Акустическая торпеда обладала рядом недостатков. Прежде всего это касалось сложной и ненадежной системы наведения ТV: ее составляли 11 ламп, 26 реле, 1760 контактов и 330 метров проводки. Вторым (притом главным) недостатком была опасность срабатывания торпеды на шум винтов выпустившей ее подводной лодки. Поэтому в течение 1944 года велись работы по улучшению конструкции «Цаункенига». В конце года на вооружение приняли модернизированный образец торпеды, в котором были устранены все указанные дефекты. Всего за войну немецкие подводники выпустили 640 акустических торпед; число их попаданий в корабли союзников составило 6 % от общего числа расстрелянных по врагу торпед всех типов, что является очень хорошим показателем.
Другой новой торпедой, принятой на вооружение кригсмарине в 1943 году, стала «блуждающая» торпеда FAT (Flachenabsuchentorpedo — поверхностная поисковая торпеда), применявшаяся исключительно против конвоев.
После выхода из торпедного аппарата она некоторое время двигалась по прямой, а затем, с заданной дистанции, начинала двигаться зигзагом. Несмотря на экстравагантность замысла, торпеда FAT оказалась достаточно эффективной: ее метания посреди длинных параллельных кильватерных колонн транспортов, как правило, приводили к попаданию в одно из судов.
В ответ на применение англичанами активного постановщика помех «Фоксер» немцы в конце войны разработали управляемую торпеду «Lerche» («Жаворонок»). Ее траектория во время движения к цели могла корректироваться с помощью системы телевизионного управления. Сигналы передавались по многожильному кабелю длиной около 6 км. На конечном участке траектории включалась система самонаведения. В начале 1945 года эту торпеду начали применять на коммуникациях союзников в Атлантике (лодки XXI и XXIII серий, вступавшие в строй с начала 1945 года, получали все типы новых торпед — «Цаункениг», «Лерхе» и ФАТ).
Кроме перечисленных образцов, к 1945 году немцы разработали до 12 различных вариантов экспериментальных торпед, в силовых установках которых использовалась перекись водорода. Их конструкция предусматривала установку турбин Вальтера или даже реактивных двигателей. Одним из наиболее интересных проектов была опытная 533-мм торпеда «Steinwal», работавшая на маловодной перекиси водорода вместо сжатого воздуха. Использование вальтеровского двигателя позволило ей проходить 22 км на скорости 45 узлов за 16 минут. Длина торпеды составила 7,2 метров, снаряженная масса — 1730 кг (в том числе 300 кг ВВ). Созданная в 1944 году «Штайнваль» не пошла в серию только из-за чувствительной нехватки перекиси водорода, требовавшейся для заправки баллистических ракет V 2, чей выпуск постоянно увеличивался.
В конце войны на основе стандартной торпеды G 7Е с электромотором была создана реактивная торпеда G 7UR «Mondfisch» («Луна-рыба»). Использование реактивного двигателя позволило ей развивать скорость 70 узлов, но дальность хода упала при этом до 2600 метров (электрический двигатель обеспечивал дальность действия торпеды 5000 метров). Данное обстоятельство не позволило принять «Мондфиш» на вооружение флота.
Весьма интересным является тот факт, что еще в 1942 году в Пеенемюнде по инициативе доктора Эрнста Штайнхофа (Ernst Steinhoff) проводили опыты с пуском 30 пороховых ракет калибра 20-мм с борта подводной лодки, находящейся на глубине 9—15 метров. Идею установки на подлодке ракет этому специалисту подал его брат, командир лодки U-551 корветтен-капитан Фриц Штайнхоф. Летом 1942 года его корабль был оборудован шестью пусковыми установками (schweres Wurfgerat 41), с которых можно было стрелять «сухопутными» ракетами 30 cm Wurfgranate 42 Spreng. Ракеты стартовали по наклонной, перпендикулярно оси лодки, зажигание производилось изнутри. Разумеется, перезарядить эту систему было возможно только в надводном положении. Прицельный огонь вести было невозможно.
Эксперименты доказали, что ракетный двигатель прекрасно работает в толще воды. Более того, такой способ пуска даже уменьшал рассеивание и благоприятно влиял на увеличение дальности полета ракет. Адмирал Дениц и его окружение отнеслись к опытам братьев Штайнхофов без особого интереса. Правда, пусковые рамы для неуправляемых ракет в конце войны все лее стали монтировать на подводных лодках основных типов. С их помощью командование кригсмарине надеялось повысить боевые возможности лодок в надводном положении (союзные конвойные корабли градом глубинных бомб все чаще заставляли всплывать подлодки Деница на поверхность). Залп реактивных снарядов, почти равный по весу залпу тяжелого крейсера, при точном попадании мог пустить ко дну любой корабль противолодочной обороны.