Получив высшую власть, Дионисий не отказался от политики активной поддержки Спарты в ее борьбе против Афин, которую Сиракузы проводили в последнее десятилетие Пелопоннесской войны. Со своим первым посольством к лакедемонянам он послал богатые дары для влиятельных лиц, в том числе красивые платья (хитоны) дочерям спартанского полководца Лисандра, но тот не принял подарка, сказав: «Боюсь, что надев эти хитоны, девушки покажутся мне безобразными». Вероятно, на тот момент Лисандр не слишком доверял новому властителю союзных Сиракуз и не хотел быть ему хоть чем-то обязанным. Зато через несколько лет тот же Лисандр, около 400 г. до Р.Х. будучи послом в Сиракузах, поступил прямо противоположным образом. Когда Дионисий дал ему две красивых столы (верхних платья из плотной ткани), и предложил выбрать, какую он хочет послать своей незамужней дочери, Лисандр ответил, что будет лучше, если дочь выберет сама, и уехал, забрав обе столы с собой. Время спартанских церемоний прошло, поскольку союз Сиракуз со Спартой сделал эти государства поистине стратегическими партнерами. Обе стороны оставались верными взаимовыгодной дружбе на протяжении всего долгого правления Дионисия.
Вообще Дионисий с большим уважением относился к спартанским обычаям. Он даже попытался жить как лакедемонянин и купил себе спартанского повара-раба. Прибывшему в Сиракузы мастеру лаконской кухни он приказал, не считаясь ни с какими расходами, приготовить знаменитую среди греков спартанскую черную похлебку. Однако, попробовав, он с отвращением ее выплюнул. На что повар сказал: «О царь, чтобы находить вкус в этой похлебке, надо, искупавшись в Евроте, подобно лаконцу, проводить всю жизнь в физических упражнениях».
В этих делах и заботах Дионисия прошла зима 405–404 гг. Весной Дионисий начал кампанию по восстановлению державного положения Сиракуз в Восточной Сицилии, презрев прошлогоднюю договоренность с Гимильконом. Он пошел на сикульский городок Гербесс, однако начатая было осада оказалась прерваной внезапно вспыхнувшим возмущением в лагере сиракузян. Сиракузские ополченцы убили своего начальника, назначенного Дионисием, и избрали новых стратегов. Этот военный мятеж послужил сигналом к выступлению всех антитиранических сил. Граждане Сиракуз призвали на помощь изгнанников из Этны и совместно начали осаду акрополя на Ортигии, где к тому времени уже укрылся Дионисий с ближайшими соратниками. На помощь восставшим сиракузянам, по их просьбе, Мессана и южно-италийский город Регий прислали свои флоты — до 80 кораблей в совокупности. Наконец, из Коринфа — метрополии сиракузян — прибыл стратег Никотел, уполномоченный возглавить операцию по свержению тирании в Сиракузах.
Положение Дионисия одно время было столь отчаянным, что он был готов даже начать переговоры и сложить оружие при условии предоставления ему от восставших права свободно покинуть Сицилию. Тогда один из его друзей по имени Эллопид сказал ему вошедшие в историю слова: «Дионисий, твоя власть будет тебе прекрасным погребальным покровом». Устыженный Дионисий воспрянул духом и со своими сторонниками мужественно продолжал выдерживать осаду. Ему удалось обмануть бдительность своих противников и привлечь к себе подкрепления, в том числе наемный отряд в 1200 всадников из южно-италийской области Кампания, ранее состоявший на службе у карфагенян и сумевший пробиться в замок тирана. Пополнив ряды своего воинства, Дионисий предпринял внезапную и решительную атаку на позиции своих врагов и нанес им сокрушительное поражение. Малочисленная дружина тирана обратила в бегство многотысячное ополчение горожан, и многие сочли, что тут не обошлось без вмешательства неких божественных сил. Это произвело такое впечатление на восставших, что сиракузские ополченцы разбежались по округе; часть участников восстания, числом до 7000 человек, отступила в Этну, ранее занятую всадниками.
Победив, Дионисий проявил политическую мудрость и великодушие, свойственные истинно великим властителям. Ни о каких репрессиях не было и речи, государь позаботился о почетном погребении своих павших противников и во имя установления гражданского мира объявил амнистию всем без исключения участникам восстания. Большинство сиракузских граждан с признательностью в душе откликнулось на этот призыв и вернулось к мирной жизни, многие из тех, кто укрылся в Этне, возвратились в Сиракузы. И хотя немало было и таких, кто, отвергнув все предложения Дионисия, остались в своем убежище и хранили непримиримую ненависть к тирану, ожидая благоприятного случая для возобновления борьбы, в последующие годы его правления никаких массовых антитиранических выступлений более не случалось.