У цей період сталося кілька сутичок із радянськими партизанами, внаслідок яких дехто з них навіть загинув, а в кількох випадках ледь не дійшло до перестрілки. За свідченнями обох авторів, ці ситуації були спричинені лише невдалими помилками, коли партизанів приймали за українських націоналістів.
Оскільки наявна кількість зброї ще не гарантувала безпеки, навколо села було споруджено загородження з колючого дроту, що залишився після відступу Червоної Армії у 1941 році. У фільмі «Пшебраже. Волинський бастіон» повідомляється, що досі з цього самого дроту збудовано значну частину огорож на пасовищах в околицях колишнього Пшебраже.
У квітні 1943 року комендантом Пшебраже з цивільних питань був Людвік Малиновський, а з військових — Зигмунт Несторович. Навколо села були розгорнуті контрольні пости. Центр села був оточений кількома метрами смуги загороджень. Такий стан справ застав Генрік Цибульський, коли він прибув до рідного села 20 квітня 1943 року. Кілька днів по тому, на раді старійшин села, йому запропонували взяти на себе військове командування, оскільки Несторович був уже у похилому віці. Цибульський, після нетривалих вагань, прийняв цю пропозицію. Як випливає з його спогадів, перспектива співпраці з інспекторатом Армії Крайової в Луцьку, з одного боку, та з радянським партизанським рухом, з іншого, не особливо сподобалася його найближчим соратникам, з якими він поділився наявними знаннями та налагодженими контактами. Тут слід звернути увагу на складну ситуацію та необхідність вступати у надзвичайно складні союзи, з якими стикалися як Цибульський, так і інші захисники Пшебраже. З одного боку, офіційний дозвіл на носіння зброї, отриманий від Єске, наражав їх на звинувачення у співпраці з гітлерівцями, з іншого — обмежена бойова спроможність змушувала співпрацювати з радянськими партизанами, що, зрештою, з точки зору втікача з Сибіру та солдата Армії Крайової, яким був Цибульський, не могло бути легким рішенням. Однак перед обличчям хвилі смерті та жорстокості, яку залишали після себе загони ОУН-УПА, подібні дилеми мусили відійти на другий план.
Пріоритетом було збереження Пшебраже та порятунок тисяч людських життів, навіть за допомогою німецької зброї та за сприяння радянських військ, щодо політичної лояльності яких у майбутньому, звісно, не можна було плекати великих ілюзій.
Однак Цибульський проявив стратегічну далекоглядність — він усвідомлював, що без їхньої підтримки надати ефективний опір українським націоналістам буде неможливо. Тому він почав готувати командирів невеликих центрів самооборони в околицях Пшебраже до необхідності співпраці з радянськими партизанами, після чого на початку травня повернувся до Карасина, щоб офіційно звільнитися з роботи в лісництві. Цибульський підкреслює у своїх спогадах, що, працюючи в Карасині, він був значною мірою відрізаний від світу й не усвідомлював усієї тяжкості новин про погроми, що доходили з Волині. Як він пише:
«До мене доходили лише якісь спотворені звістки про сутички з українськими фашистами. Ізольований від світу, я оцінював ці новини за старими, довоєнними мірками: ось, знову якісь суперечки через кордони, якісь давні конфлікти між селами, які тепер вирішуються «оптом» в ідеально сприятливих для цього умовах військового беззаконня.»
Лише прийнявши командування в Пшебраже, він з кожним днем дедалі більше усвідомлював масштаби та інтенсивність різанини, що її чинила ОУН-УПА. 8 травня 1943 року Цибульський офіційно обійняв посаду командувача Пшебраже. Його заступником став Францішек Житкевич, ад’ютантом командира — Альберт Василевський, а начальником штабу — Станіслав Ольшевський. Бойові загони були збільшені до чотирьох взводів, а їхні командири були призначені інспектором Армії Крайової. Ними стали: Францішек Малиновський, Марцел Житкевич, Владислав Цибульський і Тадеуш Мельник (за іншими джерелами — Міхчик). Також було створено сільський суд. Систему оборони було зміцнено завдяки будівництву нових окопів, кулеметних точок, дерев’яно-земляних бункерів, а також встановленню загороджень із колючого дроту навколо села.
Оскільки головним завданням був захист цивільного населення, то — починаючи з 5 червня 1943 року — почали організовувати вилазки для збору населення в навколишні села. За короткий час кількість людей, які зібралися в Пшебраже, сягнула кількох тисяч. Оскільки розмістити таку кількість людей разом із майном та домашньою худобою в межах самого селища було неможливо, для проживання були задіяні гаї навколо поселення, де рили житлові бункери. До кінця червня були евакуйовані села навколо Пшебраже, що найбільше піддавалися небезпеці. Після переселення трьохтисячного населення містечка Колки кількість біженців сягнула 18 тисяч418.
Наприкінці існування пункту самооборони в Пшебраже кількість людей, що зібралися там, за деякими даними, сягала 20 тисяч осіб, тоді як у фільмі Сікорського йдеться навіть про 25 тисяч у найнапруженіший період літа 1943 року, таку ж цифру наводить Генрік Цибульський, описуючи останні дні липня. — примітка автора післямови