В целом работа Высшей военно-секретной полиции была эффективной, однако она не смогла предотвратить антироссийские выступления, в частности Польское восстание 1830 года великому князю Константину Павловичу, едва избежав гибели, с большим трудом удалось отступить из Польши и отвести русские войска в пределы Российской империи. Очевидно, это обстоятельство и привело к упразднению Высшей военно-секретной полиции в 1831 году. Высшую военно-секретную полицию заменило Разведочное отделение Главного управления Генерального штаба, основным направлением деятельности которого стала организация наблюдения за сотрудниками иностранных дипломатических миссий, а также российскими гражданами, подозреваемыми в шпионаже. Серьезным недостатком этой структуры, как и ее предшественницы, было то, что она не имела массовой агентуры среди личного состава армии.
В последнее десятилетие существования Российской империи власти, по существу, блокировали активность Департамента полиции и военной контрразведки. Николай II запретил ведение агентурной работы в армии и на флоте, считая достаточным общий надзор командного состава. Он полагал, что офицерский корпус имеет иммунитет от любой антиправительственной пропаганды и способен защитить рядовых и унтер-офицеров от влияния смутьянов. Устанавливать оперативное наблюдение за офицерами разрешалось лишь в исключительных случаях с разрешения генерал-квартирмейстера. Таким образом, в Российской армии фактически не было военной контрразведки в современном ее понимании, что и послужило в дальнейшем одной из причин развала страны и захвата власти большевиками.
Волнения в армии, наиболее яркими проявлениями которых стали вооруженные восстания на крейсере «Очаков» и броненосце «Потемкин», заставили Николая II пойти на уступки и разрешить деятельность жандармов в армии. 15 сентября 1906 г. П.А. Столыпин распорядился учредить в воинских частях внутреннюю агентуру. Однако еще до этого распоряжения Стольпшна для пресечения революционной пропаганды в частях жандармы привлекали в качестве осведомителей солдат.
Выявлением политических противников режима в армии занимался Департамент полиции, сотрудники которого в своих донесениях часто указывали на невозможность выявления агитаторов в местах, находящихся «в исключительном ведении военного командования», то есть в казармах и военных лагерях. Большинство офицеров Российской армии негативно относились к деятельности жандармов и не оказывали им помощи. Сведения о работе антиправительственных групп и организаций среди солдат и матросов охранка получала по-разному. Наиболее ценной считалась информация, полученная от осведомителей, внедренных в эти организации. Особенно активно полиция внедряла агентов в эсеровские военные группы. Доносы провокаторов позволили довольно быстро подавить выступление матросов в Кронштадте в 1906 году. Попытки эсеров поднять восстание солдат и матросов в Севастополе в сентябре 1907 года также были подавлены по информации провокатора, предупредившего жандармов. Секретные агенты в эсеровских организациях помогли командованию подготовиться и к подавлению восстания в Свеаборге.
Однако руководство Департамента полиции сдерживало своих сотрудников от активных действий в воинских частях и, по существу, запрещало вербовать осведомителей из числа «нижних воинских чинов». Это следует из Циркуляра Департамента полиции о работе в армии от 13 марта 1913 г.: «В течение последних лет противоправительственные партии с особой энергией направили свою деятельность на пропаганду революционных идей и внесение смуты и недовольства среди воинских частей.
Чинам Корпуса Жандармов, стражам Государственного порядка и борцам с его врагами надлежит особо верно следить за проявлениями указанной преступной деятельности и рука об руку с войсковым начальством принимать все дозволенные законом меры к ее прекращению в самом зачатии.
Применение таковых мер, и выбор приемов борьбы требуют в данном случае особой осмотрительности и такта, так как приходится иметь дело с военной организацией, коей присущи свои бытовые и жизненные условия, неосторожное вторжение в которые может повести к весьма печальным результатам. Прежде всего, командир воинской части должен быть вполне осведомлен, если в составе его части есть воинские чины, зарекомендовавшие себя в прошлом какими-либо противоправительственными выступлениями.