После того как в 1640 году Гушри-хан одержал победу в восточно-тибетской провинции Кхам, он напал на монастыри Кагью в Цанге. Далай-лама писал своему ученику, пытаясь удержать его от необдуманного шага, но тщетно: письмо было перехвачено и слишком поздно дошло до Гушри-хана. После кровавой битвы был разорён Шигадзе, и вследствие войны Кармапа Чёйинг Дордже был вынужден бежать. Лишь в 1673 году, за несколько месяцев до смерти, он смог снова вернуться в свой монастырь-резиденцию Цурпху. Несмотря на то, что спустя какое-то время права линий Кагью и Сакья были официально восстановлены, их значение в Тибете уже никогда больше не достигало прежнего уровня.
В 1642 году Гушри-хан пригласил Далай-ламу со свитой в монастырь Ташилюнпо. Успешный полководец устроил пышную церемонию приёма и нарёк Далай-ламу главой государства Тибет, а его близкое доверенное лицо, Сёнама Чёпела, назначил на должность «дези», что соответствует современному премьер-министру. Далай-лама был заранее проинформирован о замыслах хана и поначалу долго медлил с решением - думал, принять ему эту "честь" или нет. После многодневного медитационного уединения он дал согласие на принятие этого поста. Учитывая то, что никто в Тибете, кроме Далай-ламы, не имел столь сильного влияния на Гушри-хана, альтернативой этого решения явилось бы полное господство Монголии и полная потеря независимости Тибетом. Гушри-хан, пребывая в Тибете до 1655 года, действительно не вмешивался во внутреннюю политику страны. После смерти хана два его сына осуществляли общий контроль в Тибете, но, в конечном итоге, и они почти полностью воздерживались от вмешательства.
Совместное правление дези и Далай-ламы было, собственно, задумано как система разделения сфер деятельности, что сопоставимо с современной конституционной монархией, при которой король является представителем власти, а премьер-министр правит страной. Соответственно, Сёнам Чёпел являлся ведущим политиком страны и при этом всегда совещался по важным вопросам с Далай-ламой. Эта система работала действительно хорошо до 1656 года - года смерти первого дези.