Кроме «классических» агентов и осведомителей, органами НКВД и НКГБ для борьбы с националистическим подпольем в 1944—1947 годах широко применялись агенты-боевики. В качестве таких агентов использовались бывшие участники националистического подполья, захваченные в ходе войсковых операций. Завербованные оперативными работниками боевики выдавали известных им участников подполья и места укрытий. Из боевиков создавались агентурно-боевые группы («спецгруппы»), которые подчинялись Главному управлению по борьбе с бандитизмом (ГУББ) в составе НКВД. Обычно такие группы возглавляли офицеры НКВД, НКГБ или Смерш.
Эти «спецгруппы» под видом подразделений СБ ОУН и УПА выявляли командиров и участников националистического подполья в селах и захватывали или уничтожали их. «Спецгруппы» действовали во всех областях Западной Украины. По состоянию на 1 июля 1945 года действовало 156 таких «спецгрупп» численностью 1783 человека. Больше всего их было на Ровенщине, где «чистки» проводились особенно интенсивно. Так, в январе—феврале 1945 года в Ровенской области совершила несколько рейдов спецгруппа из бывших членов УПА и легализованных оуновцев численностью 50 человек. Ее возглавлял бывший командир сотни УПА «Хмара». Для проведения агентурной работы в группу был включен работник НКВД. Этой спецгруппой было убито 30 и захвачено живыми 24 участника ОУН-УПА. В ночь на 5 марта 1945 года специальной группой УНКВД Волынской области, возглавляемой бывшим куренным УПА «Максимом-Вороном», был убит начальник штаба УПА Карпович.
Описывая действия организованного из захваченных головорезов СБ спецотряда «Быстрый», майор госбезопасности Соколов сообщал руководству: «Я посоветовался с командирами спецгруппы, что, не лучше ли будет нам изменить работу — не ходить по селам под видом банд, ища бандитов, а воровать из сел людей, стоящих на учете РО НКВД, как имеющих связь с бандитами, и их допрашивать под видом “СБ”, обвиняя в сексотстве. Командиры это одобрили и сказали, что так работа пойдет и такая методика хороша еще тем, что бандиты никак не смогут уловить наших действий, им, чтобы отрафировать (так в тексте) нашу работу по этому направлению».
Реакцией на жестокие, а порой просто бандитские действия «спецгрупп» и оперативных работников стало принятое политбюро ЦК КП (б) У 21 марта 1945 года постановление «О фактах грубых нарушений советской законности в западных областях Украины».
Однако и после выхода этого постановления жестокие действия «спецгрупп» продолжались. 15 февраля 1949 года военный прокурор войск МВД украинского округа полковник юстиции Кошарский обратился к Секретарю Центрального Комитета КП (б) Н.С. Хрущеву с совершенно секретной докладной запиской № 4/001345 «О фактах грубого нарушения советской законности в деятельности т. н. спецгрупп МГБ». Военный юрист пишет (стиль и орфография сохранены): «Министерством Госбезопасности Украинской ССР и его Управлениями в Западных областях Украины, в целях выявления вражеского, украинско-националистического подполья, широко применяются т. н. спецгруппы, действующие под видом бандитов “УПА”. Этот весьма острый метод оперативной работы, если бы он применялся умно, по-настоящему конспиративно и чекистски подготовленными людьми, несомненно, способствовал бы скорейшему выкорчевыванию остатков бандитского подполья. Однако, как показывают факты, грубопровокационная и неумная работа ряда спецгрупп и допускаемые их участниками произвол и насилия над местным населением, не только не облегчает борьбу с бандитизмом, но наоборот, усложняет ее, подрывает авторитет советской законности и бесспорно наносят вред делу социалистического строительства в Западных областях Украины». Далее Кошарский приводит многочисленные примеры «работы» спецгрупп.