Озабоченность «Московских ведомостей» финским «сепаратизмом» была высказана ими еще в 1863 году в полемике со шведоязычной финляндской газетой «Хельсингфорс Дагблад». Однако в самом начале следующего года эту полемику пришлось прекратить по требованию правительства. После этого в российских газетных полемиках вплоть до 1880-х годов критики особых прав Великого Княжества не велось, хотя Катков время от времени выказывал свою неудовлетворенность положением Финляндии как «соседней страны». Тем не менее его манера выражать это оставалась тогда весьма умеренной и осторожной.
Термин «Финляндский вопрос» начал входить в постоянное употребление в середине 1880-х годов. Катков, в выражениях становившихся уже все более энергичными, обвинял российских либералов в защите сепаратизма, поскольку они характеризовали административную связь Великого Княжества с Империей как персональную унию и восхваляли прогрессивность финляндской конституционной системы правления в сравнении с «отсталой» российской. «Московские ведомости» указывали на своих полосах, что финляндский сепаратизм революционен, и его главной целью является ограничение власти государя и достижение Финляндией государственной независимости. Это не обязательно предполагает баррикады и открытый мятеж. Финляндские лидеры, похоже, избрали сравнительно более долгий, но в то же время более безопасный путь закулисных интриг и козней.
Объединительные идеи были отложены Александром III в сторону в период, предшествовавший его смерти, а затем, в начале царствования Николая II, прекратилась в российской прессе полемика по «Финляндскому вопросу», в которой «Московские ведомости» получали мощную поддержку других консервативных газет, в том числе «Нового времени». Придерживаясь принятой правительством пассивной линии, «Новое время» наряду с сокращением своих публикаций по «Финляндскому вопросу» стало избегать и своих вольных комментариев к доходившим из Финляндии новостям. Союз «Московских ведомостей» и «Нового времени», выказывавший уже в 1894 году признаки распада, прекратился год спустя открытым разрывом: «Московские ведомости» обвинили «Новое время» в том, что на ее страницах в течение года публиковалась неверная информация, по вопросу о политике в отношении Финляндии.
Комментируя в январе 1897 года отставку с поста генерал-губернатора Финляндии графа Гейдена, «Московские ведомости» отмечали, что за время его пребывания в этой должности пост стал самым трудным из генерал-губрнаторств всей империи. Гораздо легче было, например, в Тифлисе или Варшаве. Проблемами в Хельсинки были недостаточность полномочий генерал-губернатора и окружавшие его там чиновники финляндской администрации, придерживавшиеся сепаратистских взглядов и «изолировавшие» своего начальника, препятствуя ему этим эффективно исполнять свои обязанности. Лишь в 1893 году у генерал-губернатора появился русский помощник.
Открывавшуюся в 1897 году сессию сейма Финляндии «Московские ведомости» приветствовали напоминанием финляндцам, что они с 1860-х годов пустились по пути, который привел к ослаблению связей с империей и может, пожалуй, привести в конце концов к полному отделению от России. И, мол, особенно в период с 1863 по 1888 год сейму Финляндии, сенату и министру статс-секретарю Великого Княжества удалось осуществить многие сепаратистские затеи, в числе которых, например, устав сейма, армия и уголовное законодательство. Правда, затем, к счастью, как считала газета, правительство начало ставить препятствия на пути финляндского сепаратизма и мало-помалу осуществлять объединительные реформы. Из задач ближайшего времени, по мнению «Московских ведомостей», важнейшей было законодательное оформление вмененной министру статс-секретарю еще в 1891 году обязанности поддерживать связь с министрами империи по относящимся к их компетенции делам, касающихся Финляндии, до окончательного представления их императору. Выдвигалось также требование провести в жизнь рекомендации «комитета Бунге», подготовившего вопрос об общегосударственном законодательстве. Не следовало забывать о денежной и таможенной реформах, но прежде них шли по важности изменение закона о воинской повинности, а также соединение сети финляндских и российских железных дорог путем строительства моста через Неву. Это последнее требование газета обосновывала ссылкой на опасность нападения Швеции, к отражению которого следовало подготовиться. Именно поэтому не могло быть и речи о предложении финнов, «игравших на руку Швеции», провести железную дорогу между Оулу — Торнио. Опасными для России агрессивными намерениями шведов объяснял идею железнодорожного пути Оулу Торнио и Ф. Еленев в статье, опубликованной «Новым временем». Шведское правительство обратило внимание российского правительства на эти публикации, расценивая их как враждебные, и по просьбе императорского Министерства иностранных дел Министерство внутренних дел сделало «Новому времени» замечание.