Новый этап в работе органов военной контрразведки начался после октябрьского переворота с постановления Бюро ЦК РКП (б) от 19 декабря 1918 года. Этим постановлением фронтовые и армейские ЧК были объединены с органами военного контроля, и на их основе образован новый орган — Особый отдел ВЧК при СНК РСФСР, основной задачей которого стало обеспечение безопасности в Рабоче-Крестьянской Красной Армии. Большевиками была создана эффективная централизованная система органов безопасности в войсках, включающая особые отделы фронтов, военных округов, флотов, армий, флотилий и особые отделы при губернских ЧК.
В 1920 году на заседании Оргбюро ЦК РКП (б) было принято обращение к коммунистам, работающим в армии, обязывающее их быть осведомителями особых отделов, а также требующее «распространить» это партийное поручение и «на коммунистов, работающих по транспорту». С 1920 года ЦК РКП (б) систематически направлял на места циркуляры, которыми «вменял в обязанность всем комиссарам и коммунистам, работающим в армии, быть постоянными осведомителями Особых отделов»{206}. После образования ГПУ СССР осведомительная сеть в армии была реорганизована. В особых отделах вводилось три категории осведомителей. Первая группа формировалась из числа военнослужащих коммунистов, находившихся на связи у военкома. Выполняя требование «сделать всех коммунистов армии в большей или меньшей мере нашими сотрудниками», в обязанности военкома вменили сбор и передачу в особые отделы сводок о политическом и экономическом состоянии части, боеспособности и настроениях военнослужащих. Во вторую группу вербовались беспартийные красноармейцы, служащие и специалисты. Руководство ими осуществлял уполномоченный особого отдела. Эту категорию осведомителей перепроверяли через осведомителей-коммунистов. Третья группа осведомителей набиралась из специалистов, занимающих ответственные должности в военных организациях и крупных армейских штабах. В 1925 году II Всесоюзный съезд особых отделов ОГПУ СССР перестроил структуру агентурного аппарата, который разделили на две группы: осведомителей и агентов. Осведомители в свою очередь делились натри категории. Первая категория изучала настроение красноармейской массы, вторая — отслеживала работу учреждений Красной Армии и их личного состава. К третьей категории относились высококвалифицированные осведомители — эксперты в наиболее важных отделах и штабах Красной Армии. Агентов, так называлась другая категория секретных сотрудников, привлекали к участию в конкретных важных операциях армейской контрразведки{207}.
В 1934—1938 годах военная контрразведка как Особый, затем 5-й, отдел входит в состав Главного управления государственной безопасности (ГУГБ) НКВД СССР. В марте 1938 года с упразднением ГУТБ, на базе 5-го отдела создается 2-е Управление (особых отделов) НКВД СССР, а в сентябре 1938 года Особый отдел воссоздается как 4-й отдел ГУТБ. В его подчинении находились особые отделы в армии, военно-морском флоте и войсках НКВД.
В 1937—1938 годах особые отделы вместе с территориальными органами НКВД внесли свою лепту в организацию репрессий в Рабоче-Крестьянской Красной армии (РККА).
В июне 1937 года состоялся суд над группой высших офицеров РККА, включая Михаила Тухачевского по делу так называемой Антисоветской троцкистской военной организации. Обвиняемым вменялось планирование военного переворота на 15 мая 1937 года. Этот процесс стал сигналом к развертыванию истребительного похода против военных кадров. Уже через девять дней после расстрела подсудимых было арестовано 980 командиров и политработников{208}.
21 июня 1937 года был подписан секретный приказ Ворошилова и Ежова, призывавший всех военнослужащих, «замешанных в деятельности контрреволюционных фашистских и вредительских организаций или знавших об их существовании», явиться с повинной, за что была обещана амнистия. Тот факт, что никто не принес повинную, разжег ярость Сталина, потребовавшего усиления репрессий в армии. Летом 1937 года Ежов на совещании в НКВД сообщил, что Сталин считает, что: «военно-фашистский заговор должен иметь ряд ответвлений»{209}.