Следующая веха в истории ислама на Белгородчине связана с образованием Золотой Орды и постордынских государств. Процесс исламизации населения, в том числе носителей постсалтовской культуры, особенно активизировался после 1312 г., когда ислам был объявлен государственной религией Золотой Орды. XIV столетие археологами считается временем расцвета русско-ордынского пограничья, сопровождавшегося повсеместным увеличением числа городов и сел, бурным подъемом экономической деятельности и ростом народонаселения. Ситуация кардинальным образом меняется в конце XIV в., когда внутриполитический кризис, отягощенный нашествием Тимура (Тамерлана) в 1395–1396 гг., подорвали жизненно важные аспекты существования Золотой Орды. Территории Белгородской и Воронежской областей стали ареной борьбы противоборствующих партий. Так, в 1399 г. на р. Ворскле состоялось сражение между ханом Тохтамышем, поддержанным великим князем литовским Витовтом, с одной стороны, и войсками Золотой Орды под управлением хана Тимур-Кутлуга и эмира Едигея – с другой. В конце XV в. хан Большой Орды Шейх-Ахмед, в противовес военной угрозе со стороны крымского хана Менгли-Гирея, возвел крепость в устье р. Тихой Сосны.
В ходе междоусобной борьбы постордынских государств волны мигрантов уходили на службу к соседним сюзеренам – великим князьям московским и литовским, которые, в свою очередь, находились в различных формах зависимости от разных ветвей Чингисидов. В результате образовывались вассальные владения со смешанным населением – тьмы, где поддерживались татарские порядки и законы. Одним из таких образований на территории современных Курской и Белгородской областей стала Яголдаева тьма, находившаяся в вассальной зависимости от Великого княжества Литовского.
Археологические данные свидетельствуют, что в период строительства Белгородской черты (конец XVI в. – 1640-е гг.) ставшей границей между Московским царством и Крымским ханством, и ее административного центра г. Белгорода (1596 г.), южнее сохранялись ногайские кочевья. В период Смутного времени (конец XVI – начало XVII в.) территория современной Белгородской области в значительной степени контролировалась войсками Крымского ханства – союзника Московского государства в борьбе против Речи Посполитой. По землям нынешней Белгородчины со своим отрядом проходил Петр (Урак) Урусов, убивший в 1610 г. самозванца Лжедмитрия II и впоследствии ушедший в Крым.
Данные о мусульманском присутствии на Белгородчине в имперский период пока не обнаружены, причиной чего может являться недостаточная изученность данного вопроса. Тем не менее известно имя проживавшего в конце 1870-х гг. в уездном городе Валуйки Мусы Тугана Андрыкаева, происхождение которого пока не выяснено. Он участвовал в Венгерском походе И. Ф. Паскевича 1849 г. и Русско-турецкой войне 1877–1878 гг. В 1876 г. служил в 4-м гусарском Мариупольском полку, с 1878 г. являлся полковником, командиром запасного эскадрона 6-го гусарского Клястицкого полка. В те годы имел награды: орден Св. Владимира 4 степени с бантом, святой Анны 2 и 3 степеней, святого Станислава 2 и 3 степеней, золотую саблю с надписью «За храбрость» и другие знаки отличия.
Согласно данным первой всеобщей переписи населения Российской империи 1897 г., в Курской губернии, куда в то время входила и территория современной Белгородской области, проживал 441 мусульманин (0,2 % населения), из них 413 мужчин и 28 женщин. Подобное соотношение полов, типичное для западных губерний России, возможно, например, в условиях преобладания представителей военных специальностей.
Мусульманская община на рубеже веков: динамика численности, социальная активность и религиозная жизнь
В советский период произошел значительный прирост мусульманского населения Белгородской области за счет выходцев из других регионов. Волны переселенцев состояли из бежавших от репрессий и коллективизации и трудовых мигрантов. Увеличению числа последователей ислама в определенной степени способствовала принятая в СССР система распределения молодых специалистов после окончания вузов. Немало мусульман приезжало в центральные районы страны на учебу, особенно из трудоизбыточных регионов (Азербайджан, Дагестан, республики Центральной Азии).
В годы Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. мусульмане, наравне с представителями других конфессий, воевали с немецко-фашистскими войсками. Одним из наиболее значительных событий явилась битва на Курской дуге в 1943 г., на месте которой в 2006 г. был открыт поклонный монумент воинам-мусульманам, погибшим в сражениях на Курском направлении.