Ободренный императорской поддержкой с тыла, Бобриков принялся усердно действовать, чтобы раскрыть «заговор», лежащий в основе затеи с петицией и собиранием подписей под ней, а связанные с этим собрания отнести к разряду преступных. Однако нажим на сенат, который и императором был признан виновным, оказался неэффективным. «Финляндское правительство» подчеркнуло, что в стране действует свобода собраний. В составленном К.Ю.Стольбергом ответе сената подчеркивалось, что в Финляндии, наряду с законами, источником права служат существующие в стране обычаи. Обращение к монарху является исконным институтом, через который отдельные граждане или даже весь народ в целом имел возможность выразить свои заботы и надежды. Постановление 1826 года определило особый путь, которым можно обратиться к государю, но оно не исключило возможностей обратиться к нему и иным образом, поэтому дело не дает оснований для принятия дополнительных мер. Несмотря на неоднократные попытки Бобрикова, сенат стоял на своем. Безрезультатным было и обращение генерал-губернатора с разрешения императора прямо к губернаторам с циркуляром, содержавшем требование усиленных мер для предотвращения «общественных беспорядков», подобных Большой петиции.
Для большей убедительности Бобриков представил Николаю II на рассмотрение проект указа, по которому проведение собраний и сбор подписей под петициями запрещались бы без заранее полученного разрешения. Однако, побеседовав с Прокопе, царь все же отказался от этой затеи. С точки зрения императора, о которой он сообщил Бобрикову, это не имело большого значения. «Лучше, мне кажется, пока мы их (финляндцев — Т.П.) не забрали окончательно в руки, дать им потешиться пустяками, наподобие маленьких детей». Зато Николай одобрил составленную Бобриковым декларацию о нужности Февральского манифеста для Финляндии, законы которой он, мол, не нарушил. Поскольку сенат отказался от сотрудничества с генерал-губернатором этом деле, он принялся сам рассылать декларацию местным властям, и ему пришлось долго конфликтовать с ними, в частности, с магистратами Хельсинки и Таммисаари.
Присланные Бобрикову позже губернаторами и комитетом Большой петиции объяснения о зарождении идеи Большой петиции и практических мерах по ее осуществлению генерал-губернатора не удовлетворили. Он считал, что объяснения слишком прямолинейны, чтобы быть правдой. Наряду с политикой вопрос был в отличающихся одно от другого понятиях права. Исходя из принципов самодержавия, Бобриков считал, что все неупомянутое в законе как разрешенное — запрещается, а трактовка сената была иной. Бобриков писал: «По местным законам такое деяние не наказуемо, так как каждый гражданин Финляндии может свободно выражать свои желания. Такое заявление я признал дерзостью». Учитывая, к каким кругам общества принадлежал генерал-губернатор и его жизненные позиции, можно понять, почему мысль о праве народа на собственную инициативу, не говоря уже об «обсуждении» действий правительства, была для него совершенно неприемлемой.
Хотя в докладах, направленных Николаю II и Куропаткину, Бобриков постоянно подчеркивает свое «хладнокровие», его нервы, которым еще в молодости достались сильные потрясения, подверглись в 1899 году тяжелому испытанию. «Чтобы дерзость эта могла дорасти до таких ужасных пределов — ни один из русских людей не смел даже мечтать. Всему вина сейма и сената. Это они истинные коноводы всего движения, с которыми будем разделываться, по заслугам каждого, впоследствии. Опираюсь твердо на здравый смысл и до некоторой степени даже на закон». Доверия к местным чиновникам не было. Полиция избегала служить интересам России и даже, наоборот, участвовала в собирании подписей под петициями. Поэтому требовались на помощь подкрепления: жандармы и казаки. Бобриков писал, что фанатичные революционеры легко распознаваемы. К таковым принадлежит и барон Р.А.Вреде. Более трудными являются личности, ведущие двойную игру. «Меня бесит нахальство Тудера, носящего почетный титул шталмейстера, чего я переварить не могу. Он ведь осмелился встать во главу сенатской депутации и как бы требует от Государя отчета в издании Высочайшего манифеста... Двуличная деятельность его с перевесом в сторону финляндцев — слишком явна... Меня здесь окружающие местные лица все больше подлецы и изменники... Здесь наряду с правительством действуют, под охраной странных законов, темные силы, проникнуть в организацию которых пока мне еще не удалось... Ни на минуту не сомневаюсь, что применение твердой системы должно постепенно привести к победе. Государственные дела такой важности, как мирное завоевание Финляндии, требуют немалого срока. Бог даст, на мою долю с Вами (Куропаткиным — Т.П.) придется заложить фундамент и, конечно, прочный... Благодарение Богу, Его Величество, видимо, в своем решении непоколебим».