В первый же день войны на позиции для действий на морских коммуникациях вышли подводные лодки Щ-206 (С. Каракай), Щ-209 (И. Киселёв), Щ-205 (П. Дронин). В базу не вернулась Щ-206. Это была первая лодка на ЧФ, потерянная в годы войны. Через 18 суток с позиции вернулась Щ-205, которая соприкосновения с неприятелем не имела. Военком В. Колоденко доложил, что командир П. Дронин маневрировал вне своей позиции. После проверки штурманских прокладок и журнала боевых действий данный факт подтвердился. Это было расценено как трусость командира и невыполнение им боевого приказа. Командир был предан суду военного трибунала и по его приговору расстрелян.
После начала войны состав флота резко меняется. Во флот поступают мобилизованные суда. По мобилизации Черноморский флот за первый месяц войны получил 84 судна и катера от гражданских наркоматов, а также 105 кораблей и катеров от НКВД (из них 48 катеров типа МО).
Мобилизованные корабли получили артиллерийское вооружение, в основном за счет мобилизационного запаса. Преимущественно устанавливались 45-мм пушки 21К и 12,7-мм пулеметы, которых на флоте было избыточное количество, однако некоторые корабли получили и более солидное вооружение. Самым хорошо вооруженным «гражданским» кораблем стал ледокол «Анастас Микоян», получивший пять 130-мм орудий. Корабль получил статус «вспомогательного крейсера». К сожалению, осенью 1941 г. корабль был разоружен и переброшен на Тихоокеанский флот.
Достаточно мощное вооружение получили «канонерские лодки» (бывшие грунтоотвозные шаланды Азовтехфлота Спецгидростроя НКВД) «Буг», «Дон», «Рион», «Кубань», «Днестр». Эти корабли немецкой постройки (1927–1929 гг.) водоизмещением 840 т получили по две 130-мм, две 45-мм пушки и два зенитных пулемета. Шестой корабль этой серии, шаланда «Днепр», вооружения не получил, т. к., следуя в Одессу для вооружения, попал на свое минное заграждение и погиб.
Военные специалисты-историки пишут: «Плохое техническое состояние большинства призываемых транспортных средств и неподготовленность гражданских организаций к передаче судов флоту резко снизили темпы их отмобилизования и оборудования. Так, например, транспорты «Москва» и «Апшерон» по плану поступали на второй день мобилизации, в действительности же «Апшерон» прибыл на 17-й, а «Москва» на 19-й день, причем «Апшерон» требовал капитального ремонта, спецоборудование, запасные части и механизмы отсутствовали».
Подход чисто военный, совершенно не учитывающий то, что корабли находились в море, совершая зафрахтованные рейсы, которые корабли должны были завершить, произвести выгрузку, принять топливо и следовать к приписному мобилизационному порту.
Есть еще одна маленькая, но любопытная деталь: указанные в вышеприведенном фрагменте текста танкера и до войны использовались ЧФ для своих перевозок, так, что военным пенять нужно было только на самих себя.
Что касаемо технического состояния и обученности экипажей, то состояние мобилизуемых судов и их экипажей было намного лучше, чем у военных. Несмотря на то что в связи с мобилизацией в движение пришло множество судов, количество навигационных аварий у «гражданских» в первые месяцы войны во много раз было меньше, чем у военных. Это вполне объяснимо: «гражданские» и «НКВДшные» суда работали постоянно и имели достаточно опытные экипажи. Эти корабли имели, как правило, очень прочный корпус, надежные и простые механизмы и очень тихий ход (8—10 узлов).
В первые же дни войны флот понес потери. Правда, были потеряны не боевые корабли, а плавучий кран и буксир, подорвавшиеся на немецких донных минах в Севастопольской бухте.
В 20.35 22.06.1941 г. у Константиновского буя взлетел на воздух буксир СП-12, возвращающийся с уборки плавучих щитов-целей для стрельб. Буксир затонул. Погибло 26 человек, спасли всего четверых. Но этот случай почему-то совершенно не насторожил командование флотом. Траление (даже обычное) произведено не было. Результат сказался через сутки.
24.06.1941 г. в 12.50, кран СП-2 грузоподъемностью 20 т, ведомый рабочим буксиром, следовал из Севастопольской бухты для подъема сбитого ночью 22.06.1941 г. немецкого самолета, который упал в бухте Песочная. Уступая фарватер крейсеру «Червона Украина», входившему в Севастопольскому бухту, буксир начал разворачивать кран. В 12.52 под днищем крана прогремел взрыв. Кран затонул за 4 минуты, погибли люди, находившиеся на его борту. В процессе погружения кран навалился на буксир стрелой, повредив его, в результате чего погибло 8 человек, получили ранения шесть.