Важным поводом для бегства стал и серьезный раскол внутри самой армии, давший знать о себе как раз осенью 1647 года. Все большую популярность в ней стали получать идеи левеллеров (уравнителей) — приверженцев демократической республики и политического равенства. Разногласия между ними и генералами, желавшими сохранить монархию и исключительные политические права собственников, были рассмотрены в октябре — ноябре 1647 года на серии дебатов в церкви Патни под Лондоном. Именно 11 ноября полковник Гаррисон назвал короля «человеком крови» и потребовал суда над ним. Не исключено, что среди стражи оказался левеллер, намеренно оставивший свободным выход королю, чтобы потом его соратники могли обвинить Кромвеля, Ферфакса, Айртона и других индепендентов в пособничестве монарху.
Короля опять сопровождали всего два человека. Он планировал бежать либо во Францию, либо на юг Англии, либо в Бервик-на-Твиде, недалеко от шотландской границы. Первое показалось предпочтительнее. Попытка проникнуть в какой-либо порт, чтобы уплыть на континент, не удалась — за беглецами была отряжена погоня. Тогда они направились на остров Уайт, комендант которого полковник Хэммонд вроде бы симпатизировал королю. На самом деле это было не так, к тому же Хэммонд состоял в родстве с Кромвелем. Карл был заключен в замок Карисбрук, где и пребывал последующие недели, пытаясь «торговаться» как с эмиссарами парламента, так и с шотландцами, представляющими герцога Гамильтона, чья фракция к этому времени оттеснила от власти в Шотландии ковенантеров.
Казалось, катастрофы последних лет изменили Карла. Впрочем, ему не оставалось иного выхода, как договориться. 26 декабря 1647 года король подписал с посланниками Гамильтона секретный договор, согласно которому шотландцы — при условии установления пресвитерианской церкви в Англии в течение трех лет — обязались в следующем году выступить на его стороне. Это стало роковой ошибкой Карла. Парламент прервал переговоры с королем, а армейские лидеры решили, что его следует отдать под суд.
Роялисты восстали в июле 1648 года, начав тем самым Вторую гражданскую войну. Это произошло прежде, чем шотландцы оказались готовы им помочь, поэтому у Ферфакса и Кромвеля было достаточно времени, чтобы подавить возмущение. Почти везде роялисты были разбиты «Армией нового образца» после недолгих стычек, и лишь подавление очагов восстания в Кенте, Эссексе и Камберленде, а также в Уэльсе и отпор шотландскому вторжению потребовали серьезного напряжения сил. Гамильтон, проклинаемый духовенством за союз с английскими «злодеями» и не принявшим Ковенанта королем, несмотря на все трудности, собрал армию, но в битве при Престоне 17 августа Кромвель, располагавший меньшим числом людей, за три дня обратил ее в прах.[142] После этого роялисты потеряли все шансы на победу в войне.
Тем не менее в октябре — ноябре парламент, опасаясь торжества армии едва ли не больше, чем возврата роялистов, снова вступил в переговоры с королем. Их участник сэр Генри Вэйн так описывает поведение короля: «…Он проявлял определенное стремление сделать все, что можно было сделать… чтобы обеспечить себе блага свободы». Карл наконец понял, что проиграл окончательно, что личная свобода важнее, что надо лавировать. В конце концов условия Карла — передать парламенту на двадцать лет контроль над милицией и установить на три года пресвитерианское устройство церкви — были 1 декабря 1648 года приняты 129 голосами против 83. Такое решение могло вывести из тупика отношения между парламентом и королем, завершить гражданское противостояние и восстановить монарха на престоле с ограниченными полномочиями. Казалось бы, свобода добыта… Но Карл не учел противоречий в лагере противников. 4 декабря армия заняла Вестминстер, а 6 декабря полковник Томас Прайд удалил пресвитериан из палаты общин. Оставшаяся часть Долгого парламента, в котором теперь доминировали индепенденты, получила название «охвостья».