На вопрос о подлинности дневника Хильберг ответил:
"Да, существуют определенные сомнения относительно некоторых его отрывков".
В 1976 году Отто подал в суд на двух немцев — Эрнста Ромера и Эдгара Гейса, которые распространяли брошюры, где утверждалось что «Дневник» является поддельным литературным произведением (еврейские СМИ немедленно обозвали их неонацистами, хотя, когда еврей Мейер Левин судился с евреем Отто Франком, СМИ предпочитали вообще не упоминать об этом процессе). В рамках судебного разбирательства немецкие официальные эксперты провели исследование почерка и определили, что весь предоставленный дневник был написан одним человеком. Человек, который писал дневник, всюду использовал шариковую ручку. К несчастью для господина Франка, шариковые ручки не были доступны до 1951 года, тогда как Анна, как известно, умерла от тифа в 1944 году.
По причине иска в немецкий суд, лаборатория немецкой криминальной полиции в Висбадене Bundes Kriminal Amt (BKA) провела на специальном оборудовании криминалистическое исследование рукописи, которая в то время состояла из трех блокнотов в твердом переплете и 324 отдельных страниц, переплетенных в четвертый блокнот.
Результаты исследований, выполненных в лаборатории ВКА, показали, что "значительная" часть работы, особенно четвертый том, были написаны с помощью шариковой ручки. Поскольку шариковые ручки не были доступны до 1951 года, BKA пришла к выводу, что эти разделы, скорее всего, были добавлены позже.
Наконец, BKA четко определила, что ни один почерк из дневника не соответствует известным образцам почерка Анны.
Информацию ВКА, по настоятельной просьбе еврейской общины тогда скрыли, но позже она случайно стала доступной для исследователей в Соединенных Штатах. На основании этого отчета, немецкий журнал Der Spiegel опубликовал собственное сенсационное расследование, которое доказывало что некоторые изменения сделанны после 1951 года, не все написано одной той же рукой, также в дневник вставлены другие страницы и изменена их нумерация — следовательно, весь дневник является послевоенной подделкой.
Сегодня существуют различные версии дневника и никому не известно — что в нем настоящее, а что является подделкой, ведь Отто Франк постоянно что-то в него добавлял, дописывал, а некоторые страницы изымал, например, в 1998 году оказалось, что Отто Франк удалил из рукописи пять страниц, где Анна критически оценивала брак ее родителей. Он также опустил фрагменты, где дочь злится на нервную суетливость матери («самое ничтожное существо на свете»). Кроме того, он исключил многочисленные места, где проявлялась религиозная вера, например, прямые упоминания о Йом Кипур.
Доктор Фориссон сравнивал различные издания дневника на разных языках, и обратил внимание на странные изменения, вставки и пропуски, часто существенные, показывающие продолжение творчества над произведением уже после смерти Анны. Например, в аннотации к украинскому изданию написано что оно «совершено по наиболее полному немецкоязычному изданию». Видимо, автор этой аннотации не знал, что к написанию дневника привлекали профессионального писателя, поэтому отметил, что это произведение «свидетельствует о писательском таланте» девочки. Кстати, переводчица дневника на немецкий Аннелизе Шютц, с согласия отца Анны методично исключила из произведения все выпады против немцев и чего-либо немецкого.
В «Дневниках» присутствует много логических несоответствий. Когда "взрослый почерк" пишет, что в течение более двух лет в небольшом пространстве прятались 8 евреев, которые даже ночью избегали малейшего шума и кашля, и о том что «открывать окна было слишком рискованно», позже "детский почерк" пишет о "больших и светлых" помещениях и о том что на чердаке в середине дня Петер пилил деревяшки перед открытым окном. В другой раз он вновь столярничает и грохочет молотком. Госпожа Ван Даан использовала пылесос ежедневно в 12:30 — согласно записи от 5 августа 1943 г. 09 ноября 1942 г. Анна сообщает, что когда разорвался мешок с коричневой фасолью, "шума было достаточно, чтобы разбудить мертвых". В этом приспособленном под жилье офисном помещении работает отец, другие евреи выполняют конторские работы, рядом трудятся рабочие склада, а Анна овладевает стенографией на заочных курсах. Во время отдыха евреи смотрят фильмы через проекционный аппарат, слушают радиоприемники.