Утверждения Гордиевского вызвали скептическое отношение других экспертов. Поскольку впервые о шпионской деятельности Пеньковского советским спецслужбам стало известно в декабре 1961 года, и за ним сразу было установлено наружное наблюдение, о чём доложено высшему государственному и военно-политическому руководству СССР, то его связи в этот период были резко ограничены, выезд за границу был для Пеньковского закрыт, и в таких обстоятельствах никто с подозреваемым в шпионаже, хотя и находящимся на свободе высокопоставленным госчиновником, секретами не делился. Подготовка к отправке ракет на Кубу (операция «Анадырь») началась только в 1962 году, когда каждый шаг Пеньковского в Москве уже отслеживался. О том, сколько и каких ракет размещено на Кубе, каковы истинные планы Хрущёва, — Пеньковский никак не мог сообщить на Запад, поскольку на момент доставки ракет находился в госпитале под плотным контролем оперативников, а после выписки вскоре был задержан. В действительности Карибский кризис, который достиг кульминации только за неделю до ареста Пеньковского (все 40 ракет на Кубу доставили к 14 октября 1962 года) был разрешён СССР и США к началу 1963 года на компромиссной основе и за счёт взаимных уступок — СССР вернул ракеты с Кубы, США взамен отказались от вторжения на Кубу, прекратили военно-морскую блокаду Кубы и убрали ракеты из Турции.
Не существует документальных поимённых подтверждений, что кто-либо из резидентов и военных разведчиков ГРУ пострадал за рубежом на основании информации Пеньковского, был задержан или выслан из страны пребывания. Единственный разведчик ГРУ, который упоминался в данном контексте — помощник военно-морского атташе СССР в Великобритании Евгений Иванов, однако он успешно завершил свою операцию в Лондоне, имевшую целью отставку премьера Макмиллана, и был отозван на родину 22 января 1963 года не по вине Пеньковского, а в связи с Делом Профьюмо. Согласно публиковавшимся оценкам документы, которые Пеньковский мог выносить со службы для копирования дома, материалы из спецбиблиотек ГРУ и Главного Ракетно-Артиллерийского Управления Генштаба, ведомственные журналы для служебного пользования «Военная мысль», «Артиллерийский сборник», «Военный вестник» — в действительности не имели высокого статуса секретности, а допуск к ним Пеньковский получил на основании того, что пытался писать научные работы. Филипп Найтли в книге «Шпионы XX века» отмечал: «Хотя в ходе операции каждый клочок информации жадно подхватывался западными разведслужбами и тщательно изучался, в ретроспективе они не могут привести ни одного примера полученной от Пеньковского информации, имевшей серьёзное военное значение».