Наконец, большое значение для понимания природы и функций рефлексии имеет идея о том, что рефлексия в науке кроме осмысления, самопознания науки выполняет, по В.Н. Борисову, функции планирования, контроля познавательного процесса и управления им. Причем между разными формами рефлексии существует определенное разделение функций. Если метапредметная рефлексия, внешние формы рефлексии представляют собой осознание научного познания и его результатов как бы со стороны (т.е. здесь главная функция - функция понимания, анализа, выявления предпосылок, неявных компонентов и т.д.), то формы внутринаучной рефлексии используются для управления познавательным процессом и для его регулирования на предметном уровне. Эти функции осуществляются через выработку программы исследования, через контроль познавательных действий, сопоставление получаемых результатов с программой, корректировку процесса исследования и самой программы.
Анализ различных форм рефлексии имеет большое значение и для успешного планирования и управления коллективной научной деятельностью. Когнитивная структура науки имеет также и внешнюю, феноменологическую сторону, представляющую познавательную систему науки как совокупность многочисленных, относительно самостоятельно функционирующих в общем ходе научного познания дисциплин (физики, биологии, социологии, технических наук и т.д.), которые обладают своим предметом, собственной спецификой и между которыми устанавливаются определенные отношения. Для их выявления внимание рефлексивного дискурса сосредоточивается на специфике тех или иных наук, на особенностях действия общих закономерностей познания в соответствующих ниуких, на функциях теоретического знания.
Ясно, что некоторые общие представления о научной теории должны В ЭТОМ случае определенным образом видоизменяться при переходе, скажем, от физики к математике и от естествознания к общественным наукам, т.е. от одной научной дисциплины к другой. В то же время научная дисциплина трактуется не только с точки зрения ее когнитивных характеристик - методов исследования, научных теорий, единого концептуального аппарата и исследовательской программы, но с учетом ее социального статуса, социальных связей.
Дополнительно надо отметить, что научная дисциплина характеризуется не только познавательной стороной, но и социальными аспектами ее функционирования - наличием кафедр, научных институтов, лабораторий, системой подготовки кадров и т.д. Важная функция дисциплинарной организации науки состоит в том, что она является формой связи науки и культуры, каналом, который обеспечивает социализацию достигнутых научных результатов, делает их достоянием общества. Наличие же противоречий между дисциплинарной организацией и передним краем науки, научного познания, который организован не институционально, а проблемно, приводит к интеграции науки, к возникновению междисциплинарных связей, междисциплинарных исследований.
Внешняя сторона когнитивной структуры науки находит снос выражение в проблеме классификации наук. Разумеется, полностью структуру науки нельзя свести к классификации, но, не учитывая классификации наук, не беря в расчет соотношение различных наук, составляющих единую систему научного познания, невозможно правильно понять исходную проблему. К тому же, единый поток научного познания, осуществляющийся через отдельные науки, не представляет собой механической суммы чисто внешних по отношению друг к другу научных дисциплин. Между отдельными науками существуют различные социально-когнитивные связи и отношения, которые необходимо учитывать в классификациях. Иными словами, в классификациях отражается не только специфичность, рядоположенность наук, вытекающая из особенностей их объектов и методов исследования, но и их координация, субординация и взаимодействие.
Взаимодействие наук раскрывается через общий механизм их дифференциации и интеграции. Дифференциация есть процесс разделения единого потока познания на отдельные науки, превращение первых ростков научного знания в самостоятельные, оформившиеся научные дисциплины; в дифференциации находит свое проявление усиливающаяся специализация научной деятельности, дробление исследования на все более узкие области, темы, проблемы, что создает препятствия нормальному развитию научного познания, приводит к затруднениям в сфере научной коммуникации, когда специалисты даже одной и той же науки перестают понимать друг друга и т.д.
Напротив, интеграция - это процесс объединения разных, зачастую далеко отстоящих друг от друга наук и превращения их в особые синтетические науки, такие, например, как социальная психология, биохимия, астрофизика и т.д.; интеграция в какой-то мере преодолевает негативные последствия дифференциации, выражает потребность науки в единой научной картине мира. Дифференциация и интеграция являются существенными характеристиками научного познания, необходимым образом взаимосвязаны, взаимообусловливают друг друга: дифференциация создает предпосылки для интеграции, а интеграция всегда сопровождается дифференциацией.