительственную деятельность. Довольно сомнительная аргументация.
После революции Малиновский добровольно сдался советским органам, был отдан под суд и расстрелян.
Следующее расхождение между Лениным и отцом произошло вскоре после начала первой мировой войны, на сей раз уже по политическим мотивам. Ленин написал прокламацию, призывающую солдат протестовать против войны, не идти на фронт и нападать на офицеров. Ознакомившись с проектом прокламации, отец стал возражать, особенно против последних слов. Он обратил внимание Ленина на то, что большинство офицеров во время войны — не профессиональные военные, а гражданские лица, призванные в армию. Это учителя и врачи, инженеры и писатели, актеры и художники с различными политическими взглядами. Поэтому призыв нападать на них был бы политической ошибкой. После короткого спора Ленин согласился, хотя и в данном случае было видно, что он без восторга воспринимал такого рода замечания.
Но это были лишь авангардные стычки, окончательная размолвка произошла несколько позже, когда война была в полном разгаре. Суть спора заключалась в отношении социал-демократов к своим правительствам в этой войне. Социал-демократические партии подавляющею большинства стран проголосовали за поддержку своих правительств. С точки зрения Ленина, долг социал-демократов состоял в выдвижении лозунга борьбы с собственным правительством. Он исходил при этом из лозунга Маркса и Энгельса о том, что пролетарии не имеют отечества.