Своеобразная преемственность наблюдается и в разработке проблем формирования Русского государства в XIV–XVI вв., чему уделяли большое внимание профессора исторического и юридического факультетов Санкт-Петербургского университета. Монография «Образование русского национального государства», выдержавшая три издания (два из них до войны), явилась первым марксистским исследованием темы большой важности. Молодому ученому-марксисту удалось преодолеть схематизм социологического подхода М. Н. Покровского. В дальнейшем (в первые послевоенные годы) В. В. Мавродин принял активное участие в дискуссии по проблемам образования единого Русского государства, отстаивая свою точку зрения на сложность и синтетичность этого процесса, не сводя его лишь к факторам экономического значения, учитывая его политический и национальный характер.
Научная работа Владимира Васильевича Мавродина в последние предвоенные годы была соединена с научно-организаторской и административной деятельностью. В 1938 г. он стал заведующим кафедрой истории СССР, которой он руководил в общей сложности свыше 40 лет. А в 1940 г. В. В. Мавродин был избран деканом исторического факультета. На этом посту он пробыл более 20 лет.
Руководил он факультетом и в тяжкую военную пору: вначале в блокадном Ленинграде, затем в эвакуации в Саратове. Именно в это суровое время стало отточенным перо В. В. Мавродина, страстного пропагандиста и агитатора отечественной истории. В годы войны со страниц его более чем 20 брошюр и статей зримо вставали Александр Невский, Дмитрий Донской, генерал Брусилов и другие патриоты своего Отечества, своего народа. Он часто выступал с лекциями и беседами по радио, на митингах, промышленных предприятиях, перед бойцами Красной Армии. Верой в победу над врагом было пронизано живое слово В. В. Мавродина-лектора. Оно, как и серенькие книжечки-брошюры, было обращено прежде всего к воинам Красной Армии. Характерным в этой связи является посвящение книги «Образование древнерусского государства»: «Воинам доблестной Красной Армии, богатырям земли Русской, сражавшимся за освобождение нашего древнего Киева в грозовую и победоносную осень 1943 года, посвящает автор эту книгу. 1944 г. Саратов». К слову сказать, и в будущем выдающийся исследователь и педагог совмещался в нем с талантливым популяризатором исторической науки.
Работая в первые послевоенные годы членом Чрезвычайной государственной комиссии по расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков на нашей земле, он воочию увидел, сколь велики человеческое горе и культурные потери нашего народа. Но в то же время как и всякий советский человек, он должен был испытывать чувство гордости за русского солдата, за русский народ, сокрушивший фашистскую машину. Возможно, здесь и скрывались истоки нового научного увлечения Владимира Васильевича: вскоре он начинает заниматься вопросами этнического развития восточного славянства и русского народа. Первая статья «Основные этапы развития русского народа» появилась в 1950 г., а закончилось это исследование монографиями «Образование древнерусского государства и формирование древнерусской народности» (1971 г.) и «Происхождение русского народа» (1978 г.), кстати, изданной на нескольких иностранных языках.
С военной тематикой и давней исследовательской страстью была связана и разработка вопросов по истории огнестрельного оружия в России, истории русского судостроения, судоходства и мореходства.
Вместе с тем, что было присуще и многим ученым — историкам прошлых поколений, В. В. Мавродин параллельно с исследованием средневековой России начинает заниматься проблемами России XVIII в. — эпохи глубоких и коренных изменений. В первую очередь, что было естественно, ученого привлек образ Петра Великого, которому он посвятил монографию, изданную в серии «Жизнь замечательных людей». Разработкой этих сюжетов В. В. Мавродин продолжил также тему классовой борьбы, но уже на завершающей стадии развития феодализма в России. Итогом более чем 20-летней исследовательской работы стал фундаментальный труд по истории грандиозной крестьянской войны под предводительством Емельяна Пугачева, выпущенный в трех томах, из которых первый был написан Владимиром Васильевичем, а следующие — совместно с его учениками и коллегами. «Крестьянская война в России в 1773–1775 гг.» представляет собой самую солидную и самую обстоятельную историю восстания Пугачева в прошлой и современной историографии. К данному изданию примыкают и два тома курсов лекций по классовой борьбе и общественно-политической мысли в России XVIII в. Эти труды подводили определенный итог изучению классовой борьбы в эпоху феодализма, итог работы, начавшейся еще в 30-е годы.