Филарет смог вернуться из Польши лишь на шестой год правления сына, после того, как предпринятый польским королевичем Владиславом осенью 1618 года очередной поход на Москву провалился. Благодаря сокрушительной победе, одержанной над поляками русским войском во главе с Дмитрием Пожарским, 1 декабря того же года было подписано с Речью Посполитой Деулинское перемирие на 14,5 года. По его условиям в 1619 году был произведен размен пленных. Как указывал Н. М. Коняев, «для покоя христианского» поляки согласились написать «отпуск митрополита Филарета Никитича и князя Василия Васильевича Голицына с товарищами, полоняникам размену и городам очищение и отдачу на один срок, на 15 февраля по вашим святцам, а по нашему римскому календарю февраля 25». Обмен состоялся 1 июня на большой Дорогобужской дороге. Для этого через речушку Поляновка было сделано два моста: по одному должен был ехать Филарет с московскими людьми, по другому – Струсь с литовскими пленниками. А 14 июня сам царь встречал отца неподалеку от Можайска. И уже через десять дней в Успенском соборе Филарет во второй раз был посвящен в патриархи.
История с возведением в сан Филарета, по мнению Н. М. Коняева, не так уж проста и очевидна, как это может показаться на первый взгляд. Для выбора главы автокефальной Русской православной церкви было достаточно решения Собора русских иерархов. Однако Михаил, видимо, не был уверен в том, что патриархом изберут человека, запятнанного связью с самозванцем, и потому пригласил в Москву иерусалимского патриарха Феофана. Это вряд ли отвечало церковным канонам. Дальше – еще интереснее. Оказывается, что грамоты, данные Феофаном при этом избрании, а также Собором русских архиереев в 1619 году, не сохранились. По официальной версии, они сгорели во время пожара в 1626-м. Филарет попросил у иерусалимского владыки новую грамоту, взамен сгоревшей, и тот за небольшое вознаграждение исполнил его просьбу. Но документ этот оказался покороче первого и не содержал всей истории избрания. Тогда Филарет обратился к Собору русских архиереев, и они дали ему то, что нужно.
Как бы то ни было, но после избрания патриарх Филарет, по мнению историков, «стал фактическим правителем России». Одним из свидетельств тому служат строки из «Истории Русской церкви», написанной митрополитом Макарием, в которых речь идет о государственной деятельности Филарета: «Сделавшись патриархом и великим государем, он был твердою опорою для своего юного сына, опытным советником и мудрым руководителем во всем, обуздал своеволие бояр, проявившееся в первые годы царствования Михаила Федоровича, укротил “сильников” земли, укрепил и возвысил царскую власть». Митрополит подробно рассказывает о настоящем «соправлении» Михаила и Филарета: «Подданные писали и подавали свои челобитные не одному царю, но вместе и великому государю святейшему патриарху, бояре делали свои доклады о государственных делах перед царем и патриархом, многие указы издавал царь, многие грамоты жаловал не от своего только имени, но и от имени своего отца, великого государя и патриарха. Иностранные послы представлялись царю и патриарху вместе в царских палатах, а если патриарх почему-либо там не присутствовал, то представлялись ему особо в патриарших палатах с теми же самыми церемониями, как прежде представлялись царю. Из переписки, какую вели царь и патриарх, когда один из них отлучался из Москвы на богомолье, видно, что они извещали тогда друг друга о текущих государственных делах и спрашивали друг у друга совета, что царь охотно принимал советы своего отца и иногда отдавал на его волю поступить, как признает нужным, и патриарх действительно распоряжался иногда по своему личному усмотрению без указаний от царя».
Как старший в семье Романовых, Филарет помог сыну в усмирении и обуздании не в меру распустившихся родственников, которые все больше и больше злоупотребляли своей властью. Многие из них были отправлены в ссылку, откуда вернулись только после смерти владыки. Такое «соправление» отца и сына продлилось 14 лет, до самой кончины Филарета 7 октября 1633 года.