Подобное разнообразие научных методов имеет свои онтологические и гносеологические основания, является причиной определенных ограничений в применении методов в других, неспецифических областях научного познания. Невозможно, например, применение методов геологии в анатомии, но невозможно и обратное использование анатомических методов в геологическом познании. С другой стороны, несмотря на все их многообразие и различие, методы входят в единую систему научной деятельности, имеют общие онтологические и гносеологические основания. Поэтому они во всей своей совокупности образуют некоторое единство, единое множество, общность, относятся к классу научных методов; их единство, взаимная связь характеризуют собой своеобразие и целостность познавательной деятельности в науке как таковой.
В самом деле, для осуществления эффективного исследования в какой-либо области научного познания применяются одновременно и во взаимной связи и индукция, и дедукция, и анализ, и моделирование. Иными словами, даже в сфере специфического познания необходимо использование большого набора методов, которыми располагает наука. Ни один научный метод не применяется в научном исследовании как нечто самодовлеющее, изолированное, не связанное с другими средствами и методами. Ю.В. Сачков писал, что в конкретных научных исследованиях говорят о громадном разнообразии методов. Вместе с тем каждый из таких конкретных, реальных научных методов имеет нечто общее, что и позволяет их относить к рангу научных. Раскрытие и оценка этого общего и образует характеристику научного метода в целом. Подобной подход позволяет не только выявить специфику научной деятельности, но и отличить таковую от подделок под науку, от простой веры в необычное и сверхъестественное. В этих словах выражена суть задачи по определению научного метода, а также ее значение для методологии науки.
Двигаясь в теоретической плоскости, следует напомнить о разграничении способов получения знания в науке и во вненаучных видах деятельности. Среди последних необходимо учитывать близкие по ряду параметров к науке обыденное познание и философию.
Обыденное познание, как уже говорилось, носит, главным образом, эмпирический характер (его познавательный цикл не содержит развитых теоретических процедур исследования). Философское познание, наоборот, по преимуществу является теоретическим, его познавательный цикл реализуется, прежде всего, в теоретической работе с идеями, категориями, теориями, а эмпирические познавательные действия играют вспомогательную роль, целиком подчинены задачам теоретического анализа. Типический же для науки способ, метод получения знания находит свое выражение в сбалансированном познавательном цикле, который представляет собой динамическое единство, взаимную связь и взаимодействие эмпирических и теоретических процедур. Надо повторить и то, что условием успешного функционирования познавательного цикла науки является математическое обеспечение как теоретических, так и эмпирических познавательных действий, гарантирующее необходимую их строгость и точность. Из всего этого складывается целая совокупность исторически вырабатываемых, изменяющихся и, в то же время, в основных своих требованиях стабильных, сохраняющих устойчивость и качественную определенность науки и ее критериев. Подобные критерии и опирающийся на них познавательный цикл определяют лицо науки, позволяют отделить ее от ненауки, обеспечить развитие научного познания.
Принципиально иные подходы и основания исследования предлагает паранаука. Правомерно подчеркнуть, что она прямо не отвергает древнее мировоззрение с характерным для него представлением о мире как о поле действия природных, космических сил, стихий. В древности их олицетворением являются обычно боги той или иной мифологии. А человек при определенных условиях способен воспринимать действия стихий, постигать смысл их действий и через магические процедуры может непосредственно на них воздействовать.
Паранаука ставит своей целью, с одной стороны, открытие оснований бытия, так сказать, высших тайн мироздания. А с другой стороны, носитель такого сакрального, мистического знания хочет, влияя на стихии, получить непосредственно осязаемый и существенный практический эффект, например, лечить болезни, читать чужие мысли, владеть левитацией, предсказывать судьбу и т.д. Однако, такого рода знание утрачивает критерии научности, например, не соответствует критериям проверяемости и повторяемости.