Таким образом, в результате принятых по инициативе Рокфеллера решений в Чапультепеке будущая Организация Объединенных Наций была поставлена перед реальной перспективой раскола. Это был удар по предстоящей конференции в Сан-Франциско. И в Соединенных Штатах настолько ясно отдавали себе в этом отчет, что решили не включать Нельсона в состав американской делегации. Однако события складывались явно не в пользу противников Рокфеллера. 12 апреля 1945 г. скончался Рузвельт, и президентом стал Гарри Трумэн. Он заявил, что продолжит прежний курс, а на деле сразу же взялся за ревизию политики покойного президента. Решение о том, что Рокфеллер не войдет в состав американской делегации на конференции ООН, осталось в силе, но в Сан-Франциско он поехал. Ему поручалось управлять голосами латиноамериканских стран. Зафрахтовав и на этот раз специальный самолет для делегатов Латинской Америки, Рокфеллер вместе с ними прибыл к месту действия. Он присутствовал не только на конференции, но даже на заседаниях министров иностранных дел. Впоследствии сенатор Т. Конноли, участник делегации США на конференции ООН, вспоминал: «В затруднительных случаях мы ему несколько раз говорили: „Давай, выстраивай своих латиноамериканцев!“». И Рокфеллер выстраивал их. Так было положено начало механическому большинству голосов в ООН, ставшему традиционным средством антисоветской политики США в этой организации.
На конференции в Сан-Франциско Нельсон выступал как неофициальный эксперт по латиноамериканским вопросам. «Я никогда не сознавал до этого, как важна его работа — держать при нас наших „добрых соседей“, и я не знаю, кто бы мог это сделать лучше него», — отмечал в своих записках участник конференции, сенатор США А. Ванденберг. Но Нельсона интересовал более широкий круг проблем, чем одна Латинская Америка. По свидетельству биографа его отца и одного из ближайших сотрудников Р. Б. Фоздика, Рокфеллеры проявляли «глубочайший интерес» к судьбам будущей международной организации еще со времен первой учредительной конференции в Думбартон-Оксе. Теперь, в Сан-Франциско, в развитие Чапультепекской резолюции делегация США при организованной Нельсоном поддержке латиноамериканских представителей добилась принятия в ООН Аргентины. Кроме того, Рокфеллер внимательно наблюдал за переговорами об Уставе ООН, настояв на включении в устав статьи о региональных блоках. Он мотивировал это опять-таки необходимостью поддержать решения конференции в Чапультепеке, но в действительности преследовал гораздо более далеко идущие цели.
Предложенный конференции советский проект предусматривал возможность создания блоков лишь в случае возникновения агрессии со стороны бывших держав «оси» или их сателлитов. Об этом говорилось в статье 51. Предложение СССР первоначально не вызвало возражений. Но Рокфеллер считал такую формулировку неудовлетворительной. Поскольку его попытка убедить в этом Стеттиниуса не увенчалась успехом, он решил обратиться к сенатору Ванденбергу — участнику конференции и одному из республиканских лидеров в конгрессе. Пригласив Ванденберга на обед, Нельсон быстро склонил его на свою сторону. Недаром Ванденбергу приписывали такие слова: «Все, что хочет Рокфеллер, — о’кэй». Вместе они составили письмо Стеттиниусу, в котором влиятельный конгрессмен настаивал на изменении статьи 51. В противном случае, предостерегал он, сенат не одобрит вступления США в ООН. Это была угроза, и она подействовала. Правительство Соединенных Штатов не желало повторения провала с вступлением Америки в Лигу Наций.
Вмешательство Рокфеллера в переговоры об уставе ООН вызвало недовольство со стороны других членов делегации. Даже будущий проповедник политики «на грани войны» Д. Ф. Даллес, представлявший республиканскую партию, был возмущен Рокфеллером. Он устроил резкую сцену, заявив, что действия Нельсона способны привести к краху всю конференцию. Однако Рокфеллер не отступил и сумел добиться, что в конечном итоге по настоянию делегации США указанная статья была включена в Устав в предложенной им редакции. Позднее, уже в разгар «холодной войны», Даллес признал «ошибочность» своей позиции и принес Нельсону извинения.