Его пост оставался сначала долгие годы вакантным, затем никто из преемников не задерживался на этом посту на сколь-либо долгий срок, и, таким образом, Далай-лама постепенно взял всю власть в свои руки.
Считается, что 5-й Далай-лама объединил Тибет и создал современную централизованную систему управления государством. Гелугпинскую крепость Лхаса он превратил в столицу и создал в ней правительственные учреждения. Во времена его правления в различных регионах Тибета, а также в больших монастырях были учреждены должности лояльных по отношению к центральному правительству администраторов, повсеместно была введена налоговая система, издан кодекс законов, содержащий в том числе и драконовские меры наказания. Был положен конец клановой борьбе за власть, чему в немалой степени способствовало применение силы. Далай-лама призвал знаменитого оракула старейшего монастыря Самье в монастырь Нечунг недалеко от Лхасы и назначил его оракулом государственного значения. В 1652 году он совершил короткий визит в западный Китай, где состоялась его встреча с новым императором этой страны.
Восхождение Панчен-ламы.
На времена 5-го Далай-ламы приходится также появление нового выдающегося тулку. К ближайшим ученикам Цонгкхапы в XV столетии причислялся некий Кхадруб Дже - он был назначен настоятелем монастыря Ганден. Его третьей реинкарнацией был Лобсанг Тенпей Гьялцен (1567-1662) - главный учитель 4-го и 5-го Далай-ламы. Из дружбы и уважения он назвал его Панчен Ринпоче - титул, происходящий от «Пандита Кьенпо», что указывает на учёность Лобсанг Тенпей Гьялцена. Его функция настоятеля в монастыре Ташилюнпо была унаследована всеми последующими реинкарнациями Панчен-ламы. В то время как Далай-лама по традиции считается эманацией Любящих Глаз, Панчен-лама представляет собой эманацию Будды Безграничного Света. Хотя Панчен-ламы выступали как в роли учителей, так и в качестве учеников Далай-лам, в духовном воспитании Далай-ламы всегда принимали участие и другие учителя. Нынешний Далай-лама, а также два его предшественника не имели подобных отношений с Панчен-ламами, потому что они оказывались примерно одного с ними возраста.
«Великий пятый» до сих пор пользуется большим уважением тибетцев, - оценка, с которой не все однозначно согласны, в особенности приверженцы старых школ буддизма, пострадавших при его правлении. С другой стороны, Лобсанг Гьямцо не хотел быть политиком, но всё-таки стал им по милости монголов (что справедливо, по крайней мере, для первых годов его правления). Сохранились свидетельства того, что невольная ответственность за весь Тибет превратила его в человека жёсткого и немногословного.