Агамемнон – признанный владыка Микен, которому по наследству и родственным связям досталась власть также над Аргосом (как Пелопиду), Спартой (как брату Менелая, который воцарился там после смерти Тиндарея) и другими государствами Пелопоннеса – в порядке подчинения, обеспеченного подвигами Геракла и правлением Еврисфея, видимо, находившегося в вассальной зависимости от Агамемнона. Также под его контролем Крит – по воле скончавшегося там царя Катрея. Таким образом, Агамемнон, несмотря на свои преступления и узурпацию власти, оказывается во главе похода на Трою, оставив в Микенах управлять своих двоюродных братьев Эгисфа (дворцовым комплексом) и Еврисфея (микенским доменом). Также в Микенах остается Клитемнестра, не питающая теплых чувств к Агамемнону.
В Троянском походе микенцы участвовали, но упоминаются они в считанных случаях, поскольку не формировали обособленного от аргосцев отряда. Гомер сообщает о том, что Гектор убил микенца Перифета, чей отец был посланником владыки Микен Еврисфея, доставлявшего задания Гераклу. "И по уму он считался одним из первейших ахейцев". Гомер очень подробно пишет, как погиб Перифет. У микенца был огромный щит "до пят". И когда он развернулся для отступления и сделал шаг от противника (видимо, забросив щит за спину), его ступня зацепилась за нижнюю часть обода щита, и Перифет упал. Гектор, заметив это, подбежал и воткнул в него копье.
Эгисф вместе с Клитемнестрой замышляют и осуществляют заговор – по возвращении Агамемона, он и его ближайшие сподвижники убиты, малолетний сын Агамемнона Орест успевает скрыться и бежит в Афины. Одной из причин участия Клитемнестры в заговоре является измена самого Агамемнона, вернувшегося домой после Троянской войны с плененной троянкой – красавицей Кассандрой.
В "Одиссее" Гомер не раз обращается к истории Ореста и в целом к "проклятию Атридов", но Микены в связи с этим упоминает лишь однажды. И мы знаем наверняка лишь о том, что развязка истории произошла именно там. Вся эта история была определенным переломом, который закреплялся произведениями Гомера, ставшими популярными во всей Элладе и перешедшими из микенской эпохи в классическую греческую. Если прежде ответственность мужа перед женой была минимальна, и правители могли иметь многих жен и многих детей (Данай – 50 дочерей, Египт – 50 сыновей, Приам – 50 сыновей и так далее), то история дома Атридов показала, что подобная свобода нравов оборачивается трагедией, даже если к детям от разных браков со стороны отца проявляется подобающая забота.
Орест через восемь лет возвращается в Микены и убивает Эгисфа и свою мать. Помощь в очередном перевороте ему оказывает сестра Электра. Подобное убийство считается у ахейцев тягчайшим преступлением, но, обращаясь к суду в Афинах, Орест получает оправдание и право пройти очистительные процедуры, освобождающие от греха. Таким образом устанавливается моногамия и прекращается наследование власти по женской линии – от мужа к жене (вдове).
Павсаний не упоминает, что Орест жил в Микенах. Он обосновался где-то близ Аргоса, и поэтому смог получить власть в Аргосе, когда там началась междоусобица. Также он подчинил себе часть Аркадии, а в Спарту был приглашен править, поскольку лакодемоняне не хотели подчиняться бастардам Менелая, рожденным от рабыни. При этом Орест женился на Гермионе, дочери Менелая (таким образом, наследование по женской линии все же сохранялось). После смерти Ореста власть унаследовал его сын Тисамен, и в его правление началась война с Гераклидами. При перечислении городов, захваченных Гераклидами, Микены не упоминаются. Вероятно, они были разрушены еще Орестом или Тисаменом, и от города осталось лишь небольшое поселение.
О величии Микенского государства мы можем судить по записям линейным письмом Б. Понимая при этом, что эти записи могут быть частичными или же охватывать ряд подконтрольных Микенам поселений. Так или иначе, на учете состояло 19 300 овец, 1800 сосудов; 569 воинов-призывников, 2000 женщин и детей (простолюдинов), 400 колесниц.
Геродот упоминает Гераклидов, "которых после их бегства от микенского рабства сначала изгоняли все эллины, к кому бы они ни обращались" и приютили их только афиняне, которые потом воевали вместе с Гераклидами и дорийцами против всех царств Пелопоннеса. В конце 12 в. до н. э. большинство дворцовых центров Микенской цивилизации были последовательно разрушены. Жители Микен вынуждены были бежать в другие страны. Это подтверждается и археологическими данными, и письменными источниками, говорящими, что нашествие дорийцев, сменившее эпоху, произошло через 80 лет посте Троянской войны.