Есть основания обратить внимание на то, что в вопросе об изображении финскими историками завоевания Финляндии Россией и отношений империи и окраины Бобриков ставит старофинна Даниельсона в один ряд с «архисепаратистами» Мехелином и Германсоном.
В качестве противоядия генерал-губернатор предлагал открыть в университете на юридическом факультете ординарную кафедру русского государственного права и истории русского права, а на философском факультете (в историко-филологическом отделе) ординарную кафедру истории России и русского государствоведения, на что император изъявил свое согласие 13 (26) августа 1903 года. Обучение и экзамены на этих кафедрах велись бы на русском языке, когда в университет стали бы поступать студенты, окончившие гимназии уже после проведения реформы средней школы. В этой связи Николай II выразил уверенность, что преподавание упомянутых выше предметов будет проникнуто стремлением воспитать в финляндском юношестве «преданность Престолу и добрые чувства к России». Замещение новых должностей следовало провести не позже чем в течение трех лет. К тому времени ситуация успела основательно измениться, и инициатива Бобрикова хотя и осуществилась, но в значительно отличавшемся от первоначального замысла виде.
Пагубное влияние университета не ограничивалось выработкой теоретических основ сепаратизма. Своими политическими публикациями и публичными выступлениями многие преподаватели университета эффективно поддерживали антиправительственные движения. На взгляд Бобрикова, этим особенно грешили профессора Р.А.Вреде, В.Сёдеръельм, Э.Г.Пальмен, Э.Н.Сетяля, Ф.Густафссон, М.Г.Шюбергсон и Д.Рейтер. Однако канцлер фон Плеве, у которого при посещении университета в 1900 году сложилось положительное впечатление как о преподавателях, так и о студентах, не согласился с рекомендовавшимися генерал-губернатором силовыми мерами. Для зарождения согласия важнее было, чтобы указанные профессора, оберегая со своей стороны университет, дали при посредничестве вице-канцлера Рейна обещание соблюдать большую, чем ранее, осторожность в своих публичных выступлениях. Напряжение в ситуации вновь возникло в 1904 году и привело к тому, что после убийства Бобрикова высылке из края подверглись также преподаватели университета.
Вопрос все же был не только в профессорах. Прикрываясь правом «просвещения народа», студенты в разных концах края читали лекции, содержащие «преступное подстрекательство». В них в числе прочего говорили о клубах и народных собраниях во Франции времен революции, об освободительных войнах малых народов против великих держав, об освобождении Нидерландов из-под владычества Испании и т.п. Контроля за такими «подстрекательскими» собраниями почти не было. Хотя позднее по требованию генерал-губернатора о темах лекций заранее докладывалось ему при посредстве вице-канцлера, ситуация не улучшилась. Опыт показывал, что выступающие могли, как хотели, отходить от согласованных тем и делать какие угодно «лирические» отступления. Особенно пагубной была роль студентов университета в некоторых демонстрациях, собирании подписей под петицией протеста и подстрекательстве к уклонению от призыва на воинскую службу.
Ссылаясь на это, Бобриков попытался забрать себе принадлежащие работникам университета права контроля над студентами, и ректор университета Эдвард Ельт обратился к фон Плеве — канцлеру университета. Фон Плеве счел, что в интересах самого университета лучше впредь воздерживаться от выдачи студентам разрешений на выступления. Так и поступили, и в начале 1903 года лекционная деятельность студентов (не считая частных собраний) практически почти полностью прекратилась. Бобриков добился победы, которая, правда, касалась лишь ограничений общественных отношений высшего учебного заведения Финляндии. Благодаря осторожности и гибкости, проявленных членами университетского общества (включая самого канцлера фон Плеве), исследовательскую деятельность, обучение и управление удалось во всем существенном сохранить в традиционных формах. Лоцманские маневры по проведению Императорского Александровского университета сквозь бури и шхеры трудных годов оказались успешными.