Расположившись в Москве, Жолкевский отправил к Владиславу в Смоленск большое посольство, во главе которого поставил самых видных лиц государства: ростовского митрополита Филарета Никитича Романова и князя В. В. Голицына. Прибыв к Сигизмунду, посольство скоро увидело, что поляки обманули русских: они отказались пустить Владислава в Москву и предложили избрать царем его отца, короля Сигизмунда. Послы поняли также, что Владислав — подставное лицо и что король и польские паны хотят вполне подчинить Россию Польше. Об этих планах поляков посольство тотчас же известило население Москвы.
На защиту России первым стал патриарх Гермоген. Он и слышать не хотел о присяге Сигизмунду и отказался подписать боярскую грамоту об этом, отправленную послам под Смоленск. Угрозы Гонсевского и Михаила Салтыкова не подействовали на него. В половине декабря 1610 года он стал рассылать по городам грамоты, в которых разрешал народ от присяги Владиславу и призывал всех русских людей идти на освобождение Москвы от поляков.
На призыв патриарха Гермогена откликнулись города Рязань, Нижний, Ярославль, Суздаль, Владимир, Кострома и некоторые другие по верхнему и среднему течению Волги и ее притоков. Ополчения этих городов двинулись к Москве; по дороге к ним присоединялись бывшие тушинцы. Все шли, воодушевленные желанием спасти православную веру и Русское государство от захвата поляками. В начале весны 1611 года эти ополчения подошли к Москве и осадили ее. Поляки засели в Кремле и Китай-городе. Осада пошла сперва довольно удачно для русских; но летом возникла вражда между служилыми людьми и тушинским сбродом. Предводитель рязанского ополчения, душа всего дела освобождения Москвы, Прокопий Ляпунов был убит казаками. После его смерти ополчения служилых людей одно за другим стали расходиться по домам: взаимные распри и вражда сословий помешали освобождению Москвы от поляков. Все Московское государство, казалось, стояло на краю гибели.
Между тем на северо-западе появился новый враг. Это были недавние союзники русских — шведы. Делагарди захватил город Корелу и всю Новгородскую область, так что новгородцы были вынуждены присягнуть одному из сыновей шведского короля. Месяцем раньше пал Смоленск, и Смоленская область перешла во власть Сигизмунда. Осенью 1611 года Сигизмунд особой грамотой подарил польскому народу Смоленскую и Черниговскую области, отнятые у Москвы. В то же время литовский гетман Ходкевич подошел к Москве, приведя с собой большие подкрепления осажденным в столице полякам. Таким образом, русскую землю разоряли одновременно шведы, поляки и казацко-холопский сброд под начальством Трубецкого и Заруцкого, поддерживавших новых самозванцев: Лжедимитрия III, появившегося в Псковской земле, и сына Марины Мнишек — мнимого царевича Ивана Дмитриевича.
Наступило поистине «лихолетье», как народ назвал эти годы Смутного времени. Но скоро ему был положен конец. Повсюду стал подниматься против поляков и внутренних врагов государства сам народ. Грамоты патриарха Гермогена, как тревожный набат, разносились по русской земле и призывали на защиту отечества всех, в ком только сохранилось чувство привязанности к нему. Престарелый святитель церкви вменял каждому гражданину в священный долг идти к Москве и помогать очищению ее от поляков. Нижний Новгород, в лице своего гражданина Козьмы Минина Сухорукова, стал во главе союза городов, пославших свои ополчения для изгнания поляков из России.
В начале апреля 1612 года нижегородское ополчение пришло в Ярославль, где простояло четыре месяца, пополняя свои ряды новыми подкреплениями. 21 августа оно подошло к самой Москве. Ходкевич и осажденные поляки оказали упорное сопротивление, так что князю Пожарскому удалось овладеть Москвой только 22 октября, когда поляки сдались на милость победителей. Вскоре совершилось и торжественное вступление освободителей Москвы и России в Кремль. Впереди войска шел крестный ход, навстречу которому из кремлевских соборов вышел другой крестный ход. На Лобном месте был отслужен благодарственный молебен, после которого войска вошли в Кремль.
Занятием Москвы окончились бури Смутного времени. Столица государства опять была в русских руках, после чего очищение страны от врагов пошло очень быстро.
Вожди ополчения хорошо понимали, что причиной смуты, едва не погубившей государство, было отсутствие законной и твердой верховной власти. Поэтому в ноябре 1612 года Минин и князь Пожарский разослали от имени земского ополчения грамоты по городам с призывом на Земский Собор для избрания нового царя. А в начале января в Москву уже начали съезжаться выборные от всех сословий и из всех мест Русской земли…