Одного железнодорожного моста через Неву было недостаточно. Бобриков считал крупным недостатком, что железнодорожное сообщение между Финляндией и империей держалось лишь на одной линии. При высадке противником десанта, например, в районе Выборга, сухопутное сообщение с окраиной практически будет полностью прервано. Его следовало обезопасить, построив новую, идущую в глубине Финляндии линию Петербург-Раасули-Хийтола-Элисенваара-Савонлинна-Пиексямяки-Ювяскюля-Вааса. И в этом случае тоже дело было не только в военной необходимости. «Экономические интересы, — писал Бобриков, — нередко прочнее всяких других связей сближают народы». Поэтому открытие прямого железнодорожного сообщения из внутренних районов Финляндии в Петербург и далее во внутренние районы империи имело важное значение и с точки зрения общеполитических целей генерал-губернатора. Последние участки и этой соединительной линии были наконец готовы лишь в годы Первой мировой войны.
К железнодорожным проектам для Западной Финляндии отношение Бобрикова было совсем иным. Строительство так называемой линии Суупохья (из Сейнайоки в Каскинен и Кристийну), основывавшееся на предложении сессии сейма, ему удалось отклонить. Но зато воспрепятствовать осуществлению строительства линии Оулу-Торнио, одобренное императором еще в 1897 году, генерал-губернатор оказался не в состоянии, поскольку, исходя из экономических соображений, фон Плеве в этом вопросе встал на сторону финнов. Неудовлетворенность этим Бобриков выразил в направленном императору отчете о своей деятельности. Он писал: «Невыгодной с военной и политической точек зрения является дорога, строящаяся от Улеоборга (Оулу) до Торнео (Торнио). Она устанавливает железнодорожную связь Финляндии со Швецией, облегчает развитие и поддержку среди населения края нежелательной агитации, а также вероятность сухопутного вторжения неприятеля с севера, где вообще не расквартировываются наши войска; за десантными же отрядами противника обеспечивает большую свободу в операциях, предоставляя им возможность базироваться на Швецию и ставя их в меньшую зависимость от навигационного периода и различных случайностей морских перевозок. Настоящие заключения подтверждаются и тем вниманием, с которым отнеслись в Швеции к осуществлению проекта этой дороги. Если однако же, несмотря на такие неблагоприятные условия, ныне производятся работы по сооружению Улеоборг-Торнеоской железной дороги, то ответственность за их осуществление должна всецело пасть на лиц, возбуждавших и поддерживавших такое ходатайство». Как видим, Бобриков и не думал скрывать, что удар направлен им против сената и фон Плеве. По предложению Бобрикова император и дал в 1900 году указание, что впредь, приступая к новым железнодорожным проектам, касающимся Финляндии, следует до представления проекта государю запросить о нем отзывы министерств — Военного, Финансового и Путей сообщения.
Свой новый устав железные дороги Финляндии получили постановлением, данным 24 апреля (7 мая) 1903 года. В нем в первую очередь обращалось внимание на усиление общей мобилизационной готовности. Поэтому Управлению железных дорог Финляндии следовало предоставить поддерживавшему с ним связь русскому офицеру, начальнику военно-транспортного отдела, право участвовать в качестве имеющего голос, полноправного члена в заседаниях управления, а также этого офицера могли при необходимости вызывать для объяснений в сенат. По новому уставу предполагалось свободное владение как письменным русским языком, так и разговорной речью всем личным составом Управления железных дорог, а также всем штатом принадлежавшей финнам линии Белоостров-Петербург, на которой движение осуществлялось их силами. В отношении остальных владение русским языком было «желательным».
Несмотря на положение 1902 года, касавшееся возможности русских занимать должности в Финляндии, железнодорожным уставом дополнительно конкретно определялось, что на должности, требующие высшего технического особого образования, можно назначать помимо выпускников Хельсинкского Политехнического училища (позднее — Высшая техническая школа) также лиц, окончивших соответствующие учебные заведения в империи. Высшую железнодорожную администрацию также обновили весной 1903 года желательным для Бобрикова образом. Новым генеральным директором Управления железных дорог на место ушедшего в отставку государственного советника, пожилого и страдавшего здоровьем Георга Стремберг, был назначен полковник Даниил Драчевский, который не владел ни одним из местных языков, не был сведущ в гражданском управлении Финляндии и до этого назначения служил военным транспортным начальником. Бобриков не был бы Бобриковым, если бы удовольствовался лишь ремонтом центральных административных органов. Когда сенат предложил, основываясь на постановлении 1902 года о равноправии финского и шведского языков, перейти в делопроизводстве бухгалтерии Управления железных дорог на финский язык, Бобриков бдительно воспротивился этому, ибо предлагавшиеся сенатом изменения не способствовали сближению окраины с империей. В первую очередь следовало блюсти общегосударственные интересы, а уж затем принимать во внимание точку зрения местных служащих железной дороги. Посему всем счетам, квитанциям, билетам, объявлениям следовало быть трехязычными, а государственный язык — русский — должен стоять в них на первом месте. То же самое касалось вывесок с названиями станций, текстов на стенках вагонов и т.п.