Высшее образование генерал-губернатор тоже не обошел своим вниманием. По его мнению, все «преступное учение», будто Финляндия является отдельным государством, возникло в стенах Императорского Александровского университета (в Хельсинки). И это тоже было отражением прежнего «небрежения» российских чиновников. Проблема представлялась Бобрикову все же весьма деликатной, поскольку высшим административным чиновником университета — канцлером — традиционно являлся член царствующей династии, обычно наследник-цесаревич. Однако после восшествия Николая II на престол обязанности канцлера были возложены на министра статс-секретарь Финляндии до тех пор, пока у императорской четы не появится наследник мужского пола, которого долго не было. Опасаясь, что должность канцлера перейдет в руки русских чиновников-бюрократов и обеспечивая себе возможно большую свободу маневра, консистория университета предложила в 1899 году оживить традицию назначением канцлером университета Великого князя Михаила Александровича — младшего брата императора. (Он был и престолонаследником до августа 1904 года, когда у Николая II родился сын Алексей, ставший наследником престола.)
От внимания Бобрикова отнюдь не ускользнуло, на что была направлена эта идея. Уже начиная с 1898 года он замышлял, чтобы обязанности канцлера были переданы или ему самому или его помощнику Шипову. Таким образом был бы сделан еще один значительный шаг к централизации и «усилению» управления окраиной. Осенью 1899 года, вступив в должность министра статс-секретаря, фон Плеве относился к проблеме канцлера сначала осторожно. Усиление власти Бобрикова открывало не только позитивные горизонты, но с другой стороны новоиспеченный министр статс-секретарь Финляндии не хотел сразу же, в начальном периоде сотрудничества обижать генерал-губернатора Финляндии. Фон Плеве сообщил Бобрикову, что должности генерального секретаря Государственного совета и министра статс-секретаря обеспечивают ему достаточно забот и без обязанностей канцлера. Эту точку зрения он не скрыл и от императора, который, как сообщил Бобрикову фон Плеве, обдумывает в качестве варианта сохранения «статус-кво» передачу должности канцлера министру народного просвещения империи Н.П.Боголепову. В качестве альтернативы могла пойти речь о назначении Шипова распорядительным вице-канцлером с расширенными полномочиями. Не было ничего невозможного и в том, чтобы вообще упразднить должность канцлера. Но к предложению финляндцев назначить канцлером особу императорской фамилии Его Величество отнесся явно отрицательно. Генерал-губернатор не мог не заметить, что его кандидатура на пост канцлера не была в числе вариантов, которые обдумывал Его Величество.
Человеку типа Вячеслава Константиновича фон Плеве добровольно отказаться от соблазнов власти было все же трудно. С другой стороны, начальник канцелярии министра статс-секретаря Армфельт, защищавший интересы Финляндии, боявшийся кандидатур Бобрикова и Боголепова и видевший, что возможности принятия предложения консистории университета ничтожны, сделал все возможное, чтобы склонить своего шефа — фон Плеве принять обязанности канцлера. 8 (21) декабря 1899 года, вернувшись с доклада из Царского Села, фон Плеве сообщил Армфельту в качестве «вероятно, обрадующей его новости», что получил приказ императора оставаться пока временно исполняющим обязанности канцлера. Финляндцам открылась таким образом возможность маневрировать для нейтрализации многих резких попыток генерал-губернатора вмешиваться в дела университета.
Вице-канцлером был в Хельсинки сначала государственный советник Тиодольф Рейн, а после того, как ему пришлось из-за его симпатий к конституционалистам выйти в отставку в начале 1903 года, его преемником стал профессор всеобщей истории Й.Р.Даниельсон. При этом назначении генерал-губернатор также потерпел поражение: император отстранил его кандидата — ректора гимназии Семенова с пути Даниельсона, которого рекомендовал фон Плеве. При необходимости министр статс-секретарь не упускал возможности напомнить ретивому генерал-губернатору, что дела университетские являются прерогативой канцлера университета.
Рвение Бобрикова добиться возможности контролировать университет, «этот очаг сепаратизма», и управлять им, весьма понятно. В университете, который постоянно обвиняли в «преступном учении» об ограниченности власти самодержца, о государственной обособленности Финляндии и т.п., большим влиянием пользовались профессора кафедры государственного права — сначала Мехелин, затем Германсон. Бобриков утверждал, что историки, и в их числе Даниельсон, односторонне освещали завоевание Финляндии Россией и отношения с ней окраины. Всему хорошему, мол, финны обязаны Швеции, а всему дурному — «восточному варвару, России». Какого сорта людьми были Мехелин, Германсон, Даниельсон показывало, по мнению Бобрикова, уже то, что распространение в империи их книг, переведенных на русский язык, было цензурой запрещено. К тому же эти личности нанесли России большой урон и своей пропагандой среди коллег за границей.