Особую ненависть Нельсон снискал среди сотрудников госдепартамента. Даже такой его апологет, как биограф Д. А. Моррис, вынужден признать: «Нельзя сказать, чтобы Рокфеллер сделал себя когда-либо популярным в госдепартаменте». Он совершенно не терпел людей, говорящих «нет», требуя беспрекословного подчинения. А одного из тех, кто проработал с ним много лет, — К. Шпета, уволил, едва заподозрив в излишней самостоятельности. Они вместе учились в Дартмуте, и после этого Шпет длительное время служил у Нельсона. Когда Рокфеллер переехал в Вашингтон, он привез его вместе с собой, назначив одним из своих заместителей и поселив даже в собственном доме. Однако со временем Нельсону показалось, что Шпет не проявляет достаточной преданности. Он не всегда разделял точку зрения шефа, иногда действовал и решал без согласования с ним, завел обширный круг знакомых и собственные связи. Такое поведение расходилось с нормами, которые Нельсон считал обязательными для своего аппарата. Он уволил Шпета, и тот перешел в государственный департамент. Когда Нельсон стал заместителем государственного секретаря, он первым делом потребовал, чтобы Шпет «нашел себе другую работу». Зато после отставки Нельсона Шпет немедленно вернулся на прежнее место в госдепартамент.
Многие американские авторы идеализируют отношения Рокфеллера с Рузвельтом. Они находят даже, что у того и другого было много общего во взглядах. Но в действительности трудно отыскать более разных людей. Просто условия военного времени и политические расчеты четырежды избиравшегося президентом Рузвельта свели их вместе. С окончанием войны и приходом в Белый дом Трумэна обстоятельства изменились. Парадоксально, что Рузвельт и Стеттиниус, выступавшие сторонниками хороших отношений с Советским Союзом, терпели Рокфеллера, хотя последний всячески стремился повернуть внешнюю политику США против СССР, а их преемники Трумэн и Д. Бирнс, сторонники «холодной войны», уволили Нельсона в отставку. Однако этот парадокс объясняется политической перестройкой, при которой демократы исключили из системы своих отношений традиционно связанного с республиканцами Рокфеллера. После отставки Стеттиниуса и прихода Бирнса Нельсон почувствовал к себе резкую перемену. Новый государственный секретарь не желал ни встречаться, ни разговаривать со своим заместителем. Наконец, в последних числах августа Нельсон сам отправил ему для просмотра текст речи, которую собирался произнести в Бостоне об отношениях с Аргентиной, в связи с тем, что там была начата бурная антиамериканская кампания. Тогда Рокфеллера пригласили к Бирнсу и между ними состоялся следующий разговор.
«Бирнс: Что Вы хотите?
Рокфеллер: Я хочу говорить об Аргентине.
Бирнс: Откровенно говоря, в этом нет смысла. Президент собирается принять Вашу отставку. Рокфеллер: Хорошо, г-н государственный секретарь. Я дал Вам речь об Аргентине, которую собираюсь произнести завтра вечером.
Бирнс: Нет, Вы уже больше не заместитель государственного секретаря.
Рокфеллер: Хорошо. Это позволит мне произнести такую речь, какую я хотел бы произнести в качестве частного лица. Я расскажу всю правду о делах государственного департамента».
Эта угроза буквально взбесила Бирнса. Но ему ничего не оставалось делать, как обещать Рокфеллеру, что распоряжение об отставке последует после речи в Бостоне. Сам Нельсон еще попытался повернуть события и с этой целью добился аудиенции у Трумэна. «Я отправился к президенту, — рассказывал он потом, — сообщить ему, что я не хочу уходить в отставку. Я сказал, что Южная Америка — слишком важное дело и что я хотел бы завершить работу, если он этого желает. Гарри держался очень мило и сказал, что я проделал хорошую работу. Однако он уволил меня». Государственный секретарь сдержал слово: Нельсону была предоставлена возможность произнести речь, но на следующее же утро газеты сообщили о его отставке.