– 1-й дивизион в составе трех «Ленинцев» (Л-4, Л-5, Л-6), из которых в строю находилась только Л-5, да и то во 2-й линии, в ожидании ремонта и модернизации. Капитальный ремонт Л-4 был завершен 7 августа 1941 г. От капремонта подводной лодки Л-5 решили отказаться, однако ее техническое состояние все же заставило поставить ее в ремонт, который продолжался с ноября 1942 г. по май 1944-го. Ремонт Л-6 завершился в октябре 1941 г.;
– 2-й дивизион в составе трех «Декабристов» и четырех «Сталинцев», из которых Д-4 в ремонте на СМЗ (закончен в октябре 1941 г.), Д-5 (во второй линии в ожидании ремонта), Д-6 на ремонте на СМЗ, ремонт завершен не был, лодка затоплена у пирса при оставлении Севастополя). С-31, С-32, С-33 вошли в строй в 1940–1941 гг. С-34 находилась на испытаниях;
– 3-й дивизион в составе Щ-204, Щ-205, Щ-206, Щ-207 (ремонт), Щ-208, Щ-209, Щ-210, плавбаза «Волга»;
– 4-й дивизион насчитывал в своем составе всего одну действующую подводную лодку Щ-211, остальные лодки Щ-212, Щ-213, Щ-214, Щ-215 находились на ремонте в Николаеве.
Обслуживала бригаду плавбаза «Эльбрус».
В районе Главной базы проходила ходовые испытания подводная Щ-216, планируемая в 4-й дивизион 1-й бригады.
Вторая бригада подводных лодок также базировалась на Севастополь. В нее входили:
– 6-й дивизион в составе одной старенькой «импортной» ПЛ А-4, которая находилась в Поти, остальные лодки в это время ремонтировались в Севастополе (А-1, А-2, А-3, А-5);
– 7-й дивизион в составе «малюток» М-31, М-32, М-33, М-34, М-58, М-62 и находящихся в достройке М-59, М-60;
– 8-й дивизион в составе всего двух лодок М-35, М-36.
Обслуживала бригаду плавбаза «Львов».
Для выполнения учебных боевых задач 2-й бригаде подводных лодок во временное оперативное подчинение были приданы эсминец «Незаможник», сторожевой корабль «Шквал» (находившийся в ремонте в Севастополе) и тральщик Т-401 («Трал»).
Первая бригада торпедных катеров базировалась на Севастополь и имела в своем составе 38 боевых и три учебные единицы.
Вторая бригада торпедных катеров базировалась на Очаков и находилась в оперативном подчинении командира Одесской ВМБ. Она имела в своем составе 23 боевых и пять учебных единиц.
Отряд учебных кораблей включал в себя учебный крейсер «Коминтерн» и учебные суда «Нева» и «Днепр».
Охрана водного района Главной базы (Севастополь) включала в себя тральщики Т-404, Т-405, Т-406, Т-407, Т-408, Т-409, Т-410, Т-412, Т-413; мобилизованный незадолго до войны минный заградитель «Островский» (гражданский теплоход «Чайка», мобилизованный в 1940-м); постановщик боновых заграждений «Сетевик» и 14 сторожевых катеров типа МО-4.
На полигоне в Феодосии находились тральщики Севастопольского ОВРа: Т-403, Т-411 и буксир «Джалита».
Одесская военно-морская база включала:
– Отдельный дивизион канонерских лодок в составе «Красная Абхазия», «Красная Грузия», «Красная Армения», «Красный Аджаристан»;
– охрану водного района в составе четырех сторожевых катеров типа МО.
Новороссийская военно-морская база включала:
– учебный дивизион подводных лодок в составе Щ-201, Щ-202 (базирование в Феодосии), Щ-203 (находившаяся на ремонте в Севастополе), М-51 (ремонт в Севастополе), М-52, М-54 (ремонт в Очакове), М-55 (ремонт в Севастополе), плавбаза «Очаков»;
– отдельный отряд торпедных катеров (6 ед.).
Батумская военно-морская база включала:
– отдельный дивизион торпедных катеров (с базированием в Поти, 12 ед.);
– охрана рейдов.
Кроме этого, базе были приданы эскадренные миноносцы «Фрунзе» и «Дзержинский», подводная лодка А-4.
Николаевская военно-морская база включала:
– дивизион вновь строящихся и капитально ремонтирующихся подводных лодок в составе: С-35 (на стапеле), Щ-216 (на ходовых испытаниях в районе Севастополя), М-111 (на заводских испытаниях), М-112 (на заводских испытаниях), М-113 (на заводских испытаниях), М-117 (в достройке), М-118 (в достройке), М-120 (в достройке), Л-23 (на заводских испытаниях), Л-24 (в достройке), Л-25 (в достройке);
– эскадренный миноносец «Свободный» (в достройке), эсминец «Огневой» (на стапеле).
Дунайская военная флотилия включала:
– дивизион мониторов («Ударный», «Мартынов», «Ростовцев», «Железняков», «Жемчужин»);
– дивизион бронекатеров (22 единицы пр. 1125);
– отряд катеров-тральщиков (типа Р – 5 ед., деревянных – 2 ед.);
– отряд полуглиссеров (6 ед.);
– минный заградитель «Колхозник»;
– штабной корабль «Буг»;
– плавучая мастерская ПМ-10;
– госпитальное судно «Советская Буковина»;
– два колесных буксира, а также 12 различных катеров и шхун.
Морпогранохрана НКВД на Черном море имела четыре отряда катеров типа МО (всего 48 единиц), но до начала войны эти морские силы ЧФ не подчинялись. На ЧФ (в составе флота) насчитывалось 42 морских охотника.