Первый бросок десанта (250–300 человек) в каждом из пяти пунктов намечалось высаживать с двух торпедных катеров и четырех сейнеров. В состав первого броска входили швартовочные команды, связисты и разведчики — в общей сложности 1300 человек. Для каждого отряда первого броска был назначен командир и комиссар, а для обеспечения координации действий отрядов — командир первого броска; им стал старший лейтенант Белоусов. Как мы увидим далее, план высадки был изменен — она проводилась только в трех пунктах (Камыш-Бурунская коса, судоремонтный завод и Эльтиген), что было весьма разумным с точки зрения координации действий.
Предназначенная для высадки 302-я горнострелковая дивизия не имела никакого боевого опыта, и уж тем более не умела высаживаться с моря и действовать ночью. С 15 декабря в Таманском заливе с частями дивизии удалось провести 10 учений с привлечением тральщика «Чкалов» и 8 сейнеров.
Высадка должна была осуществляться на принципе внезапности, то есть в темноте и без артиллерийской подготовки, под прикрытием дымовой завесы с торпедных катеров. Подавление огневых точек противника возлагалось на 45-мм пушки катеров типа «МО» и на торпедные катера, имевшие в лучшем случае крупнокалиберные пулеметы. Кроме того, после высадки поддержать войска на западном берегу пролива должна была артиллерия береговой обороны КВМБ, а также 25-й корпусной артиллерийский полк, для чего вместе с десантниками на берег высаживались корректировочные посты с рациями. Районами погрузки десанта намечался порт Тамань, расположенный в 25 км от места предполагаемой высадки.
В период подготовки операции была организована разведка западного берега пролива с моря и с воздуха, а также агентурными средствами. Здесь было установлено наличие большого количества огневых точек — пулеметов, минометов и малокалиберной артиллерии.
У КВМБ также имелись проблемы с топливом — жидким и твердым. Доставка угля производилась баржами из Новороссийска, из-за плохой погоды и нехватки буксиров накопить необходимое количество топлива не удалось. Штабы фронта и 51-й армии помощью в доставке топлива не озаботились.
Высадка ударной группы 44-й армии (три дивизии и два полка) осуществлялась силами Черноморского флота под руководством Военного совета флота. Она проводилась двумя группами. Группа «А» высаживала десант в Феодосии (одна стрелковая дивизия, пять стрелковых полков и артполк), группа «Б» (два стрелковых полка и артдивизион) — у горы Опук. Кроме того, был выделен специальный отряд прикрытия, подчиненный непосредственно командующему флотом адмиралу Октябрьскому. Пунктами погрузки служили Новороссийск, Анапа и Туапсе. Общее руководство подготовкой операции осуществлял начальник штаба Черноморского флота контр-адмирал Елисеев, 23 декабря прибывший на ЗКП флота в Новороссийске из Туапсе.
Высадка у горы Опук должна была производиться одновременно с высадкой десантов 51-й армии, высадка в Феодосии — три дня спустя, то есть 29 декабря.
Погрузку войск на транспорты решено было производить только ночью. Для удобства управления отряды транспортов разбивались на группы по 3–4 судна. Выход групп из пунктов посадки производился в ночное время с интервалом в час, переход совершался на значительном удалении от берега.
В качестве навигационных знаков для отряда «Б» манипуляторной группой с подводной лодки накануне высадки устанавливался ориентирный огонь на скале Эльчан-Кая. Для отряда «А» в Феодосийском заливе подводной лодкой ставились два светящихся буя, еще два таких же буя — непосредственно у входа в порт рядом с мысом Ильи. Кроме того, с первым броском десанта высаживалась гидрографическая партия, чтобы зажечь навигационные огни в порту, а в дальнейшем — маяк на мысе Ильи.
Боевые корабли отряда «А» осуществляли переход за темное время первых суток операции, транспорты — в светлое время, чтобы подойти к Феодосии с наступлением темноты и закончить высадку до следующего рассвета.
Перед высадкой десанта в Феодосийском порту намечалось провести артиллерийскую подготовку в виде мощного огневого налета по порту и городу с последующим переносом огня в глубину; в ходе боя за плацдарм корабельная артиллерия должна была подавлять вновь выявленные огневые точки противника.