Чем глуше улица, тем она пестрее и своеобразнее. Если расставить руки, можно кончиками пальцев достать стены двух противоположных домов. Балконы почти закрывали яркую голубую полосу неба между крышами. И все-таки в Неаполе слишком много солнца, чтобы в этом ущелье было темно, в нем слишком много улыбок, чтобы угнетала его фантастическая нищета, слишком много большой человеческой любви, чтобы ее могли спугнуть толпы монахов в белых, коричневых и черных сутанах. Так Мечников писал о бесстрашных и веселых людях неаполитанских трущоб. Статьи иллюстрировались его же собственными рисунками.
Впрочем, Мечников в своей деятельности не ограничился сотрудничеством в «Независимом». С начала 1862 года он стал издавать свою газету под названием «Бич». В его газете жестоко доставалось и податливым либералам, и королевским чиновникам, а иногда и самому королевскому правительству. В результате… «у меня отобрали редакцию, и для личной безопасности я должен уехать из Италии, где не могу жить не действуя» — так писал Мечников из Женевы 12 июля 1862 года в письме к Н. Г. Чернышевскому.
В это время начинается его постоянное сотрудничество в русских журналах. В «Современнике» Чернышевского и в «Русском слове» Мечников поместил ряд статей об итальянской литературе, а также несколько повестей и рассказов. Он печатался в журналах «Дело», «Русский вестник», «Библиотека для чтения», позднее в «Отечественных записках», в «Русском богатстве», в «Историческом вестнике» и других журналах. Ему, человеку, на которого в III отделении давно завели дело, невозможно было подписываться своим именем. Приходилось прибегать к псевдонимам: Гарибальдиец, Леон Бранди, Эмиль Денерги, Леон Гоганда.
С 1863 года Мечников начал печататься в журнале «Колокол». Герцен поместил его письмо «Точка поворота» о польском восстании. Незадолго перед тем Мечников выступил на митинге во Флоренции, созванном по поводу восстания. Он произнес там речь, которую Герцен назвал «первым словом проснувшейся русской совести».
Когда в Польше вспыхнуло восстание, Бакунин был одним из организаторов снаряжения экспедиции из Средиземного в Балтийское море для поддержки восставших. Однажды ночью, по рекомендации Бакунина, к Мечникову явился поляк — граф Сбышевский и от лица польских эмигрантов попросил Льва Ильича съездить на остров Капреру к Гарибальди и уговорить его командировать опытных боевых моряков для этой экспедиции, а также устроить склад оружия на Капрере. Однако слишком много людей узнали об этом предприятии раньше времени. В Кадисе испанцы задержали пароход, шедший к Гибралтару под красно-белым флагом, и не выпустили его до конца восстания.
Знакомство Мечникова с Герценом произошло в том же году во Флоренции. Герцен специально приехал в Италию, чтобы через посредство Мечникова наладить пересылку революционных изданий в Россию. В ноябре Мечников предпринял поездку в Ливорно, а в марте 1864 года Бакунин писал Герцену: «Тебе, Герцен, давно известно, что удалось сделать Мечникову: верная и даже безденежная доставка всего из Ливорно в Константинополь и даже в самою Одессу».
В 1864 году Мечников с семьей переселился в Женеву, где находилась колония русской эмигрантской молодежи. В конце этого же года состоялось первое заседание женевского съезда русских эмигрантов, названное Герценом «Посполитая беседа». Участниками съезда были А. И. Герцен и его сын Александр, Н. И. Утин, Н. И. Жуковский, Л. И. Мечников, А. А. Серно-Соловьевич, Л. В. Шелгунов, В. О. Ковалевский и другие революционеры. На заседании обсуждался вопрос о возможностях и формах объединения сил «молодой» и «старой» эмиграции, однако по ряду причин объединение не произошло. В этот период окончательно формируются общественные взгляды Мечникова. Он знакомится со многими деятелями Международного Товарищества Рабочих — I Интернационала — и принимает участие в его работе. Примкнув к бакунинскому крылу, Мечников становится анархистом. В 1866 году в журнале «Колокол» появляются его статьи: «Весть о Прудоне» и «Прудонова новая теория собственности», в которой Мечников называет французского экономиста, одного из основоположников анархизма, своим учителем. Анархистский идеал Прудона оказал на Льва Ильича большое влияние, хотя при этом он резко критиковал философа за его враждебное отношение к польскому восстанию и за его борьбу против эмансипации женщин. В 1868 году в Женеве начал издаваться журнал «Современность», редакторами которого были Л. И. Мечников и Н. Я. Николадзе. В программе журнала ставилась задача пробудить у читателя интерес «к ходу общественных дел». Как и многие другие эмигрантские журналы, «Современность» вскоре прекратил существование. Мечников продолжал участвовать в деятельности русской революционной эмиграции, являясь заграничным агентом «Земли и воли». С большой страстностью ведя борьбу с социал-дарвинизмом и расизмом, Мечников раскрывал их антисоциальную сущность, их стремление доказать вечность капитализма, естественность войн и колониального порабощения.