Официально же в своем духовном завещании Федор Иоаннович передал власть жене – царице Ирине. Она могла бы стать первой в русской истории полноправной женщиной-монархом, если бы также не отказалась от этой высокой чести, уйдя в монастырь. Вот тогда-то и заявил о себе первый претендент на российскую корону – шурин царя Федора Иоанновича, боярин Борис Годунов. Он, как впоследствии и Михаил Романов, по свидетельству летописей, «сел на царском своем престоле» после избрания на Земском соборе. Вот только с проведением этого «всенародного» собрания не все было гладко. Некоторые историки утверждают, что вопрос о его избрании решался прямо на городских площадях, по которым ходили сторонники разных противоборствующих сил и агитировали за своих кандидатов. Обсуждала его и Боярская дума, но члены ее, переругавшись между собой, к единому мнению не пришли. Тем временем посланцы Земского собора, которым управлял ставленник Бориса Годунова, патриарх Иов, подбили народ на то, чтобы идти в Новодевичий монастырь и просить боярина принять корону.
Чтобы воспрепятствовать воцарению Годунова, боярская оппозиция во главе с Богданом Бельским попыталась организовать переворот в пользу татарского хана Симеона. Но против наступавшей на Москву Крымской Орды Годунов сумел поднять чуть ли не пол-России и не оставил крещенному татарину никаких шансов на власть. 30 апреля 1598 года царя Бориса уже торжественно встречали в столице. Вскоре после воцарения он, как водится, разобрался со своими союзниками и противниками, одних наградив, других отправив в ссылку. В частности, он ввел в Боярскую думу всех братьев Романовых (ранее туда входил только Федор Никитич), обласканными царской милостью оказались и их близкие родственники. А первой жертвой жестокой расправы Годунова с боярской оппозицией стал его свояк Богдан Бельский: у него были отобраны все вотчины.
Семилетнее правление царя Бориса (1598—1605) оказалось несчастливым. По свидетельствам современников, находясь на престоле, он «не царствовал, но болезновал». Недуги настолько одолевали Годунова, что последние пять лет своего царствования он почти не покидал Кремлевского дворца, а когда все же выходил к народу, то все замечали, с каким трудом он ходит, подволакивая ногу. Но дело было не только в состоянии здоровья царя. Народ его невзлюбил, считая главным виновником смерти царевича Дмитрия, а знать разделилась на несколько враждующих группировок, каждая из которых желала видеть на троне своего ставленника. Именно в недрах боярского заговора и готовилось «тайное оружие» против Годунова – самозванец Гришка Отрепьев, бывший холоп Романовых, присвоивший себе имя убиенного сына Ивана Грозного. Узнав о тайных замыслах облагодетельствованных им коварных родственников, царь Борис начал расправу. В ночь на 26 октября 1601 года стрельцами был подожжен дом бояр Романовых. Федора Никитича заключили в Антониево-Сийский монастырь неподалеку от Холмогор и насильно постригли в монахи. Почти все ближайшие слуги Романовых были казнены.
Но и после репрессий народная молва продолжала полниться слухами о том, что царевич якобы жив и скоро вернется в Москву, чтобы занять престол. Это создавало неспокойную политическую обстановку в стране, которая вскоре усугубилась тяжелым экономическим положением: в 1601—1603 годах в результате неурожая Россию постиг большой голод и моровая язва, унесшие до трети населения, внутренние области обезлюдели, народ обнищал и не мог платить податей, государственная казна была пуста. Чтобы накормить народ, Годунов велел открыть царские житницы и продавать хлеб по низкой цене. Но богачи тут же стали скупать его и спекулировать, а люди по-прежнему продолжали умирать от голода. На фоне этих трагических событий, словно из смрада гниющих мертвых тел, и возникла зловещая тень царевича Лжедмитрия I.
Появление этого самозванца было опасно не только тем, что его поддерживала часть русских бояр, но и Речь Посполитая, стремившаяся расширить свою территорию за счет русских земель. Польский король Сигизмунд III сразу же признал Лжедмитрия I русским наследником. За обещание ему Смоленска и Северской земли, а также за введение в Московском государстве католицизма он неофициально разрешил всем желающим помогать «царевичу». И уже 13 октября 1604 года возглавляемые Лжедмитрием I польские отряды вступили в пределы Московского государства. В условиях возрастающего народного недовольства, даже несмотря на серьезные поражения самозванца от правительственных войск, удача сопутствовала ему, и русский царь уже не мог совладать с надвигающейся интервенцией.