Как бы то ни было, но Михаил Романов остался жив и невредим, и сразу после его избрания царем по всей стране стали приводить население к присяге ему. Между тем, сам монарх… пока еще не знал о возложенной на него великой чести. Поэтому Собор организовал из бояр и представителей духовенства, дворянства и казачества посольство во главе с рязанским архиепископом Феодоритом и боярином Ф. М. Шереметевым, которое должно было найти царя и сообщить ему о своем решении. 14 марта оно прибыло в Ипатьевский монастырь. За святыми воротами их встретили сам новоизбранный царь и его мать, которым архиепископ Феодорит вручил писание Священного Собора. Но вместо радости посланники услышали, по словам Авраамия Палицына, «плач с великим гневом». Избранник категорически отказался стать царем. Поддерживала его в этом решении и его мать, инокиня Марфа, которая поясняла, что «у сына и в мыслях нет на таких великих преславных государствах быть государем… Он не в совершенных лет, а Московского государства всяких чинов люди по грехам измалодушествовались». Помимо этих причин, Марфа указала на тяжелое положение в стране, с которым вряд ли сможет справиться ее юный сын: «Московское государство от польских и литовских людей разорилось до конца, прежние сокровища, из давних лет собранные, литовские люди вывезли, дворцовые села, черные волости, пригородки и посады розданы в поместья дворянам, детям боярским и всяким служилым людям и запустошены. А служилые люди бедны, и кому повелит Бог быть царем, то чем ему служилых жаловать, свои государевы обиходы полнить и против своих недругов стоять?»
Уговоры посланников подействовали только тогда, когда они убедили Михаила, что его отказ приведет к новым распрям и кровопролитию. Но, учитывая сложную ситуацию в государстве, молодой царь не стал спешить в Москву. Кроме того, ему надо было освоиться с новой для себя ролью государя «всея Руси», изучить сложившееся положение в стране. Да и что греха таить: и Михаил, и его мать опасались того, что могут стать заложниками, как у воевод-освободителей, так и у просто враждебных Романовым отрядов ополченцев, которых было достаточно в столице. А поскольку собственного войска он не имел, то приходилось формировать вокруг себя круг верных людей, которые могли бы в случае необходимости его защитить.
С учетом всех этих факторов первое царское путешествие в столицу продлилось полтора месяца. За это время Михаил послал немало грамот боярам и правительству, касающихся тех или иных вопросов развития страны. Так, в грамоте от 8 апреля он выговаривал правительство за беспорядки и повсеместное разорение и строго вопрошал: «Чем нам ратных людей жаловать, свои обиходы полнить, бедных служилых людей чем кормить и поить, ружечникам и оброчникам всякие запасы откуда брать?» А еще царь указал боярам на недопустимость распоряжения землей без его ведома, предупредив, что они не в праве ни у кого отнимать поместья и отдавать в раздачу без сыску.
По пути в столицу к молодому царю присоединилось множество людей, в том числе и служилых. 25 апреля он устроил смотр всем своим приближенным: дворянам, стольникам, стряпчим и прочим. Общее число их оказалось столь велико, что в официальных грамотах их стали называть собором, т. е. собранием людей с широким сословным представительством. Тогда же Михаил создал приказ Большого дворца, который стал заведовать дворцовыми и монастырскими селами и землями, собирать в них «корм» для государя и его свиты. Видное место в нем занял Борис Салтыков, родственник царя по матери.
2 мая 1613 года наконец-то состоялся торжественный въезд в Москву новоизбранного царя, которого на всем пути до Кремля люди встречали «во мнозе радости в весели со кресты и с честными иконами». Как водится, сначала он посетил главные кремлевские храмы: Успенский и Архангельский соборы, где отстоял торжественный молебен и побывал в усыпальницах прежних царей, считающихся его сродниками. А накануне дня рождения Михаила, 11 июля, состоялось торжественное венчание его на царство. Необходимо отметить, что в проведении этой церемонии появилось два новшества. Первое состояло в том, что во время обряда миропомазания царь передал атрибуты власти приближенным: царский венец – дяде И. Н. Романову, скипетр – Д. Т. Трубецкому, державу – Д. М. Пожарскому (по другим данным, князь Трубецкой «за платьем ходил», а державу нес В. П. Морозов). Тем самым он хотел примирить всех и оказать им честь, подчеркнуть, что в своем правлении будет опираться на представителей разных кругов общества: как он доверяет им атрибуты царской власти, так будет и советоваться с ними по важнейшим вопросам. Вторым нововведением стало то, что Михаил распорядился во время церемонии венчания всем придворным чинам быть «без мест», т. е. без зафиксированной в разрядах должности. Это должно было предупредить возникновение местнических тяжб между присутствующими на торжестве. Так в истории России появился третий выборный царь, которому суждено было стать первым венценосцем новой царской династии.