Среди наставников и преподавателей академии необходимо упомянуть и имя святого праведного Иоанна Кронштадтского.
Отец Иоанн формально не являлся профессором Духовной академии, но по существу он honoris causa доктор и профессор этой Духовной академии, поскольку учился в ней, и окончил ее, и трудами своего слова, своей «Жизнью во Христе» далеко превзошел всякие знания. Владыка Феофан говорил об этом неоднократно. Он лично знал святого праведного Иоанна, они даже совершали совместно Божественную литургию.
Однажды произошел очень памятный для владыки Феофана случай, свидетельствующий о дивном даре прозорливости батюшки Иоанна. Владыка рассказывал, что в ту пору он был инспектором академии. Он готовился назавтра совершить Литургию в одном из храмов столицы, где был престольный праздник. Но случилась у него срочная, неотложная работа: представить письменный доклад Митрополиту. Он рассказывал: «С вечера и всю ночь я писал экстренный доклад, и по этой причине мне не пришлось отдыхать. Когда я окончил свою работу, было уже утро, надо было ехать в храм. А там, среди прочего духовенства, сослужил со мной и отец Иоанн. Обедня кончалась, священнослужители в алтаре приобщились. В удобный момент, во время запричастного, отец Иоанн подошел ко мне и поздравил с принятием Святых Таин.
А потом особенно внимательно посмотрел на меня и, покачав головою, сказал: “Ох, как трудно всю ночь писать, а потом, совсем не отдохнувши, ехать прямо в храм и совершать Божественную литургию… Помоги, помоги Вам Господь и укрепи!” Можете себе представить, как отрадно было слышать от такого человека такие слова. Я вдруг почувствовал, что вся моя усталость моментально исчезла при этих словах… Да, великий был праведник отец Иоанн Кронштадтский!»
Помолчав немного, Владыка продолжал: «А как много было людей, слепых и глухих, не принимавших отца Иоанна и очень грубо относившихся к нему. И даже среди священников были такие. Так, например, как-то прибыл отец Иоанн на престольный праздник в один из храмов Петербурга. А настоятель храма, увидев его, начал кричать на него:
– Кто тебя приглашал сюда? Что ты явился? Я тебя не приглашал. Ишь ты, какой “святой”. Знаем мы таких святых!
Отец Иоанн смутился и говорит:
– Успокойтесь, батюшка, я сейчас уеду…
А тот кричит на него:
– Ишь ты, какой “чудотворец”. Убирайся отсюда! Я тебя не приглашал…
Отец Иоанн кротко и смиренно попросил прощения и покинул храм…
А был и иной случай в кронштадтском Андреевском соборе, где отец Иоанн был настоятелем. Здесь один из прислужников начал возмущаться:
– Что ты всем раздаешь деньги, а мне, я тебе служу, ты никогда ничего не дал. Что это такое?
Батюшка смутился, молчит и, видимо, внутренне молится. А тот продолжает возмущаться и ругать его, не стесняясь в выражениях.
Случившийся здесь псаломщик вступился за батюшку:
– Ты что, на самом деле, в своем ли ты уме?! Да разве так можно?! Стыдно и страшно подумать о том, что ты говоришь батюшке.
И, перебирая заслуги отца Иоанна, он упомянул между прочим, что ведь он – отец настоятель.
– А ведь верно, ведь я же – настоятель. Разве можно с настоятелем так разговаривать?! Нет, нет, нет… Нельзя, нельзя…
Сказав это, отец Иоанн повернулся и ушел».
Владыка Феофан заметил: «Какое смирение у отца Иоанна! Ни дара прозрений, ни дара исцелений, ни чудотворений – ничего из этого он себе не приписал.
А только, что настоятелю так нельзя говорить!»
Несмотря на то что отец Иоанн окончил академию на много лет раньше владыки Феофана, в стенах академии сохранилась студенческая память о студенте Иоанне Ильиче Сергиеве. Будущий светоч Кронштадтский и Всероссийский имел обыкновение в свободное от лекций время уединяться в пустой аудитории. Читая святителя Иоанна Златоуста, будущий великий церковный пастырь молитвенно радовался о великом Святителе, восторгаясь душевно от прочитанного. Владыка Феофан всегда отмечал, говоря об отце Иоанне Кронштадтском, присущую ему непосредственность, свидетельствовавшую о его сильной вере, чистоте и девственности его души. Батюшка Иоанн всегда был чистым и непосредственным, как дитя.
Владыка Архиепископ, будучи еще архимандритом и инспектором Санкт-Петербургской Духовной академии, принял участие в похоронах великого пастыря в 1908 году.