В первые годы правления Карла II он был самым доверенным после лорд-канцлера советником короля, особенно в церковных вопросах. В 1661 году он председательствовал на конференции пресвитериан и сторонников епископального управления церковью, завершившейся безрезультатно. Шелдон с пренебрежением отнесся к идее о взаимных уступках и требовал единообразия в принудительном порядке. Игнорируя ожидания пресвитериан, порожденные речами Карла и Хайда в Бреде, Шелдон заявил от имени своего и других епископов, что они считают Книгу общей молитвы лучшей из когда-либо существовавших церковных книг в истории. Во время подготовки «Акта о единообразии», принятого в 1662 году, он был полон решимости вынудить пресвитериан освободить позиции, занимаемые ими в церкви, любой ценой. В итоге пресвитериане в Шотландии подверглись жестоким преследованиям. И все же, несмотря на то что на публике, в речах и действиях Шелдон был человеком властным и непримиримым, в частном общении он оставался необыкновенно вежлив, приветлив и доступен для всех. Он умел быть благородным и щедрым. Оксфорд обязан ему своим Шелдонским театром и многими другими историческими памятниками.
Карл II и Кларендон неохотно, но все же соглашались с предлагаемыми Шелдоном одиозными мерами, поскольку главенство англиканской церкви было чрезвычайно важно для восстановления прежнего статуса монархии. Как умный политик, граф Кларендон стремился примирить разнородные социальные силы и тем самым упрочить королевскую власть. В начале Реставрации он видел свою главную задачу в создании атмосферы веротерпимости, однако инициированное Шелдоном и парламентом преследование инакомыслящих поставило крест на этих усилиях. Вышло так, что имя этого человека связалось с целым рядом законов, именуемых «Кодексом Кларендона», за принятие которых он не был прямо ответственен.[183] Эти законы восстановили доминирующее положение англиканской церкви и надолго поставили пуритан, анабаптистов, квакеров и представителей других религиозных течений — так называемых диссентеров — в оппозицию.
23 апреля 1661 года Карл II был коронован в Вестминстерском аббатстве. Это торжественное, пышное событие должно было подчеркнуть триумф монархии, и на расходы казна не поскупилась. Вновь из фонтанов били струи вина, по заново вымощенным улицам маршировали украшенные красными, белыми и черными перьями солдаты, поэты и проповедники славили возвращение Стюартов на трон. Никто даже не предполагал, что этот суверен последним совершил традиционное коронационное шествие от лондонского Тауэра до Вестминстерского аббатства.
8 мая 1661 года был созван второй, самый долгий его парламент (ему предстояло функционировать до 24 января 1679 года), названный Кавалерским. В него вошли половина депутатов Конвенционного и 100 членов Долгого парламента Карла I. Этот парламент год за годом предоставлял Карлу II властные полномочия, исполняемые в свое время его отцом. Хотя Звездная палата, Высокая комиссия и корабельные деньги не стали опять прерогативами двора или короля, последний получил контроль над военными силами, а в 1664 году — право собирать и распускать парламент, когда пожелает. Три года спустя Карл уже мог по своему усмотрению назначать и увольнять судей. Но прежде всего он получил в свое ведение доходы с трех принципиальных налогов, которые составляли основу республиканского правления, — таможенный сбор, акцизы и налог на имущество; поскольку английская экономика развивалась, доход от первых двух постоянно рос, делая корону относительно независимой от парламента в мирное время. Между 1679 и 1684 годом парламентские выплаты составили только 7 процентов дохода короля, а в 1684–1688 годах — и вовсе 1 процент.[184] Таким образом, возвращение «личного правления» представлялось вполне возможным.