El gran personaje unamuniano, don Manuel de San Manuel, Bueno, mártir, se encuentra preludiado en "El maestro de Carrasqueda" de 1903, donde una comunidad aldeana vive espiritualmente animada por virtud de un hombre excepcional. Aquí el problema es todavía el de la regeneración de España; y la acción se sitúa en el futuro: "Los que hemos conocido [al maestro don Casiano] en este último tercio del siglo XX, anciano, achacoso, resignado y humilde, a duras penas lograremos figurarnos aquel joven fogoso, henchido de ambiciones y de ensueños, que llegó hacia 1920 al entonces pobre lugarejo en que acaba de morir". Uno y otro, don Casiano y don Manuel, aunque en distinto plano, son padres espirituales de su pueblo. Al maestro lo habían llevado a morir a su escuela y a san Manuel también "se le puso, en el sillón, en el presbiterio, al pie del altar. Tenía entre sus manos un crucifijo".
La confidencia alcanza su más inspirada expresión artística y humana en "La locura del doctor Montarco" de 1904, narración muy citada por los críticos, pues acaso la circunstancia de su publicación en un volumen de Ensayos (Residencia de Estudiantes, Madrid, 1917) propició una sobrevaloración de la ideología. Tal vez se propuso el autor mostrar cómo en otros géneros literarios podía y sabía prolongar en forma atrayente (y más duradera) los temas y problemas expuestos en páginas doctrinales. Las ideas no importan tanto como la forma en que se expresan: "¿Qué diríamos -pregunta- del que para juzgar de la Venus de Milo hiciese, microscopio y reactivos en mano, un detenido análisis del mármol en que está esculpida? Las ideas no son más que materia prima para obras de filosofía, de arte o de polémica". Y la afirmación debe recordarla quien aspire a entender la estética de Unamuno; puesta donde la leemos previene contra la posible confusión derivada de considerar más importantes las ideas del doctor Montarco que el personaje en quien encarnan y toman asiento. Como acertadamente escribe Stevens, la importancia de este doctor entre las figuras de ficción inventadas por Unamuno estriba en dos cosas: su quijotismo y su carácter de portavoz oficioso del autor… Montarco-Unamuno representa en el ambiente burgués una regresión idealista, un avance hacia la utopía, una crítica del realismo literario. La narración muestra las cualidades innovadoras de estos cuentos, -escritos o ideados- y la reacción del público frente a ellos. El doctor Montarco, ciudadano tan normal y serio en su vida familiar y profesional como el catedrático de griego de la Universidad de Salamanca, da un día un paso trascendentaclass="underline" "Publicó en un semanario de la localidad su primer cuento, un cuento entre fantástico y humorístico, sin descripciones y sin moralejas". La incomprensión del medio ambiente para su obra le indigna, pero no le detiene. Sigue escribiendo: "Cada vez eran sus cuentos, relatos y fantasías más extravagantes, según se decía, y más fuera de lo corriente y vulgar (…). Entercóse en proseguir con sus relatos, relatos tan fuera de lo que aquí, en España, es corriente…", por lo que Montarco pierde su clientela y acaba por ser declarado demente y encerrado en un manicomio. De acuerdo con Carlos Clavería (en Temas de Unamuno, cit.), "en la caracterización unamuniana de los cuentos de Montarco, que era de los suyos propios, don Miguel de Unamuno destaca lo extravagante y lo extranjero de esas piezas literarias y lo fantástico y humorístico de sus temas". Y es que Montarco, como don Miguel, no se conforma con vivir; quiere sobrevivir en lo extraordinario, en lo polémico y en lo imposible.
Tanto "La locura…" como el relato que sigue, "Y va de cuento…", fueron compuestos en el período de gestación de su Vida de Don Quijote y Sancho. En su reclusión, el doctor Montarco lo que más lee es el Quijote y en "Y va de cuento…", haciendo gala de una gran dosis de ironía, el narrador-autor va deshilvanando algunas de sus paradojas: "Yo, que, como el héroe de mi cuento, soy también héroe y catedrático de griego, sé lo que etimológicamente quiere decir eso de paradoja…". Clavería sostiene que puede fecharse la redacción del cuento en 1905, poco después de la publicación del comentario a la novela cervantina que da ya un buen ejemplo de la confusión en las esferas de personajes, lector y autor, en el escenario de la ficción o del relato, que se va haciendo entre ellos: "Dejamos a nuestro héroe -empezando siéndolo mío y ya es tuyo, lector amigo, y mío; esto es, nuestro- de codos sobre la mesa…". Nos revela las angustias del autor que tiene que escribir y que tiene que inventarse un asunto y un héroe novelesco, ya que "a Miguel, el héroe de mi cuento, habíanle pedido uno" […] "¡Y no soy cuentista!… Y no, el Miguel de mi cuento no era un cuentista. Cuando por acaso los hacía, sacábalos, o de algo, que, visto u oído, habíale herido la imaginación, o de lo más profundo de las entrañas". Pero el Miguel de "Y va de cuento…" estaba publicando o proyectando otros cuentos. La relación del autor con sus personajes, como la de Dios con sus criaturas, la necesidad de ellos que Unamuno sintió les hacen superiores y autónomos. Este problema se plantea aquí antes del muy conocido de Niebla (1914) donde Agustín, el "ente de ficción", se enfrenta con el propio autor para gritarle: "¡Quiero vivir, quiero ser yo!" en actitud paralela a los gritos que Unamuno lanzaba hacia su Creador: "Los cuentos de mi héroe tenían para el común de los lectores de cuentos un gravísimo inconveniente, cual es el de que en ellos no había argumento, lo que se llama argumento…".
En "El Canto adánico" se aprecian las preocupaciones del protagonista por la lírica, que "cuando es sublime y espiritualizada acaba en enumeraciones", en poner nombre a las cosas como hizo Adán. También don Miguel sintió una gran pasión por la poesía. En el Prólogo al Cancionero la resume así: "Creo haber maridado dos pasiones, la del sentimiento de la vida humana, deseándose divina, y la del lenguaje en que ese sentimiento se expresa". El autor irrumpe impetuosamente en "La beca" (1913), cuento siguiente, para expresar cómo "el padre come al hijo, devorándole poco a poco…". Francisco Ayala estudia este cuento y destaca cómo Unamuno, lleno de cólera, imputa al progenitor lo que el buen señor jamás hubiera admitido, cuánto le indigna la conducta egoísta de aquellos progenitores: "-Ahora, ahora que iba a empezar a vivir…- se lamenta la madre – Sí, muy triste -murmuró el padre, pensando que en una temporada no podría ir al café".
La célebre frase de Rabelais, en el siglo XVI, "ciencia sin conciencia no es más que ruina para el alma", cobra vida en "Don Catalino, hombre sabio" de 1915. El mensaje resulta clarividente: Hay una burla de la Ciencia, escrita con mayúsculas, que trae a nuestra memoria el clima de la novela Amor y pedagogía (1902) y del ensayo Contra el purismo (1903). El autor aparece con su mismo nombre e idiosincrasia y don Catalino como amigo e interlocutor. Francisco Ayala ha subrayado esta desconfianza unamuniana frente a las especulaciones racionales, manifestando que el uso de razón parece excluido por completo del mundo novelesco unamuniano. Stevens, por su parte, va más allá: "Bajo el humor, más bien templado, se trasluce con clarividencia el temor de Unamuno al daño que la llamada actitud científica puede ocasionar al hombre (…). En realidad, Unamuno está señalando el pedantismo y el autoritarismo del personaje, y a través de él una perniciosa característica de los tiempos modernos…". Lo que sí queda claro es que a partir de estos años Unamuno no deja de mostrar una posición anticientificista, antieuropeizante, irracional e individualista. Quizá la guerra mundial mostraba al rector de Salamanca a dónde conducían los adelantos de la ciencia aplicada, por lo que justifica le diviertan más "las aventuras de Belerofonte o la leyenda de Edipo, que no el binomino de Newton. Y en cuanto a utilidad -prosigue irónicamente-, como al fin y al cabo se ha de morir uno…".