Позиция Сталина. И. В. Сталин оценивал деятельность руководителей организаций и ведомств по результатам выполнения взятых ими или порученных им заданий.
"Сталин обычно не руководствовался личными симпатиями и антипатиями, а исходил из интересов дела" (И. А. Бенедиктов).
"Заслужить доверие Сталина можно было исключительно реальными результатами при выполнении крупных, ответственных, истинно государственных задач, и ничем кроме" (Н. К. Байбаков).
В 1920-30-х гг. ключевыми задачами научно-практической работы в сельском хозяйстве СССР являлись: внедрение новых, более высокоурожайных сортов зерновых и технических культур; интродукция лучших образцов отселектированных культурных растений из государств с высокоразвитым сельским хозяйством; разработка агротехнических приёмов повышения урожайности. Всё это было особенно важно для страны, пережившей несколько катастрофических голодных лет. Однако коллектив ведущего научно-практического сельскохозяйственного учреждения СССР, Всесоюзного института растениеводства, возглавлявшегося Н. Вавиловым, основную часть усилий тратил на другие задачи: сбор общемировой коллекции семян с/х растений, изучение их морфологических признаков, решение проблем географической ботаники. И специалисты-растениеводы, и руководители наркомата земледелия неоднократно отмечали отрыв тематики работ ВИРа от решения требовавшихся сельскому хозяйству страны задач. Нарком земледелия (с 1938 г.) И. А. Бенедиктов оценивал деятельность вавиловского института следующим образом: "Работы Вавилова и его последователей каких-либо практических результатов не обещали даже в обозримом будущем, не говоря уже о тогдашнем настоящем". По словам самого Вавилова, Сталин, на одной из встреч с ним, сказал: "Ну что, гражданин Вавилов, будете заниматься цветочками-колосочками ― а кто будет поднимать урожай?" Деятельность Вавилова по развитию мировой науки, согласовывавшаяся с глобальными планами "ленинской гвардии" 1920-х гг., плохо вписывалась в политику сталинского руководства, избравшего курс на решение не общемировых, а срочных местных проблем. Впрочем, научный авторитет Вавилова тоже был для Сталина сомнительным. В то время как Вавилову расточала комплименты зарубежная печать, а иностранные научные общества, одно за другим, выбирали его своим почётным членом, в сводках НКВД Сталину направлялась следующая информация:
"Широкая известность Вавилова как учёного в значительной мере создана англо-американскими кругами… Его научное "имя" весьма сомнительной ценности… Вавилов характеризуется как авантюрист, ставящий свои личные интересы выше государственных, создающий себе славу за счёт трудов других… Основным двигающим мотивом деятельности и поступков Вавилова лежат не интересы дела, ведение которого ему доверено, а сознательный авантюризм, авантюризм как принцип работы".
Сталин и в политическом отношении не доверял Вавилову ― сделавшему стремительную карьеру в начале 1920-х гг., когда троцкисты массово внедряли своих людей во все сферы общественной жизни ― от культуры и науки до армии. Тем более, что в сводках НКВД для Сталина о Вавилове сообщалось следующее:
"Группировкой (Вавилова) совершенно усвоена марксистская фразеология,… слабые и сильные стороны советского аппарата и партийного руководства, способ и методы определения политических убеждений и настроений отдельных лиц… В узком кругу… обычными являются беседы… о "кучке негодяев", об "изменении политического курса". По адресу т. Сталина Вавилов иначе как в контрреволюционном клеветническом тоне не говорит…"
Начиная с 1933 года Сталин и Молотов неоднократно демонстрировали отчуждённо-холодное, а иногда и прямо пренебрежительное отношение к Вавилову. Зарубежные экспедиции ВИРа прекратились. Ходатайства Вавилова об откомандировании его на очередные международные конгрессы отклонялись или оставались без ответа. Во второй половине 1934 года было отменено санкционированное ранее Я. Яковлевым празднование 10-летия ВИРа (ИПБиНК) и 25-летия научной деятельности Вавилова. В феврале 1935 года, на VII Съезде Советов, Вавилов не был переизбран членом ЦИК. В июне 1935 года он был снят с поста президента ВАСХНИЛ и переведён в вице-президенты. В декабре 1935 года на встрече В. М. Молотова с учёными, когда Вавилов докладывал о планах научно-исследовательских работ биологического отделения Академии наук, среди которых была и такая экзотическая тема, как "Исследование одомашнивания лисицы", председатель правительства прервал его возгласом: "Что за фантазия одомашнивать лису? И когда Вы, академик Вавилов, перестанете заниматься пустяками??" Осенью 1936 года согласие правительства СССР на проведение в Москве очередного международного генетического конгресса, о котором долго хлопотал Вавилов, было фактически отозвано. В 1937-39 гг. на страницах центральной печати неоднократно появлялись критические статьи о деятельности Вавилова и ВИРа.