Впоследствии, впрочем, варианты внешнего облика будущего корабля многократно пересматривались, от прежнего варианта осталось немного; спускаемая капсула будущего корабля приобрела очертания, более напоминающие носовую часть «Бурана». Именно в таком виде и проводились уже испытания в аэродинамической трубе ЦНИИмаш в 2003 году.
Разработчики проекта пришли в итоге к концепции частично многоразового корабля, состоявшего из многоразовой части и одноразового служебно-агрегатного отсека, сбрасываемого после отработки тормозного импульса для схода с орбиты. «Союз» сбрасывает перед тормозным импульсом бытовой, а перед входом в атмосферу — и служебно-агрегатный отсек.
Стартовая масса корабля «Клипер» должна была составлять 13-14,5 тонн, масса возвращаемой части (а возвращалось опять-таки не всё) — 7,1-9,8 тонн. В отличие от «Союза», способного уволочь на орбиту не более 200 кг полезного груза, «Клипер» мог бы увозить 700 кг, а возвращать 500 кг — во многом благодаря собственным габаритам. Вдобавок, в отличие от трёхместного «Союза», «Клипер» мог бы увозить на орбиту и возвращать до шести человек.
Хотя изначально предполагалось, что это будет просто капсула, в 2003-2004 году был предложен и крылатый вариант, так что «Клипер» окончательно стал напоминать внешней «Буран», но только в сильно укороченном виде. Естественно, от варианта с парашютной посадкой решили отказаться: «крылатая» форма позволяла бы даже осуществлять манёвры при прохождении через плотные слои атмосферы (хотя, учитывая маленькие размеры крыльев, неспециалистам в это поверить непросто).
До 2003 года все разработки этого проекта в РКК «Энергия» велись в «инициативном» порядке, по принципу «нам не всё равно». В 2003-2004 году, однако, появились некоторые надежды. Интерес к «Клиперу» проявило Европейское космическое агентство. Дошло до того даже, что в мае 2005 года ЕКА объявило, что готово вложиться крупными средствами в приведение «Клипера» в лётный вид. Речь шла о 100 млн фунтов стерлингов в год в течение ближайшего десятилетия — как на разработки, так и непосредственно на производство. В итоге, как ни печально, в том же 2005 году Европа от поддержки проекта всё же отказалась. Не получал «Клипер» нужного финансирования и дома: для РКК «Энергия» этот проект никогда не был приоритетным, государственная поддержка проекта Роскосмосу казалась также недостаточной.
Всё решил пресловутый конкурс 2005 года. Говорили, что этот конкурс затевался вообще для проформы — с тем, чтобы дать высочайшее одобрение «Клиперу» (и выбить из государства, наконец, деньги на его разработку). Участвовали «свои» РКК «Энергия» и ГКНПЦ им. Хруничева, а также несколько менее «своё» НПО «Молния», которое спутало все карты. А что не спутала «Молния», то перепутали сами чиновники: из конкурса ничего толком не получилось.
К середине 2006 года все работы по «Клиперу» в РКК «Энергия» были свёрнуты. Однако разработанные технологии всё ещё планируется использовать в том, что пока носит название «Русь».
Будущее за «Русью»?Официально называемый «Перспективная пилотируемая транспортная система» (ППТС), этот амбициозный (как водится) проект подразумевает создание корабля нового поколения, который сменит и давно морально устаревшие «Союзы», и не менее устаревшие «Прогрессы» (которые, по сути, представляют собой грузовую разновидность тех же «Союзов»).
ППТС видят не только как орбитальный корабль, но и как средство пилотируемых полётов к Луне и даже Марсу, причём это назначение закладывается в его конструкцию с самого начала. Существующий ныне (представленный на МАКС-2009 и МАКС-2011) макет предоставляет возможность заранее взглянуть на то, как это будет выглядеть.
Корабль будет представлять собой многоразовую возвращаемую капсулу, которая будет оснащаться одноразовым (увы!) агрегатно-двигательным отсеком. Длина капсулы будет составлять 6,1 м, максимальный диаметр корпуса — 4,4 метра. У «Союза» и «Прогресса» максимальный диаметр — 2,7 м, то есть ППТС более чем в полтора раза просторнее. Впрочем, учитывая, что плановый размер экипажа составит шесть человек, вряд ли кабина ППТС будет напоминать комнату в санатории.
Интересно, что Роскосмос поставил условие: в случае необходимости кораблём должен быть способен управлять один человек. То есть предъявлены самые серьёзные требования к системе управления. Понятно, что простой она для такой машины быть не может, но и на её сложность наложен жёсткий лимит.