ВНИИССОК по научной работе, мне приходилось критиковать неправильные действия зам. начальника главка Минплодовощхоза П. А. Григорьева и начальника главка Сердюкова. Когда позднее решался вопрос о кандидатуре на должность директора ВНИИССОК, то в сельскохозотделе ЦК КПСС рассматривалась и моя кандидатура, но П. А. Григорьев высказался против, и был назначен Сычев С. И., который долго работал председателем Луховицкого райисполкома Московской области. Вскоре было проведено областное совещание, на котором первый секретарь Московского обкома КПСС Конотоп Василий Иванович поручил мне выступить в прениях. Во время перерыва этого совещания механизатор Павлов Л. В., секретарь парторганизации института, пожелав как-то выслужиться перед начальством, подбежал к Сычеву и Хлыстову и, показывая на меня, сказал "здорово он вас разделал", хотя я делал разбор недостатков института до назначения Сычева на должность директора института.
После пятилетнего срока работы по существующему тогда уставу я должен был проходить переаттестацию на Учёном совете института. Когда объявили результаты тайного голосования, то мне не хватило одного голоса для переизбрания на новый срок. Тут же директор института издал приказ об увольнении меня с работы, хотя по существовавшему законодательству мне должны были предложить должность с понижением. Я обратился в вышестоящие организации с просьбой о пересмотре приказа. Однако когда Сычев работал председателем Луховицкого райисполкома Московской области, в этот район приезжали на охоту и отдых партийные функционеры районного, областного и республиканского значения, и их отдых Сычев организовывал за счет подчиненных ему колхозов. В связи с чем все мои обращения получили отказ. Мне удалось попасть на прием к Генеральному прокурору СССР Рекункову Александру Михайловичу. Он поручил прокурору Макарову Борису Макаровичу рассмотреть моё дело, а также подключил корреспондента газеты "Сельская жизнь" Чупахина Анатолия Петровича. Генеральный прокурор СССР Рекунков А. М. направил в Минплодоовощхоз частное определение, по которому отменил приказ о моём увольнении как незаконный и виновными признал начальника в/о "Союзсортсемовощ" Хлыстова Л. А. и директора ВНИИССОК Сычева С. И. с предложением наложить на них взыскание. На основе чего министром Зайченко им был объявлен выговор и наложен штраф в размере 10 % от месячного оклада в течение одного года в доход государства.
В Минплодоовощхозе было собрано совещание с партийными работниками всех уровней (от горкома партии, областного комитета и отдела сельского хозяйства ЦК КПСС) и прокурорами в попытке пересмотреть частное определение генерального прокурора. Но сотрудники генпрокуратуры ответили, что в порядке прокурорской проверки ими было обнаружено 13 нарушений законодательства. Когда партфункционерам было разъяснено, что отменить протест генпрокурора может только Верховный Совет, они направили свой протест и туда, откуда его переправили в Генеральную прокуратуру без последствий.
Когда Генеральная прокуратура СССР проводила проверку мотивировки моего увольнения, она поставила вопрос: ежегодно в течении пяти лет проводились отчёты о работе и какова же была оценка этих отчётов? Администрация института ответила, что отчёты по плановым заданиям получали положительную оценку и утверждались. Тогда был поставлен вопрос, а какие претензии были к Кононкову? Последовал ответ: он занимался сверх плана интродукцией новых нетрадиционных растений, вместо того, чтобы заниматься наиболее распространенными культурами.
Однако к настоящему времени за комплекс работ по интродукции овощных культур мне присуждена Государственная премия Российской Федерации за 2003 год; за разработку нового поколения продуктов функционального действия на базе интродуцированных новых культур присуждена премия Правительства Российской Федерации за 2013 год в области науки и техники. А в 2011 году указом президента Российской Федерации я был награжден орденом Почета. В 2013 году опубликована моя монография на тему: "О развитии биологических и сельскохозяйственных наук в России в советский и постсоветский периоды", где вкратце рассказывается об этих работах.
Исторический контекст (редакционное дополнение)
Программа Сталина и программа Троцкого