Вся система обороны острова держалась, таким образом, на четырех узлах сопротивления будущему противнику. В бухте Гранд-Харбор это были замки Святого Ангела на полуострове Биргу и Святого Михаила на полуострове Сангли, разделенные неширокой акваторией Докярд Крик, через которую по указанию де Валлетта был наведен наплавной мост, что позволяло маневрировать личным составом своих подчиненных, перебрасывать их по мере необходимости из одной горячей точки к другой, что сыграло важную роль в последующих событиях. Третий узел обороны, выбор которого, казалось бы, позволял контролировать своей артиллерией обе соседние бухты – форт Святого Эльма, имел существенный недостаток: недостроенный равелин вблизи главных стен самого форта, что сыграло роковую роль в судьбе самого форта и поставило на грань поражения всю систему обороны мальтийских рыцарей, о чем ниже. Четвертым узлом обороны, несмотря на ветхость крепостных построек, оказалась крепость Медина, оказавшаяся несколько в стороне от основных событий. Она располагалась всего в 12 километрах от места основной высадки турок и пиратов в бухте Мерсамексет. Такое расположение объектов обороны Мальты, как оказалось, имело свои плюсы и минусы. Все вместе перечисленные объекты свидетельствовали о несомненном стратегическом мышлении тех, кто выбирал и строил эти сооружения.
Обитатели Мальты все же успели надежно укрепить подходы к замку Святого Ангела и усилить оборону форта Сент-Эльм на крайней северной точке полуострова Шиберрас между бухтами Мерсамексет с запада и Гранд-Харбора с востока. Именно здесь, на площади всего чуть больше квадратного километра, развернулись основные военные действия.
Форту Святого Эльма и предстояло сыграть в обороне Мальты важнейшую роль, особенно на начальном этапе, в полном смысле заслонив собою столицу острова. Правда, начатое и не законченное укрепление треугольных очертаний у западных стен форта (так называемый равелин) оказалось его наиболее слабым местом, это оказался наиболее серьезный просчет в обороне Мальты, за который ее защитники заплатили по полной.
Была также отработана система сигнализации между отдельными узлами обороны в пределах всего архипелага. После первых сообщений о высадке противника де Валетт, обращаясь к рыцарям, заявил: «Нет лучше случая, чем этот. Поспешим же, братья, на этот алтарь, вспомним наши клятвы!» Этот взгляд разделяли и остальные защитники Мальты, включая аборигенов, которых рыцари поначалу не принимали в качестве серьезной военной силы. Для гроссмейстера ордена предстоящее противостояние выглядело продолжением деяний предшественников, отстаивавших интересы ордена в пустынях Палестины, Сириии, на Родосе, но в отличие от них на этот раз речь шла уже о самом существовании ордена, которому было уже отступать некуда, что порождало совершенно новую ситуацию для ордена в целом и для каждого рыцаря в отдельности.
Непосредственно военные действия на суше начались с высадки турецкого десанта, которую командор Копьер во главе небольшого отряда кавалерии из Медины в центре главного острова архипелага, возглавлявший силы обороны в бухте Месамексет, прозевал. Однако, когда турки приступили к строительству бастионов, вооруженных артиллерией, у защитников острова не осталось сомнений в серьезности намерений врага: «Если мальтийцам дотоле оставались еще сомнения насчет цели экспедиции. то теперь уже должно было разубедиться. Оставалось прибегнуть к Господу, что и было первой мыслью гроссмейстера. Процессии и всенародные молебствия предшествовали войне» (Архенггольц. С. 259), – сообщает тот же источник. Эти мероприятия продолжались слишком недолго, поскольку, используя кавалерию, мусульмане уже с первых дней контролировали практически всю территорию острова за исключением крепости Медина в центре, форта Святого Эльма на севере полуострова Шиберрас и замков Святого Ангела и Святого Михаила на полуостровах Биргу и Сенгли в соседней бухте Гранд-Харбор современных карт. 20 и 21 мая без особого успеха мусульмане попробовали прощупать оборону ордена. С позиций обороняющихся открывшаяся картина могла внушить чувство ужаса. Турецкая армия покрыла всю окружающую местность огромной массой в виде гигантского полумесяца в соцветье массы флагов разного цвета, под звуки незнакомой военной музыки. Де Валетт, дождавшись, когда эта громадная людская масса оказалась в пределах его орудийного огня, после первых залпов приказал молодым рыцарям, рвавшимся в бой, идти на вылазку, возглавив ее. Результат этой вылазки оказался показательным по соотношению потерь один к десяти в пользу христиан, причем повторная атака завершилась с тем же результатом. Надо отметить, что турки поверили пленному рыцарю де Ривьеру, который под пытками обманул врага, показал якобы наиболее слабые места укреплений. Пожертвовав, таким образом, собственной жизнью, он заставил мусульманских военачальников вернуться на полуостров Шиберрас с фортом Святого Эльма на его северной оконечности, тесную блокаду которого, казалось, было несложно осуществить. Однако одна только доставка артиллерии на новые позиции обошлась мусульманам ценой огромных усилий. Солдат Франческо Бильби со стен Биргу наблюдал, как упряжки по десять быков и множество людей волокли каждую пушку, тем не менее уложившись с этой операцией всего за двое суток. Теперь против южных стен форта Святого Эльма возникла сплошная стена батарей, где каждая пушка отделялась от соседней деревянным ящиком, заполненным камнями, образующими в совокупности огнедышащую позицию с укрытием для пушкарей.