Наполеон писал, что он протестовал против расстрела 100 человек после взятия Тулона и личным заступничеством смог спасти нескольких из этих несчастных. Сам он в это время страдал от кожного заболевания, по всей видимости чесотки, которую подцепил во время осады. Что же касается штыкового ранения в бедро, то оно его, судя по всему, не очень беспокоило.
Сначала он безуспешно пытался найти себе применение в качестве бригадного генерала и в мае 1795 года всерьез обдумывал перспективу службы в Турции в качестве военного советника. С приходом к власти Директории открылись новые возможности для его военной карьеры — он получил доступ в комиссию по управлению армией и составлению оперативных планов на случай войны. Тем более удивительным стало для него известие о том, что по ряду причин политического и личного характера он исключен из списка французских генералов. Это случилось 15 сентября 1795 года. Продолжением своей военной карьеры Наполеон обязан тому, что в это время в Париже сформировалось оппозиционное движение монархистов и либералов, которые с помощью буржуазной Национальной гвардии предприняли попытку свергнуть новую власть. Поль Баррас, не слишком компетентный в военных делах командующий Внутренней армией, оказавшись перед лицом действительной опасности, был вынужден призвать на помощь свежеуволенного бригадного генерала Наполеона Бонапарта, который сразу же предложил весьма эффективное стратегическое решение для подавления восстания.
Когда 5 октября 1795 года роялистские повстанцы атаковали Дворец правительства в Тюильри, он нанес им сокрушительное поражение, самым жестоким образом расстреляв повстанцев картечью из оптимально расставленных пушек. Это принесло ему кличку «Картечник». Позже он явно стыдился этого преступления против соотечественников, почему и клялся в том, что это «преступление против французского народа» лежит на совести противников, а не его собственной. На самом же деле Бонапарт первым отдал приказ стрелять, потому что незадолго до этой бойни он заявил Баррасу, самому могущественному из пяти директоров: «Назначьте меня, тогда я буду отвечать за все, но мои руки должны быть развязаны. Или вы ожидаете, что народ даст нам разрешение стрелять в народ?» Уже в ночь после блестящей победы на парижском поле брани он напишет брату: «Наконец все позади… Мы выстроили наши войска, враг атаковал нас у Тюильри, мы убивали их толпами, наши потери — 30 убитых и 60 раненых… Все спокойно. У меня, как всегда, ни царапины… Счастье сопутствует мне».
В награду молодой бригадный генерал был произведен в дивизионные, а после отставки Барраса даже был назначен главнокомандующим Внутренней армией. Конвент встретил его бурной овацией, но народ Парижа, напротив, должен был его возненавидеть, ибо сотни безоружных граждан, зевак и женщин были убиты в тот вечер. Но он и не стремился быть любимым. Как и положено революционному авантюристу, волею мгновения выброшенному на самый верх, он предался радостям и удовольствиям своего нового класса. А так как у него вдруг откуда ни возьмись появились деньги, он, подобно многим прожженным политиканам до и после, начал проталкивать своих родственников и ближайших друзей на влиятельные посты. Парижанам он казался дремучим провинциалом: с грубыми манерами, неопрятной внешностью, темными жирными волосами, спадающими на плечи, он безусловно не производил впечатления одухотворенной личности, но, тем не менее, многие, в том числе и дамы, единодушно считали, что в лице генерала Бонапарта они имеют дело с выдающимся человеком. И это несмотря на то, что рост его был мал, голова слишком велика, руки и ноги слишком коротки для его туловища, несмотря на общую болезненную худобу и желтоватый цвет лица; добавим еще, что это лицо нередко подергивалось от нервного тика.