Баха ад-Дину в то время исполнилось шестьдесят лет, и после почти двадцати лет на службе у монгольских правителей у него появилось желание удалиться на покой, которому, однако, не суждено было сбыться. Начали проводиться фискальные реформы, и Баха ад-Дин вместе с монголом по имени Найматай был послан принять на себя управление Персидским Ираком, т.е. центральной Персией, и Йездом. Достигнув района Исфахана, он заболел и умер.
Возможно, именно таким государственным деятелям, как Баха ад-Дин, Персия обязана тем, что ей удалось пережить эти тревожные века. Династии появлялись и исчезали, но всегда была потребность в чиновниках, которые, сотрудничая с новым режимом, обеспечили бы своего рода преемственность в управлении страной и предотвратили бы ее падение в пропасть разрушения и распада. В переходный период Баха ад-Дин также сумел сохранить традиции своих предков, живших при хорезмшахах, а до этого — при Сельджуках и, возможно, еще более ранних династиях, и после его смерти они были продолжены его сыновьями, служившими уже новой династии — монгольским ильханам Персии.
Основатель этой династии принц Хулагу тем временем двигался на запад во главе огромной армии, и его первоочередной задачей было уничтожение исмаилитов, или ассасинов, Аламута. Аргун встретил его в Кише, городе, расположенном южнее Самарканда и прославившемся впоследствии как место рождения Тамерлана, в ноябре 1255 г. Аргун вновь стал жертвой придворных интриг и, ободренный Хулагу, отправился в Каракорум, чтобы защитить себя от обвинений. Управление западными землями, с согласия Хулагу, он возложил — на своего сына Керей-Мелика, некоего эмира Ахмада и Джувейни. С того времени и до самой своей смерти Джувейни находился на службе у Хулагу и его наследников.
Один случай, произошедший в то время, демонстрирует уважение, которое испытывал к нему монгольский завоеватель. Некто Джамал ад-Дин, который принимал участие в интригах против Аргуна, вручил Хулагу список чиновников, против которых он намеревался выдвинуть обвинения перед лицом Великого хана. Хулагу тут же ответил, что это дело мог решить сам Аргун. Затем, заглянув в список и увидев там имя Джувейни, он добавил: «Если есть против него какое-то обвинение, пусть о нем будет доложено в моем присутствии, чтобы сейчас же разобраться с этим делом и принять решение». После этих слов Джамал ад-Дин отказался от своего обвинения и в смущении удалился.
Огромное войско переправилось через Окс и двигалось через Хорасан, где на пути им попался город Хабушан (современный Кучан), «который лежал в развалинах и руинах со времени первого вторжения монгольской армии до самого того года, с домами, покинутыми жителями, и колодцами (qanat), лишенными воды, и в нем не осталось целых стен, кроме стен Пятничной мечети». «Заметив интерес и удовольствие, с которым король занимался восстановлением руин», Джувейни привлек его внимание к Хабушану. «Он выслушал мои слова и написал ярлык о восстановлении колодцев, возведении зданий, устройстве базара, облегчении участи жителей и о том, чтобы они вновь собрались в городе. Все расходы на строительство он покрыл за счет казны, так что людям не пришлось платить налоги».
Наконец, поздней осенью 1256 г. монголы собрались со всех сторон у цитадели ассасинов — Аламута, «орлиного гнезда», расположенного к северо-востоку от Казвина. Рукн ад-Дин, последний слабый преемник грозного Хасана-и-Саббаха, надеялся выиграть время, рассчитывая, что зимой снег станет его союзником и сделает осаду невозможной; однако еще долго стояла не по сезону мягкая погода, и в середине ноября он решил сдаться. Перед этим он испросил себе ярлык, гарантировавший его безопасность, который и был выписан Джувейни, очевидно, также принимавшим непосредственное участие в переговорах. Кроме того, Джувейни составил фат-нама, или воззвание, в котором сообщалось об окончательной победе над ассасинами и об их полном уничтожении. Он также рассказывает, как с позволения Хулагу исследовал — знаменитую библиотеку Аламута, из которой отобрал несколько «великолепных книг», предав огню те, что «описывали их ересь и заблуждения и не были основаны ни на преданиях, ни на разуме». Из этих последних работ он, к счастью, сохранил автобиографию Хасана-и-Саббаха, обширные цитаты из которой приводятся в третьей части его истории.