1439 — Улу-Мухаммед подступил к стенам Москвы. Василий II покинул столицу и уехал за Волгу. Хану не удалось взять город, но он разорил селения от Москвы и до Коломны, перебил или пленил множество мирных жителей.
1441 — Из Москвы бежал в Литву, а оттуда в Италию митрополит Исидор. Поставленный митрополитом всея Руси в 1437 г., он принимал активное участие в VIII Вселенском соборе во Флоренции, где выступал как решительный сторонник унии православной и католической церквей. Решение собора было воспринято на Руси как «богомерзкое», православное духовенство от унии отказалось, а Исидор был заточен в Чудовом монастыре, откуда и совершил свой побег.
1443 — Ордынский царевич Мустафа напал на Рязанское княжество, разграбил «волости» и ворвался в город. Василий Васильевич направил против него своих воевод — князей Василия Ивановича Оболенского и Андрея Федоровича Голтяева. В жестоком бою под стенами Рязани Мустафа был убит, а его войско разгромлено.
1445 — Это был трагический год в жизни Руси. Сначала пришлось отражать нападение литовцев, дошедших до Козельска и Калуги и потерпевших поражение лишь под Суходревом. Потом Василий II с другими князьями пошел на Улу-Мухаммеда, занявшего Нижний Новгород и пытавшегося овладеть Муромом. В июле великий князь вышел навстречу его сыновьям Махмутеку и Якубу (Юсуфу) к Суздалю. С Василием были его двоюродные братья — князья Иван и Михаил Андреевичи, Василий Ярославич. Вечером в своем стане князья с боярами спокойно поужинали и до ночи пили. На следующий день после заутрени, когда князь собрался отдохнуть, пришла весть, что татары переходят по бродам через Нерль. Князья и воины стали поспешно облекаться в доспехи. Но не все войска успели собраться, а Дмитрий Шемяка и сам не пришел, и полков своих не прислал. Сначала бой шел с перевесом в пользу русских, но затем татары переломили ход боя, и в плену оказались сам великий князь, князь Михаил Андреевич Верейский, «и прочие многие князья, и бояре, и дети боярские», и простые воины. Василий Васильевич, как утверждает летописец, сражался мужественно, и «многие раны были по главе и по рукам, а тело все избито сильно». Победители рассыпались по окрестным селам, грабя и предавая их огню, убивая мирных жителей. С татарином Ачисаном были посланы в Москву снятые с великого князя кресты, — вероятно, чтобы подтвердить его пленение и потребовать выкупа. От Суздаля татары направились к Владимиру, а оттуда — к Мурому и Нижнему Новгороду.
Печаль москвичей по случаю поражения и пленения великого князя и других князей была усугублена новым несчастьем. 14 июля в Москве начался большой пожар, так что в Кремле не осталось «ни единого бревна»; каменные церкви «распались», а во многих местах даже рухнули крепостные стены. В огне погибло множество людей, потому что под защиту городских укреплений бежали жители посада, боявшиеся прихода татар; погибла казна и богатства, привезенные в Москву людьми, бежавшими из пригородов и из других городов. Среди москвичей начались волнения: зажиточная часть горожан, страшась нападения татар на беззащитный город (ибо пожар повредил укрепления), спешила уехать из Москвы, что вызвало крайнее возмущение у простого люда. По данным некоторых летописей, горожане настаивали, чтобы в Москве оставались и княгини — жена Василия Мария Ярославна и его мать Софья Витовтовна. Тем временем москвичи стали спешно «врата градные делати», восстанавливать оборонительные сооружения.
Улу-Мухаммед отправил своего посла Бегича к Дмитрию Шемяке. Тот встретил посла с почетом и дал ему понять, что он, Дмитрий, а не Василий должен стать великим князем. Но Бегич задержался в Муроме, и хан, поверив слухам, что его посол убит Шемякой, за огромный выкуп (князь обещал «дати окуп сколько может») отпустил Василия II.