В январе 1918 года царский генерал Алексеев организовал на Дону и Украине Добровольческую армию. В феврале германские армии оккупировали Украину, чтобы "гарантировать ее независимость". В мае 1918 года тридцатитысячный чехословацкий корпус оккупировал большую часть Сибири. Летом, вдохновляемые Уинстоном Черчиллем, Великобритания, Франция, Соединенные Штаты, Италия и Япония, предприняли вооруженное вторжение против большевиков.
Начиная с марта 1918 года, Троцкий был Народным Комиссаром по военным делам. Его задачей была организация новой армии из рабочих и крестьян, возглавляемых сорока тысячами офицеров старой царской армии.(35)
В июне 1918 года Северный Кавказ был единственным значительным зерносеющим районом, остававшимся в руках большевиков. Ему угрожала армия Краснова. Сталин был послан в Царицын, будущий Сталинград, для обеспечения поставок зерна. Там он нашел полный хаос. 19 июля он писал Ленину, запрашивая наивысшие полномочия в регионе для решения поставленной задачи: "Я прошу без всяких формальностей убрать отсюда тех армейских командиров и комиссаров, которые развалили дело". Сталин был назначен председателем Военного Совета Южного фронта. Позже Сталин будет противостоять старому царскому генералу Сытину, назначенному Троцким Командующим Южным фронтом, и Главнокомандующему, полковнику царской армии Вацетису. Царицын был успешно защищен.(36)
"Ленин приветствовал меры, разработанные Сталиным, как образцовые".(37)
В октябре 1918 года Сталин был назначен Членом Военного Совета Украинского фронта с задачей свержения режима Скоропадского, установленного Германией.
В декабре, когда на Урале положение драматически ухудшилось из-за выступления войск Колчака, Сталин был послан туда с неограниченными полномочиями чтобы положить конец катастрофическому положению Третьей армии и изгнать некомпетентных комиссаров. В своем расследовании Сталин критиковал политику Троцкого и Вацетиса. На Восьмом Съезде в марте 1919 года многие делегаты осудили действия Троцкого "за его диктаторские манеры... за его преклонение перед специалистами (царской армии) и его бесчисленные необдуманные телеграммы".(38)
В мае 1919 года Сталин вновь был послан с неограниченными полномочиями на организацию обороны Петрограда от армий Юденича. 4 июня Сталин послал телеграмму Ленину с заявлением о том, что по данным из захваченных документов многие ведущие офицеры Красной Армии тайно работают на белых.(39)
На Восточном фронте разгорелся жестокий конфликт между его командиром С.С.Каменевым и Главнокомандующим Вацетисом. В конце-концов Центральный комитет решил дело в пользу первого, и представление Троцкого об его отставке было отклонено. Вацетис был арестован.(40)
В августе 1919 года белые армии Деникина продвигались на Москву с Дона, Украины и южной России. С октября 1919 года по март 1920 Сталин был в руководстве Южного фронта, разгромившего Деникина.(41)
В мае 1920 года Сталин был послан на Юго-Западный фронт, где поляки угрожали Львову на западе Украины и войска Врангеля из Крыма, с юга. Контратака Тухачевского на Западном фронте выбила поляков к границам Варшавы. Ленин надеялся на победу в войне с реакционной Польшей, было создано временное Польское Советское правительство. Сталин возражал против этого акта: "Классовый конфликт в Польше не достиг остроты, способной преодолеть чувство национального единства".(42) Плохо скоординированные, получавшие противоречивые приказы войска Тухачевского были контратакованы поляками с незащищенного фланга и обращены в бегство.
На юге Белая армия Врангеля была ликвидирована к концу 1920 года.(43)
В ноябре 1919 года Сталину и Троцкому были вручены только что учрежденные ордена Красного Знамени за их военные успехи. Ленин и Центральный Комитет оценивали заслуги Сталина в руководстве вооруженной борьбы на самых трудных участках равными деятельности Троцкого в организации и руководстве Красной Армии в центре. Но, выставляя себя в лучшем свете, Троцкий писал: "За весь период Гражданской войны Сталин оставался третьеразрядной фигурой".(44)
Мак-Нил, зачастую предубежденный против Сталина, писал по этому поводу:
"Сталин проявился как военно-политический вождь, чей вклад в победу красных был вторым после Троцкого. Сталин играл меньшую роль, чем его соперник в общеорганизационных вопросах Красной Армии, но он был гораздо значительнее в обеспечении руководства на решающих фронтах. И если его репутация как героя была ниже, чем Троцкого, то это было меньше связано с фактическими заслугами, чем с нежеланием Сталина заниматься самовосхвалением".(45)
В декабре 1919 года Троцкий выдвинул план "милитаризации экономической жизни", предлагая мобилизовать рабочих, используя методы, которые он применял в руководстве армией. Под этим флагом была внедрена военная дисциплина среди железнодорожных рабочих. В профсоюзном движении прокатилась волна протестов. Тогда Ленин заявил, что совершенные Троцким ошибки угрожают диктатуре пролетариата: бюрократически преследуя профсоюзы, он ставил партию перед риском отрыва от масс.(46)
Возмутительный индивидуализм Троцкого, его открытое презрение к большевистским кадрам, его авторитарный стиль руководства и преклонение перед военной дисциплиной пугали многих в партии. Они полагали, что Троцкий вполне мог сыграть роль Бонапарта, совершив переворот и установив авторитарный контрреволюционный режим.
Троцкий знал свой краткий миг славы в 1919 году, во время Гражданской войны. Однако, вне всякого сомнения, в 1921-1923 годах вторым в партии после Ленина был именно Сталин.
С Восьмого Съезда в 1919 году Сталин стал членом Политбюро вместе с Лениным, Каменевым, Троцким и Крестинским. Этот состав не менялся до 1921 года. Сталин был также членом Оргбюро, тоже состоявшего из пяти человек.(47) Когда на Одиннадцатом Съезде Преображенский выступил с критикой того, что Сталин возглавляет Народный Комиссариат по делам национальностей и, в то же время, Рабоче-Крестьянскую Инспекцию (по контролю государственного аппарата), Ленин заметил:
"Нам необходим человек, к которому представители любой национальности могут прийти и обсудить свои трудности детально...Я не думаю, что товарищ Преображенский может предложить кого-то лучше подходящего для этого, чем товарищ Сталин.
То же самое можно сказать и о Рабоче-Крестьянской Инспекции. Это важнейшее дело, но для того, чтобы быть способными управляться с расследованиями, мы должны иметь во главе его человека, пользующегося высочайшим авторитетом, иначе мы погрузимся и утонем в мелочном интриганстве".(48)
23 апреля 1923 года Сталин по предложению Ленина был также назначен главой Секретариата партии, Генеральным Секретарем.(49)
Только Сталин в одно и тоже время был членом Центрального Комитета, Оргбюро и Секретариата партии большевиков. На Двенадцатом Съезде в апреле 1923 года основной доклад сделал он.